TkA08G020840 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G020840

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 5222122-5222931 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

780 bp · TkA08G020840|TK1151|cDNA

CTTACCAGACTTGAAGGCAAAGTAGCTCTGATTACCGGAGCAGCAAGCGGCATCGGCAAAGAAACTGCAACCAAGTTCATCAACCACGGCGCCAAGGTGGTGATCGCCGACATCCATCACAACCTCGGCCAGAACACCGCCACACAACTCGGGCCCAATGCCTCCTTCATCTCCTGCAACGTCACCAACGACTCCGACATCGCCAAAGCAGTCGACTTCACCGTATCCAAATACGGAAAACTCGACATCATGTACAACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

780 bp · TkA08G020840|TK1151|CDS

CTTACCAGACTTGAAGGCAAAGTAGCTCTGATTACCGGAGCAGCAAGCGGCATCGGCAAAGAAACTGCAACCAAGTTCATCAACCACGGCGCCAAGGTGGTGATCGCCGACATCCATCACAACCTCGGCCAGAACACCGCCACACAACTCGGGCCCAATGCCTCCTTCATCTCCTGCAACGTCACCAACGACTCCGACATCGCCAAAGCAGTCGACTTCACCGTATCCAAATACGGAAAACTCGACATCATGTACAACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

259 aa · TkA08G020840|TK1151|PROTEIN

LTRLEGKVALITGAASGIGKETATKFINHGAKVVIADIHHNLGQNTATQLGPNASFISCNVTNDSDIAKAVDFTVSKYGKLDIMYNNAGSPFQTPPTILDLNLDTFDHVMSVNVRGVLAGIKHACRVMIPRETGSILCTASVTGVLGGLGQHTYSISKFAVVGIVKSLASELSQHGVRINCISPFAIPTTLDLKEEEITSMVQNAGEFKGSYCEPGDVADAAVYLASDEAKYVSGQNLVVDGGFTSVKSFKFTVPQKEH

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G020840`
TK1151 ID	TkA08G020840
OH-1004 ID	LXL04_037023
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	78.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.842 / OH-1004 89.262 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G020840

位置 Chr08:5222122-5222931 (+)

描述 Similar to Secoisolariciresinol dehydrogenase (Fragment)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g47130`	赋予对不相容致病菌丁香假单胞菌的抗性。番茄 DC3000 以 PR1 依赖的方式。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037023 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009688 abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009807 lignan biosynthetic process 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0010301 xanthoxin dehydrogenase (NAD+) activity 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0102069 zerumbone synthase activity 分子功能

GO:0120529 secoisolariciresinol dehydrogenase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:BAK09296

ath:AT2G47130

ath:AT3G51680

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.754

排名 1 · TkA08G020840 · TK1151

细胞核0.369

排名 2 · TkA08G020840 · TK1151

过氧化物酶体0.088

排名 3 · TkA08G020840 · TK1151

线粒体0.066

排名 4 · TkA08G020840 · TK1151

质体0.035

排名 5 · TkA08G020840 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00106adh_short7-192 aa

PF08659KR9-159 aa

PF01370Epimerase9-72 aa

PF13561adh_short_C213-245 aa

PF13460NAD_binding_1013-72 aa

PF01370Epimerase153-182 aa

PF13840ACT_7158-183 aa

PF08659KR166-183 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G020840	`PF00106`	adh_short	7	192	7.8e-49	166.5
TkA08G020840	`PF08659`	KR	9	159	7.3e-10	39.8
TkA08G020840	`PF01370`	Epimerase	9	72	0.00053	20.2
TkA08G020840	`PF13561`	adh_short_C2	13	245	9.1e-59	199.6
TkA08G020840	`PF13460`	NAD_binding_10	13	72	0.088	13.4
TkA08G020840	`PF01370`	Epimerase	153	182	0.00053	20.2
TkA08G020840	`PF13840`	ACT_7	158	183	0.041	14.5
TkA08G020840	`PF08659`	KR	166	183	7.3e-10	39.8
TkA08G020840	`PF13460`	NAD_binding_10	190	228	0.088	13.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80713`	拟南芥	sp\|O80713\|SDR3A_ARATH Short-chain dehydrogenase reductase 3a	50.000%	Swiss-Prot	高置信

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