LXL04_030969 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030969

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 125979663-125982206 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1266 bp · LXL04_030969|LXL04_030969|OH1004|cDNA

ATGGATCTACTCCTCAATGCTTACTCCACTAATACAGACGAAGATGAAGAAAATGAAACACATCCACCTCCTCCTTTCAAGCGAGCTAAACGAGAATTCACACATATATCCAACCATATTTCCACAGAATCTTCAATTGCAGGAAGATACATATCAAAACGTGAACGTGCACTAATGGCTTCAGCTCCTCAATCTTCCAATCCAGTTCCCCCATCTTCCTCACCCTCTTCCCCTGTTCAAGGAAGCATTTCGGATTCACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1266 bp · LXL04_030969|LXL04_030969|OH1004|CDS

ATGGATCTACTCCTCAATGCTTACTCCACTAATACAGACGAAGATGAAGAAAATGAAACACATCCACCTCCTCCTTTCAAGCGAGCTAAACGAGAATTCACACATATATCCAACCATATTTCCACAGAATCTTCAATTGCAGGAAGATACATATCAAAACGTGAACGTGCACTAATGGCTTCAGCTCCTCAATCTTCCAATCCAGTTCCCCCATCTTCCTCACCCTCTTCCCCTGTTCAAGGAAGCATTTCGGATTCACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

421 aa · LXL04_030969|LXL04_030969|OH1004|PROTEIN

MDLLLNAYSTNTDEDEENETHPPPPFKRAKREFTHISNHISTESSIAGRYISKRERALMASAPQSSNPVPPSSSPSSPVQGSISDSHIRKDILSLLKNQTNSSYTSERNTTALIGHTKAVNALQWSKTHPHLLASCGMDSSIHIWNVWNTEQKKARVLNIHTAAVKDIKWSDSNQSLSLLSCGYDSTSRLIDVEKGVQIRVFNEDQVVGAVRFHPNNSNLFLSGGSKGVIRLWDIRSGNAVNQYVRGLGPILDLEFMNDT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030969`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_030969`
位置	Chr06:125979663-125982206 (-)
描述	Similar to WDR25: WD repeat-containing protein 25
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_030969` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0000974 Prp19 complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分 GO:0016607 nuclear speck 细胞组分 GO:0071006 U2-type catalytic step 1 spliceosome 细胞组分 GO:0071007 U2-type catalytic step 2 spliceosome 细胞组分 GO:0071013 catalytic step 2 spliceosome 细胞组分 GO:0071014 post-mRNA release spliceosomal complex 细胞组分 GO:0071020 post-spliceosomal complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:51362 hsa:79446 mmu:212198 mmu:71713 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.830

排名 1 · LXL04_030969 · OH-1004

细胞质0.268

排名 2 · LXL04_030969 · OH-1004

溶酶体／液泡0.028

排名 3 · LXL04_030969 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 4 · LXL04_030969 · OH-1004

线粒体0.021

排名 5 · LXL04_030969 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23775.2Beta-prop_RIG_2nd94-155 aa

PF30151.1PAC1198-152 aa

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR1103-244 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st105-176 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd105-206 aa

PF24814.2WD40_Prp19106-259 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3107-171 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz109-151 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030969	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	94	155	7.1e-19	69.0
LXL04_030969	`PF30151.1`	PAC11	98	152	2.7e-11	43.7
LXL04_030969	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	103	244	2.5e-14	53.7
LXL04_030969	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	105	176	1e-25	91.3
LXL04_030969	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	105	206	5.6e-11	42.8
LXL04_030969	`PF24814.2`	WD40_Prp19	106	259	1.1e-26	94.3
LXL04_030969	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	107	171	1.4e-39	136.4
LXL04_030969	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	109	151	9.6e-23	81.6
LXL04_030969	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	110	291	3.3e-25	89.7
LXL04_030969	`PF23609.2`	Beta-prop_EIPR1	110	190	4.8e-14	53.2
LXL04_030969	`PF24797.2`	Beta-prop_WDR35_TULP_N	110	242	4.9e-06	26.6
LXL04_030969	`PF00400.39`	WD40	112	146	2.7e-25	88.4
LXL04_030969	`PF24805.2`	EIF3I	112	221	7.7e-14	52.3
LXL04_030969	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	113	411	9.7e-37	127.5
LXL04_030969	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	113	197	4e-14	53.0
LXL04_030969	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	116	404	1.4e-39	136.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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