TkA08G057260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G057260

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 14643137-14648606 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3467 bp · TkA08G057260|TK1151|cDNA

CTCATTCATCCCGCTGCTTTTCACTTCATTTTCATCAAATCAGATTAGTTCGAAGAGAGAAGGAGAGTGAGAGATCGAGAAAGCGAACATTCGATCGAATTTGAAGCAACGGAGCTTCAATCTTTCTTCTTTCACACACCAGCACACAAAATCCGTGTGTAAATATGTCCTTTCGCCATGAAAAAGGCGTCAATGTCCAGGTGCTATTGCGTTGCAGGCCGTTTAGTAGCGACGAGTTAAAGAACAATGCACCTCAGGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

2082 bp · TkA08G057260|TK1151|CDS

ATGTCCTTTCGCCATGAAAAAGGCGTCAATGTCCAGGTGCTATTGCGTTGCAGGCCGTTTAGTAGCGACGAGTTAAAGAACAATGCACCTCAGGTGGTAACGTGTAACGAGTATCAGAGAGAAGTTGCGGTTTCGCAGAGTATTGCTGGGAAGCAAATAGATAGGGTTTTTACATTTGACAAGGTTTTTGGCCCTAAAGCTCAGCAAAAAGATTTATACGAAGAAGCTGTAATACCAATTGTAAACGAAGTTCTAGAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

693 aa · TkA08G057260|TK1151|PROTEIN

MSFRHEKGVNVQVLLRCRPFSSDELKNNAPQVVTCNEYQREVAVSQSIAGKQIDRVFTFDKVFGPKAQQKDLYEEAVIPIVNEVLEGFNCTIFAYGQTGTGKTYTMEGECKRAKSGPNGELPLEAGVIPRSVKQIFDTLEGQNAEYSVKVTFLELYNEEITDLLAPEEVSKVGVEDKQKKLLPLMEDGKGGVLVRGLEEEIVTSASEIFTLLERGSAKRRTAETLLNKQSSRSHSLFSITIHIKESTPEGEELIKCGKLN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G057260`
TK1151 ID	TkA08G057260
OH-1004 ID	LXL04_018362
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.929 / OH-1004 63.826 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G057260

位置 Chr08:14643137-14648606 (+)

描述 Similar to KIN5C: Kinesin-like protein KIN-5C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g36200`	负责微管的转运。	暂无已核实直接文献
`At3g45850`	负责微管的转运。	暂无已核实直接文献
`At2g28620`	负责微管的转运。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0558400`	负责微管的转运。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018362 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007018 microtubule-based movement 生物过程

GO:0051231 spindle elongation 生物过程

GO:0090307 mitotic spindle assembly 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005876 spindle microtubule 细胞组分

GO:0072686 mitotic spindle 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0008017 microtubule binding 分子功能

GO:0008574 plus-end-directed microtubule motor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G36200

dosa:Os05g0117798

nta:107774014

osa:9268593

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.726

排名 1 · TkA08G057260 · TK1151

细胞核0.237

排名 2 · TkA08G057260 · TK1151

高尔基体0.091

排名 3 · TkA08G057260 · TK1151

细胞膜0.089

排名 4 · TkA08G057260 · TK1151

线粒体0.057

排名 5 · TkA08G057260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16796Microtub_bd10-164 aa

PF00225Kinesin16-357 aa

PF04048Sec8_N68-98 aa

PF13479AAA_2491-106 aa

PF11055Gsf2364-455 aa

PF19387DUF5962370-443 aa

PF16796Microtub_bd404-443 aa

PF24627PUMA_CC405-435 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G057260	`PF16796`	Microtub_bd	10	164	8.2e-26	91.5
TkA08G057260	`PF00225`	Kinesin	16	357	1.3e-115	386.6
TkA08G057260	`PF04048`	Sec8_N	68	98	0.044	14.4
TkA08G057260	`PF13479`	AAA_24	91	106	1.5	9.2
TkA08G057260	`PF11055`	Gsf2	364	455	0.0019	17.8
TkA08G057260	`PF19387`	DUF5962	370	443	0.2	12.7
TkA08G057260	`PF16796`	Microtub_bd	404	443	8.2e-26	91.5
TkA08G057260	`PF24627`	PUMA_CC	405	435	3.5	8.4
TkA08G057260	`PF25450`	Rab11-FIP3	406	482	1.1	10.3
TkA08G057260	`PF01496`	V_ATPase_I	406	643	6.0	5.4
TkA08G057260	`PF08614`	ATG16	406	518	6.1	7.7
TkA08G057260	`PF07889`	DUF1664	410	482	2.4	8.9
TkA08G057260	`PF13479`	AAA_24	412	534	1.5	9.2
TkA08G057260	`PF24627`	PUMA_CC	415	478	3.5	8.4
TkA08G057260	`PF23338`	PTHB1_hp	429	469	5.2	8.3
TkA08G057260	`PF04048`	Sec8_N	431	482	0.044	14.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P82266`	拟南芥	sp\|P82266\|KN5C_ARATH Kinesin-like protein KIN-5C	74.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LZU5`	拟南芥	sp\|Q9LZU5\|KN5D_ARATH Kinesin-like protein KIN-5D	60.700%	Swiss-Prot	高置信
`F4IIS5`	拟南芥	sp\|F4IIS5\|KN5A_ARATH Kinesin-like protein KIN-5A	56.800%	Swiss-Prot	高置信
`B7EJ91`	水稻	sp\|B7EJ91\|KN5C_ORYSJ Kinesin-like protein KIN-5C	72.800%	Swiss-Prot	高置信

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