TkA07G443950 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G443950

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 112613119-112617033 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3299 bp · TkA07G443950|TK1151|cDNA

TTTACAAATTATATACAAAAATATTACAATATTTATGACAACATTTAGAAAAAAAGATTATTTATTTTTGGAGTTTTACATCATCATAGTGATACACCACACCACCAAACCAAACCCAATCTCTCTCTAACTATACACAGTACACCGGACGACACCGTTCTCAGCTCCACTCTTCCGTCTGTTGCTCTTCTCACAGCGTCTCTTCCAGACTTCCACTGCATAGGGTTTCGTTTCCTTCATCGGATCTGAGTTCCGAGTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2655 bp · TkA07G443950|TK1151|CDS

ATGAGCAAACACGGCCACCAAGACGAAGAAGAAGAAGAAGATAACAACAGCAACAGCAACGAGTGTTTCTACGAGTCGCTTGATCGTATACTCTCTTCCACCACTTGCTCGTCTTCTTCGTGCTCTTCTGCTTGTTCGGACAACGAAGATGATGACGTAGGTGATCGGAATTGGAGTGGTGGTTGTGATTACTATGCTTTGGCACGCCCGTTGCCTATCCCTAAATTTCCAATGGGCGTTGCTAATAATTACGATGTCTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

884 aa · TkA07G443950|TK1151|PROTEIN

MSKHGHQDEEEEEDNNSNSNECFYESLDRILSSTTCSSSSCSSACSDNEDDDVGDRNWSGGCDYYALARPLPIPKFPMGVANNYDVWISRPSSVDERRMRLLRQMGLARHKPSLSSSSDAAVAKFGKFGFADQLGGRTHQVPSNSGIIRSKSADHEHCNSSSHLNPYHEILSINSFSPPVSDTLPTKTVINNVDNHIQIESRNRSSSLVVSSNASIPSKLIHRSEDIIICDDYTTNNHPNLNITSNSEVAETALDSISND...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G443950`
TK1151 ID	TkA07G443950
OH-1004 ID	LXL04_030994
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.190 / OH-1004 68.775 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G443950`
位置	Chr07:112613119-112617033 (+)
描述	Similar to POR1: Protochlorophyllide reductase, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_030994` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程 GO:0009647 skotomorphogenesis 生物过程 GO:0009723 response to ethylene 生物过程 GO:0015979 photosynthesis 生物过程 GO:0015995 chlorophyll biosynthetic process 生物过程 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分 GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分 GO:0003729 mRNA binding 分子功能 GO:0016630 protochlorophyllide reductase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT5G54190 csv:101208554 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.470

排名 1 · TkA07G443950 · TK1151

细胞核0.310

排名 2 · TkA07G443950 · TK1151

细胞膜0.298

排名 3 · TkA07G443950 · TK1151

高尔基体0.056

排名 4 · TkA07G443950 · TK1151

溶酶体／液泡0.051

排名 5 · TkA07G443950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23609Beta-prop_EIPR1153-173 aa

PF23393Beta-prop_WDR90_POC16_2nd201-242 aa

PF25391WD40_Gbeta225-259 aa

PF30361TRM82_WD373-462 aa

PF23869Beta-prop_WDR75_1st391-460 aa

PF24782WD40_MABP1-WDR62_2nd416-460 aa

PF23389Beta-prop_WDR19_1st416-450 aa

PF24797Beta-prop_WDR35_TULP_N416-460 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G443950	`PF23609`	Beta-prop_EIPR1	153	173	0.0087	16.2
TkA07G443950	`PF23393`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	201	242	7.1e-16	59.0
TkA07G443950	`PF25391`	WD40_Gbeta	225	259	2.8e-08	33.8
TkA07G443950	`PF30361`	TRM82_WD	373	462	0.0059	16.2
TkA07G443950	`PF23869`	Beta-prop_WDR75_1st	391	460	3.5e-07	30.5
TkA07G443950	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	416	460	2.5e-10	40.5
TkA07G443950	`PF23389`	Beta-prop_WDR19_1st	416	450	3.1e-05	23.9
TkA07G443950	`PF24797`	Beta-prop_WDR35_TULP_N	416	460	5.6e-05	23.2
TkA07G443950	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	417	650	4.2e-19	69.6
TkA07G443950	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	418	460	7.9e-32	111.1
TkA07G443950	`PF24814`	WD40_Prp19	418	459	8.7e-23	81.5
TkA07G443950	`PF23419`	WD40_RFWD3	419	459	3.8e-06	27.2
TkA07G443950	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	420	460	1.5e-10	41.4
TkA07G443950	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	420	465	8.9e-09	35.9
TkA07G443950	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	421	461	9.1e-21	75.1
TkA07G443950	`PF24796`	WDR55	421	460	7.2e-12	45.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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