TkA07G442370 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G442370

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 112063349-112066997 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2209 bp · TkA07G442370|TK1151|cDNA

CCAGCCCCAAACATAACATAGGCCCAAATTACAATTCCCTCTTAGCTGTGTCGAGTACTCGAGTGTCGACAGAACGCGAAGGAATGGAGGAGCATATTTGGTTGCGACACAGCCACAACACCTTTGAAATTTGAAATCGACGGCTCAAGCAATATAACGCAGGCAGAAGGAACACAGGGTGCAAGGCTGCAAGGGCGCAAAGGCATATCCTCCGACGATCCGACCTCCGTCCTCGGTAGTCGGTCCTGTTTTCAATTCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1266 bp · TkA07G442370|TK1151|CDS

ATGGATCTACTCCTCAATGCTTACTCCACTAATACAGACGAAGATGAAGAAAATGAAACACATCCACCTCCTCCTTTCAAGCGAGCTAAACGAGAATTCACACATACATCCAACCATATTTCCACAGAATCTTCAATTGCAGGAAGATACATATCAAAACGTGAACGTGCACTAATGGCTTCAGCTCCTCAATCTTCCAATCCAGTTCCCCCATCTTCCTCACCCTCTTCCCCTGTTAAAGGAAGCATTTCGGATTCACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

421 aa · TkA07G442370|TK1151|PROTEIN

MDLLLNAYSTNTDEDEENETHPPPPFKRAKREFTHTSNHISTESSIAGRYISKRERALMASAPQSSNPVPPSSSPSSPVKGSISDSHIRKDILSLLKNQTNSSYTSERNTTALIGHTKAVNALQWSKTHPHLLASCGMDSSIHIWNVWNTEKKKARVLNIHTAAVKDIKWSDSNQSLSLLSCGYDSTSRLIDVEKGVQIRVFNEDQVVGAVRFHPNNSNLFLSGGSKGVIRLWDIRSGNAVNQYVRGLGPILDLEFMNDT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G442370`
TK1151 ID	TkA07G442370
OH-1004 ID	LXL04_030969
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G442370`
位置	Chr07:112063349-112066997 (-)
描述	Similar to WDR25: WD repeat-containing protein 25
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_030969` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0000974 Prp19 complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分 GO:0016607 nuclear speck 细胞组分 GO:0071006 U2-type catalytic step 1 spliceosome 细胞组分 GO:0071007 U2-type catalytic step 2 spliceosome 细胞组分 GO:0071013 catalytic step 2 spliceosome 细胞组分 GO:0071014 post-mRNA release spliceosomal complex 细胞组分 GO:0071020 post-spliceosomal complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:51362 hsa:79446 mmu:212198 mmu:71713 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.867

排名 1 · TkA07G442370 · TK1151

细胞质0.235

排名 2 · TkA07G442370 · TK1151

溶酶体／液泡0.021

排名 3 · TkA07G442370 · TK1151

线粒体0.020

排名 4 · TkA07G442370 · TK1151

细胞膜0.019

排名 5 · TkA07G442370 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30361TRM82_WD12-37 aa

PF15434FAM10413-78 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz37-78 aa

PF29630ASA183-117 aa

PF25178Beta-prop_WDR4190-234 aa

PF23775Beta-prop_RIG_2nd94-155 aa

PF30151PAC1198-152 aa

PF24105Beta-prop_CAF1B_HIR1103-246 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G442370	`PF30361`	TRM82_WD	12	37	0.0055	16.3
TkA07G442370	`PF15434`	FAM104	13	78	8.2	7.7
TkA07G442370	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	37	78	6.3e-23	82.2
TkA07G442370	`PF29630`	ASA1	83	117	0.0015	18.2
TkA07G442370	`PF25178`	Beta-prop_WDR41	90	234	1.5e-06	28.0
TkA07G442370	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	94	155	8.7e-19	68.7
TkA07G442370	`PF30151`	PAC11	98	152	2.5e-11	43.8
TkA07G442370	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	103	246	3.9e-14	53.1
TkA07G442370	`PF23869`	Beta-prop_WDR75_1st	104	147	4.2e-10	40.1
TkA07G442370	`PF23761`	Beta-prop_DCAF4	104	150	0.00085	19.0
TkA07G442370	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	105	150	4.3e-26	92.4
TkA07G442370	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	105	206	4.5e-11	43.1
TkA07G442370	`PF24814`	WD40_Prp19	106	259	6.5e-27	95.0
TkA07G442370	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	106	285	6.3e-23	82.2
TkA07G442370	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	107	175	2.1e-40	139.2
TkA07G442370	`PF23383`	Beta-prop_IFT140_1st	107	177	0.00015	21.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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