TkA08G054080 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G054080

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 13862726-13867361 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2847 bp · TkA08G054080|TK1151|cDNA

TTTAATGTTGGAAAAGTTCGCCTGAAACACAATGAAGGGGGTGGATCTTGAGAGCGTTGAGATCGACCCTATGGACCAAAAATCTTTTGCAACAAATGTAAAAGATCGAGCATCAAAACGTGTCGACAATGGAGGCAAGCCAGGCGGTTTGTTACCAATGTTGAGCCGCAACTCCAGTAAGGCAAAATCTAACACAAAAAAGGCGCCCACTACTGGTGGGGCCCCTAAGATGGGACGAACAACCTCAAGCGCAGCCAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1020 bp · TkA08G054080|TK1151|CDS

ATGAAGGGGGTGGATCTTGAGAGCGTTGAGATCGACCCTATGGACCAAAAATCTTTTGCAACAAATGTAAAAGATCGAGCATCAAAACGTGTCGACAATGGAGGCAAGCCAGGCGGTTTGTTACCAATGTTGAGCCGCAACTCCAGTAAGGCAAAATCTAACACAAAAAAGGCGCCCACTACTGGTGGGGCCCCTAAGATGGGACGAACAACCTCAAGCGCAGCCAAAGGGCTTAACAGCTTGCGGTTTCTTGATAGGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

339 aa · TkA08G054080|TK1151|PROTEIN

MKGVDLESVEIDPMDQKSFATNVKDRASKRVDNGGKPGGLLPMLSRNSSKAKSNTKKAPTTGGAPKMGRTTSSAAKGLNSLRFLDRTVTGKEGDAWRAIERRFNQFSVDGKLPRDKFGICVGMGDSIEFAGELYDAMSRRRNIDGEIGLTKDQVRSFWEEMTKKDLDARLSIFFDMCDKNGDGILSEDEVKEVLIMSASANKLSNFKNQAGTYAALIMDELDPDHRGYIEMWQLEILLTGMVSNDQTKPQLTNIKKKNED...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G054080`
TK1151 ID	TkA08G054080
OH-1004 ID	LXL04_017720
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.820 / OH-1004 39.692 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G054080

位置 Chr08:13862726-13867361 (-)

描述 Similar to RBOHH: Putative respiratory burst oxidase homolog protein H

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60010`	钙依赖性 NADPH 氧化酶，可产生超氧化物。	暂无已核实直接文献
`At3g45810`	钙依赖性 NADPH 氧化酶，可产生超氧化物。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q6J2K5`	钙依赖性 NADPH 氧化酶，可产生超氧化物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017720 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002679 respiratory burst involved in defense response 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007231 osmosensory signaling pathway 生物过程

GO:0009060 aerobic respiration 生物过程

GO:0009653 anatomical structure morphogenesis 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010053 root epidermal cell differentiation 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0033198 response to ATP 生物过程

GO:0033500 carbohydrate homeostasis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G64060

ath:AT3G45810

ath:AT5G51060

ath:AT5G60010

sot:102603596

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.607

排名 1 · TkA08G054080 · TK1151

细胞质0.155

排名 2 · TkA08G054080 · TK1151

内质网0.135

排名 3 · TkA08G054080 · TK1151

细胞核0.096

排名 4 · TkA08G054080 · TK1151

高尔基体0.067

排名 5 · TkA08G054080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08414NADPH_Ox66-168 aa

PF13405EF-hand_699-111 aa

PF13499EF-hand_7140-169 aa

PF08671SinI146-157 aa

PF23564EF-hand_FSTL1162-210 aa

PF30624EF_SSP120171-231 aa

PF13499EF-hand_7172-230 aa

PF13405EF-hand_6173-194 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G054080	`PF08414`	NADPH_Ox	66	168	2.4e-32	112.0
TkA08G054080	`PF13405`	EF-hand_6	99	111	7.2e-08	32.2
TkA08G054080	`PF13499`	EF-hand_7	140	169	2.1e-07	31.9
TkA08G054080	`PF08671`	SinI	146	157	0.14	12.6
TkA08G054080	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	162	210	0.018	16.1
TkA08G054080	`PF30624`	EF_SSP120	171	231	0.19	13.1
TkA08G054080	`PF13499`	EF-hand_7	172	230	2.1e-07	31.9
TkA08G054080	`PF13405`	EF-hand_6	173	194	7.2e-08	32.2
TkA08G054080	`PF00036`	EF-hand_1	173	194	3.6e-06	26.8
TkA08G054080	`PF13202`	EF-hand_5	173	193	0.038	14.2
TkA08G054080	`PF13833`	EF-hand_8	173	193	0.085	13.3
TkA08G054080	`PF27160`	Y4kK_N	178	229	0.2	12.8
TkA08G054080	`PF08414`	NADPH_Ox	179	199	2.4e-32	112.0
TkA08G054080	`PF15370`	NOPCHAP1	198	235	0.18	13.0
TkA08G054080	`PF13833`	EF-hand_8	216	229	0.085	13.3
TkA08G054080	`PF00036`	EF-hand_1	217	230	3.6e-06	26.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJD6`	拟南芥	sp\|Q9FJD6\|RBOHH_ARATH Putative respiratory burst oxidase homolog protein H	57.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LZU9`	拟南芥	sp\|Q9LZU9\|RBOHJ_ARATH Putative respiratory burst oxidase homolog protein J	47.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6J2K5`	水稻	sp\|Q6J2K5\|RBOHB_ORYSI Respiratory burst oxidase homolog protein B	44.300%	Swiss-Prot	中等置信

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