LXL04_026629 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026629

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 494828-496471 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1644 bp · LXL04_026629|LXL04_026629|OH1004|cDNA

ATGATGATGAAGGGGTCTCAAATCTCAAGGAAAATTCATGTGAGCTACTACTCCACTACTAAATCTGGCGCCCACCCTTCACACCACCACCTCTCCACCATGGAATCCAAATCCCAACTCCTGAAATCGTACACTGTTACACCCCCGATCAAACCTTGGCCCCAAAAACTCTACCCTAAACGCCTTGTATCCATCATCACCCGCCAACAAAACCTGGACCTTGCCCTCCAAATCTTCTACCACGCTGGAAACTACCACCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1644 bp · LXL04_026629|LXL04_026629|OH1004|CDS

ATGATGATGAAGGGGTCTCAAATCTCAAGGAAAATTCATGTGAGCTACTACTCCACTACTAAATCTGGCGCCCACCCTTCACACCACCACCTCTCCACCATGGAATCCAAATCCCAACTCCTGAAATCGTACACTGTTACACCCCCGATCAAACCTTGGCCCCAAAAACTCTACCCTAAACGCCTTGTATCCATCATCACCCGCCAACAAAACCTGGACCTTGCCCTCCAAATCTTCTACCACGCTGGAAACTACCACCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

547 aa · LXL04_026629|LXL04_026629|OH1004|PROTEIN

MMMKGSQISRKIHVSYYSTTKSGAHPSHHHLSTMESKSQLLKSYTVTPPIKPWPQKLYPKRLVSIITRQQNLDLALQIFYHAGNYHPGFEHNYETYHSIIHKLSRARAFEPVETLLSQLQKSRIKCGENLFIDVLRNYGLASRPKDSLRIFLRINEFGVTKSVRSLNTLLNILIQNRKYQLVHALFKNSQKKLNITPNVFTCNILLKAFCKNGDIEGAVKVLEEMPAMGMVPNVVSYTTVLGGYVWKGDMVGAKQMFDEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026629`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026629

位置 Chr06:494828-496471 (+)

描述 Similar to At5g16420: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16420, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g16420`	含五肽复合重复序列的线粒体蛋白 At5g16420。	暂无已核实直接文献
`At3g53700`	可能参与雌配子体发育。	暂无已核实直接文献
`At3g09060`	含五肽重复序列的蛋白 At3g09060。	暂无已核实直接文献
`At4g20090`	可能在胚胎发生中起作用。	暂无已核实直接文献
`At5g46100`	含重复的五肽核苷酸序列蛋白 At5g46100。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026629 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G09060

ath:AT3G53700

ath:AT5G16420

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.811

排名 1 · LXL04_026629 · OH-1004

质体0.096

排名 2 · LXL04_026629 · OH-1004

细胞核0.069

排名 3 · LXL04_026629 · OH-1004

细胞质0.029

排名 4 · LXL04_026629 · OH-1004

细胞膜0.010

排名 5 · LXL04_026629 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N95-246 aa

PF17177.11PPR_long146-280 aa

PF13812.13PPR_3153-212 aa

PF13041.13PPR_2162-211 aa

PF13812.13PPR_3191-244 aa

PF12854.14PPR_1194-225 aa

PF13041.13PPR_2197-241 aa

PF01535.27PPR200-229 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026629	`PF29070.1`	MSC6_N	95	246	2.4e-20	73.7
LXL04_026629	`PF17177.11`	PPR_long	146	280	1.8e-17	64.1
LXL04_026629	`PF13812.13`	PPR_3	153	212	1e-38	131.9
LXL04_026629	`PF13041.13`	PPR_2	162	211	5.3e-94	308.9
LXL04_026629	`PF13812.13`	PPR_3	191	244	1e-38	131.9
LXL04_026629	`PF12854.14`	PPR_1	194	225	5.1e-77	254.0
LXL04_026629	`PF13041.13`	PPR_2	197	241	5.3e-94	308.9
LXL04_026629	`PF01535.27`	PPR	200	229	3.5e-62	203.1
LXL04_026629	`PF13041.13`	PPR_2	232	281	5.3e-94	308.9
LXL04_026629	`PF01535.27`	PPR	235	264	3.5e-62	203.1
LXL04_026629	`PF13812.13`	PPR_3	256	316	1e-38	131.9
LXL04_026629	`PF12854.14`	PPR_1	266	296	5.1e-77	254.0
LXL04_026629	`PF13041.13`	PPR_2	267	316	5.3e-94	308.9
LXL04_026629	`PF01535.27`	PPR	271	299	3.5e-62	203.1
LXL04_026629	`PF12854.14`	PPR_1	300	330	5.1e-77	254.0
LXL04_026629	`PF13041.13`	PPR_2	305	339	5.3e-94	308.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FFE3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16420, mitochondrial	59.351%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LFF1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic	28.400%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SS81`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g09060	30.806%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O49436`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20090	30.942%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FNL2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g46100	26.233%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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