TkA08G003600 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G003600

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 926669-929521 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2326 bp · TkA08G003600|TK1151|cDNA

AAAAATAATCGAAAGAAAAAGGATTCCAATTCCTTCTAATTGTTGAGTTTGGTTGGCAAAAAGAATCCTAAATAATGAAAACTTTCCTTCCAATGTCACAAGATTAAAGGAATTAATTCCTTTGTAAGAAGGAAAGTAACAAATGATGAAACAGATCAATTAACAAAAACCCTATACAGCAAAACATCGGTCGATATCCATCGCATTGCTGTTTCTTCCTCGCTGCTTCACGACCTCCATCGCTGGCTTCTTCACGCCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1644 bp · TkA08G003600|TK1151|CDS

ATGATGATGAAGGGGTCTCAAATCTCAAGGAAAATTCATGTGAGCTACTACTCCACTACTAAATCTGGCGCCCACCCTTCACACCACCACCTCTCCACCATGGAATCCAAATCCCAACTCCTGAAATCGTACACTGTTACACCCCCGATCAAACCTTGGCCCCAAAAACTCTACCCTAAACGCCTTGTATCCATCATCACCCGGCAACAAAACCTGGACCTTGCCCTCCAAATCTTCTACCACGCTGGAAACTACCACCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

547 aa · TkA08G003600|TK1151|PROTEIN

MMMKGSQISRKIHVSYYSTTKSGAHPSHHHLSTMESKSQLLKSYTVTPPIKPWPQKLYPKRLVSIITRQQNLDLALQIFYHAGNYHPGFEHNYETYHSIIHKLSRARAFEPVETLLSQLQKSHIKCGENLFIDVLRNYGLASRPKDSLRIFLRINEFGVTKSVRSLNTLLNILIQNRKYQLVHALFKNSQKKLNITPNVFTCNILLKAFCKNGDIEGAVKVLEEMPAMGMVPNVVSYTTVLGGYVWKGDMVGAKQMFDEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G003600`
TK1151 ID	TkA08G003600
OH-1004 ID	LXL04_026629
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G003600

位置 Chr08:926669-929521 (-)

描述 Similar to At5g16420: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16420, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g16420`	含五肽复合重复序列的线粒体蛋白 At5g16420。	暂无已核实直接文献
`At1g07740`	含五重复肽的蛋白At1g07740，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At5g18475`	含五聚体重复蛋白 At5g18475。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026629 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G09060

ath:AT3G53700

ath:AT5G16420

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.813

排名 1 · TkA08G003600 · TK1151

质体0.095

排名 2 · TkA08G003600 · TK1151

细胞核0.069

排名 3 · TkA08G003600 · TK1151

细胞质0.030

排名 4 · TkA08G003600 · TK1151

细胞膜0.011

排名 5 · TkA08G003600 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19189Mtf238-81 aa

PF13812PPR_362-79 aa

PF17177PPR_long69-126 aa

PF13812PPR_388-125 aa

PF13041PPR_294-126 aa

PF12921ATP1394-118 aa

PF08579RPM294-136 aa

PF12854PPR_195-103 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G003600	`PF19189`	Mtf2	38	81	5.3	7.4
TkA08G003600	`PF13812`	PPR_3	62	79	1.3e-38	131.5
TkA08G003600	`PF17177`	PPR_long	69	126	1.8e-17	64.1
TkA08G003600	`PF13812`	PPR_3	88	125	1.3e-38	131.5
TkA08G003600	`PF13041`	PPR_2	94	126	4.9e-94	309.0
TkA08G003600	`PF12921`	ATP13	94	118	0.00039	21.0
TkA08G003600	`PF08579`	RPM2	94	136	0.034	15.3
TkA08G003600	`PF12854`	PPR_1	95	103	4e-77	254.3
TkA08G003600	`PF01535`	PPR	95	122	1.8e-62	204.0
TkA08G003600	`PF29070`	MSC6_N	95	246	3.7e-20	73.1
TkA08G003600	`PF23276`	TPR_24	113	177	4.5e-22	79.1
TkA08G003600	`PF01535`	PPR	136	159	1.8e-62	204.0
TkA08G003600	`PF17177`	PPR_long	146	280	1.8e-17	64.1
TkA08G003600	`PF13812`	PPR_3	153	198	1.3e-38	131.5
TkA08G003600	`PF06239`	ECSIT_N	154	177	0.0015	18.6
TkA08G003600	`PF13041`	PPR_2	162	211	4.9e-94	309.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FFE3`	拟南芥	sp\|Q9FFE3\|PP388_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16420, mitochondrial	66.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LQQ1`	拟南芥	sp\|Q9LQQ1\|PPR20_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g07740, mitochondrial	28.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q3E9F0`	拟南芥	sp\|Q3E9F0\|PP392_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g18475	31.400%	Swiss-Prot	低置信

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