TkA08G065140 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G065140

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 16634122-16637743 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2588 bp · TkA08G065140|TK1151|cDNA

TAGGAAATAAGTTATTTTCCATTTTGATTTTTGAAGATATCACGTATTAAATTTAAGAAAAGGAGGCAACTTTGAAAAAAGCATTCGCATAAAGTCCTCGGCAAGTCTTTCAACCGACGACAGAGGGTGAAGGTGAACAGTCGAACGCCTTTTTGGGAATACAATCGATTGGGTTTTCCAGTTCCATCGGAGTTCAAGCTCACTCCAAATCCCACTTGAACCCTAAATCGCAACATACTGTAACTGCAATGGCTAGAGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2139 bp · TkA08G065140|TK1151|CDS

ATGGCTAGAGTACATCCAGGGAATCTGAATTCCCGAGTCCCCGATCATCAAACAATTTTTGATCACGTTACCGAAGATCTTCGTAATCAGGATTTTGAGAATAGAACTTACGATGCAGCAAATCCTCGTGGCGGTGGCGGCGGTCGTGGTCGCGGTCGCGGTCGTGGTGGTGGAGTCAGGACTTGTTTTGGCTGCGGTGAACTCGGCCACATTATTCGCGATTGTCCGGCGACTGCCTCTTTTCCACGTAGTAATACACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

712 aa · TkA08G065140|TK1151|PROTEIN

MARVHPGNLNSRVPDHQTIFDHVTEDLRNQDFENRTYDAANPRGGGGGRGRGRGRGGGVRTCFGCGELGHIIRDCPATASFPRSNTRRGNQAFGNDPSISDAIESTSGTSKYTLKPLNAFTPVDITPLLSKIRDKEQELKLSKEQNADLNMRLNKTTKELTSIQTKNEEVILNMNKLKEDLEKIRNELSSARKKETEVSQMYSVMKNKFEELEEANEAADNEMEKLKAETEQWRKAAKAIAVVFNGGEVISSKTPELESL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G065140`
TK1151 ID	TkA08G065140
OH-1004 ID	LXL04_018500
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	91.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 80.225 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G065140`
位置	Chr08:16634122-16637743 (+)
描述	Similar to DNAJC7: DnaJ homolog subfamily C member 7
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_018500` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006457 protein folding 生物过程 GO:0042026 protein refolding 生物过程 GO:1900034 regulation of cellular response to heat 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0045335 phagocytic vesicle 细胞组分 GO:0070062 extracellular exosome 细胞组分 GO:0001671 ATPase activator activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ddi:DDB_G0288639 hsa:7266 mmu:56354 pon:100173101 spo:2541066 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.545

排名 1 · TkA08G065140 · TK1151

细胞核0.378

排名 2 · TkA08G065140 · TK1151

线粒体0.061

排名 3 · TkA08G065140 · TK1151

细胞膜0.059

排名 4 · TkA08G065140 · TK1151

过氧化物酶体0.046

排名 5 · TkA08G065140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00098zf-CCHC60-76 aa

PF13696zf-CCHC_262-76 aa

PF05192MutS_III121-242 aa

PF08614ATG16123-180 aa

PF28159CEP89124-241 aa

PF16515HIP1_clath_bdg124-192 aa

PF27682ICR5_C128-157 aa

PF24161CCDC39129-236 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G065140	`PF00098`	zf-CCHC	60	76	6.3e-05	23.6
TkA08G065140	`PF13696`	zf-CCHC_2	62	76	0.4	11.2
TkA08G065140	`PF05192`	MutS_III	121	242	5.3	8.0
TkA08G065140	`PF08614`	ATG16	123	180	0.025	15.5
TkA08G065140	`PF28159`	CEP89	124	241	3e-06	26.7
TkA08G065140	`PF16515`	HIP1_clath_bdg	124	192	1.1	10.4
TkA08G065140	`PF27682`	ICR5_C	128	157	0.95	11.0
TkA08G065140	`PF24161`	CCDC39	129	236	0.002	16.8
TkA08G065140	`PF06818`	Fez1	130	244	0.0094	17.2
TkA08G065140	`PF02090`	SPAM	132	235	0.39	11.3
TkA08G065140	`PF30554`	Bfr1	134	237	0.043	13.7
TkA08G065140	`PF10473`	CENP-F_leu_zip	135	234	7.4	7.4
TkA08G065140	`PF01496`	V_ATPase_I	136	304	0.068	11.8
TkA08G065140	`PF30835`	CEP83_CC_2nd	138	239	2.8	7.9
TkA08G065140	`PF15035`	Rootletin	143	236	0.018	15.8
TkA08G065140	`PF24245`	INO80F	144	159	7.3	7.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情