LXL04_030994 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030994

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 126413983-126420054 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3798 bp · LXL04_030994|LXL04_030994|OH1004|cDNA

ATGAGCAAACACGGCCACcaagacgaagaagaagaagaagaagaagataacaacagcaacagcaacgAGTGTTTCTACGAGTCGCTTGATCGTATACTCTCTTCCACCACTTGCTCGTCTTCTTCGTGCTCCTCTGCTTGTTCGGACAACGAAGATGATGACGTAGGTGATCGGAATTGGAGTGGTGGTTGTGATTACTATGCTTTGGCACGCCCGTTGCCTATCCCTAAATTTCCAATGGGCGTTGCTAATAATTACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3798 bp · LXL04_030994|LXL04_030994|OH1004|CDS

ATGAGCAAACACGGCCACCAAGACGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATAACAACAGCAACAGCAACGAGTGTTTCTACGAGTCGCTTGATCGTATACTCTCTTCCACCACTTGCTCGTCTTCTTCGTGCTCCTCTGCTTGTTCGGACAACGAAGATGATGACGTAGGTGATCGGAATTGGAGTGGTGGTTGTGATTACTATGCTTTGGCACGCCCGTTGCCTATCCCTAAATTTCCAATGGGCGTTGCTAATAATTACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1265 aa · LXL04_030994|LXL04_030994|OH1004|PROTEIN

MSKHGHQDEEEEEEEDNNSNSNECFYESLDRILSSTTCSSSSCSSACSDNEDDDVGDRNWSGGCDYYALARPLPIPKFPMGVANNYDVWISRPSSVDERRMRLLRQMGLARHKPSLSSSSDAAVAKFGKFGFADQLGGRTHQVPSNSGIIRSKSADHEHCNSSSHLDPYHEILSINSFSPPVSDTLPTKTVINNVDNHIQIESRNRSSSLVVSSNASIPSKLIHRSEDIIICDDYTANNHPNLNITSNSEVAETALDSIS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030994`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030994

位置 Chr06:126413983-126420054 (+)

描述 Similar to POR1: Protochlorophyllide reductase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g54190`	催化原叶绿酸（Pchlide）向叶绿酸（Chlide）的光转化。	Arabidopsis protochlorophyllide oxidoreductase A (PORA) restores bulk chlorophyll synthesis and normal development to a porB porC double mutant.2010 · DOI: 10.1007/s11103-009-9582-y Arabidopsis light-dependent protochlorophyllide oxidoreductase A (PORA) is essential for normal plant growth and development.2012 · DOI: 10.1007/s11103-012-9873-6

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030994 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0009647 skotomorphogenesis 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0015979 photosynthesis 生物过程

GO:0015995 chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0016630 protochlorophyllide reductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G54190

csv:101208554

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.313

排名 1 · LXL04_030994 · OH-1004

细胞质0.238

排名 2 · LXL04_030994 · OH-1004

细胞核0.233

排名 3 · LXL04_030994 · OH-1004

质体0.200

排名 4 · LXL04_030994 · OH-1004

内质网0.082

排名 5 · LXL04_030994 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd419-652 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3420-462 aa

PF00400.39WD40426-460 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5429-462 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5520-741 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st525-606 aa

PF24805.2EIF3I525-728 aa

PF00400.39WD40527-562 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030994	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	419	652	8.4e-19	68.6
LXL04_030994	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	420	462	7.4e-31	107.9
LXL04_030994	`PF00400.39`	WD40	426	460	5.8e-30	103.1
LXL04_030994	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	429	462	9.2e-42	144.0
LXL04_030994	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	520	741	9.2e-42	144.0
LXL04_030994	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	525	606	1.2e-25	91.0
LXL04_030994	`PF24805.2`	EIF3I	525	728	1.2e-13	51.7
LXL04_030994	`PF00400.39`	WD40	527	562	5.8e-30	103.1
LXL04_030994	`PF24814.2`	WD40_Prp19	527	653	2.5e-22	80.0
LXL04_030994	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	527	574	1.8e-20	74.0
LXL04_030994	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	527	612	1.7e-19	70.9
LXL04_030994	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	530	575	7.4e-31	107.9
LXL04_030994	`PF24796.2`	WDR55	530	657	1.1e-11	45.0
LXL04_030994	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	531	743	2.3e-32	113.1
LXL04_030994	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	531	589	2.1e-17	64.2
LXL04_030994	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	532	612	2.3e-17	63.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42536`	拟南芥	Protochlorophyllide reductase A, chloroplastic	76.296%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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