TkA08G037640 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G037640

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 9586760-9593567 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3692 bp · TkA08G037640|TK1151|cDNA

AGGACATTCAAAGTTCATAGCGAAAAAATGAAACAAAAACAAGCTTCTATTGAAAGTTTCGTTGGAGGGTATCAATCGAGTATATAAACTTCAAAATTCGAAATCTTTCAGGCATAAACACATAGTTTACACACACAAAACCCTTTCCGATCAAAAATGTCAGTGGAGACGAAATTCAGCGTGATGTGCAGTCTATTCAACTGGATTCAGAAGTCAAAGTCTTCAACAAAAAAACGATCCAAGTTTCGGAAATTCCTCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3366 bp · TkA08G037640|TK1151|CDS

ATGTCAGTGGAGACGAAATTCAGCGTGATGTGCAGTCTATTCAACTGGATTCAGAAGTCAAAGTCTTCAACAAAAAAACGATCCAAGTTTCGGAAATTCCTCGACACGTATTGTAAACCCACGGATTACTTCGCTGCTGTCAGATTAATCCTCCCCAACCTCGACAGAGAGCGAGGATCTTACGGTTTGAAGGAGTCGGTGCTCGCCACTTGTATCATCGACGCCCTCGGAATGTCCAGAGAATCTCCCGACGCTCTTCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1121 aa · TkA08G037640|TK1151|PROTEIN

MSVETKFSVMCSLFNWIQKSKSSTKKRSKFRKFLDTYCKPTDYFAAVRLILPNLDRERGSYGLKESVLATCIIDALGMSRESPDALRLINWRKGGAKTGVNVGNFSLVASEVLQRRQGMISGGLTIKELNDLLDRLASSENRTEKTSILADLIKKTNAQEMKWIVMIILKDLKLGISEKSIFHEFHPDGEDLFNVTCDLKLVCERLRDRNQRHKRQDIEVGKAVRPQLALRVANAASAWKKLQGKEVVIECKFDGDRIQI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G037640`
TK1151 ID	TkA08G037640
OH-1004 ID	LXL04_017960
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.911 / OH-1004 93.489 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G037640

位置 Chr08:9586760-9593567 (-)

描述 Similar to LIG4: DNA ligase 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g57160`	DNA 连接酶参与 DNA 非同源末端连接。	The Arabidopsis AtLIG4 gene is required for the repair of DNA damage, but not for the integration of Agrobacterium T-DNA.2003 · DOI: 10.1093/nar/gkg458

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0606450`	DNA 连接酶参与 DNA 非同源末端连接 (NHEJ)；双链断裂 (DSB) 修复所需。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017960 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000012 single strand break repair 生物过程

GO:0006284 base-excision repair 生物过程

GO:0006297 nucleotide-excision repair, DNA gap filling 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0008283 cell population proliferation 生物过程

GO:0010165 response to X-ray 生物过程

GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程

GO:0010332 response to gamma radiation 生物过程

GO:0035019 somatic stem cell population maintenance 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G57160

hsa:3981

pon:100173511

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.932

排名 1 · TkA08G037640 · TK1151

细胞质0.148

排名 2 · TkA08G037640 · TK1151

线粒体0.026

排名 3 · TkA08G037640 · TK1151

细胞膜0.025

排名 4 · TkA08G037640 · TK1151

内质网0.011

排名 5 · TkA08G037640 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04675DNA_ligase_A_N6-186 aa

PF16759LIG3_BRCT42-53 aa

PF04679DNA_ligase_A_C118-163 aa

PF27248MJ1674_2nd148-162 aa

PF01068DNA_ligase_A_M226-441 aa

PF00533BRCT240-260 aa

PF09414RNA_ligase245-440 aa

PF16589BRCT_2246-276 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G037640	`PF04675`	DNA_ligase_A_N	6	186	3.8e-40	138.6
TkA08G037640	`PF16759`	LIG3_BRCT	42	53	0.068	14.2
TkA08G037640	`PF04679`	DNA_ligase_A_C	118	163	8.2e-13	49.3
TkA08G037640	`PF27248`	MJ1674_2nd	148	162	0.24	12.7
TkA08G037640	`PF01068`	DNA_ligase_A_M	226	441	5.5e-43	147.7
TkA08G037640	`PF00533`	BRCT	240	260	5.3e-13	49.7
TkA08G037640	`PF09414`	RNA_ligase	245	440	1.6e-05	25.9
TkA08G037640	`PF16589`	BRCT_2	246	276	4e-18	66.3
TkA08G037640	`PF27248`	MJ1674_2nd	302	325	0.24	12.7
TkA08G037640	`PF04679`	DNA_ligase_A_C	465	584	8.2e-13	49.3
TkA08G037640	`PF00533`	BRCT	654	725	5.3e-13	49.7
TkA08G037640	`PF16589`	BRCT_2	655	735	4e-18	66.3
TkA08G037640	`PF16759`	LIG3_BRCT	668	728	0.068	14.2
TkA08G037640	`PF12738`	PTCB-BRCT	669	714	4.4e-10	40.1
TkA08G037640	`PF27248`	MJ1674_2nd	742	783	0.24	12.7
TkA08G037640	`PF11411`	DNA_ligase_IV	747	778	7.3e-05	23.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LL84`	拟南芥	sp\|Q9LL84\|DNLI4_ARATH DNA ligase 4	70.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q7X7E9`	水稻	sp\|Q7X7E9\|DNLI4_ORYSJ Putative DNA ligase 4	53.000%	Swiss-Prot	高置信

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