TkA07G437000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G437000

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 110617624-110623335 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2169 bp · TkA07G437000|TK1151|cDNA

ATACCCCTTTCTCTCTGTCAACTCTTCGCAATTTCAATTCAATTTCCTGCTCCGTCTACTACCACTACTCTTTCATCCCGCCGGCGTTCCATGGGCAATTGCTTCTCCGGCGGAGGCCATACTCAATTTGCCGTTGGAGGCACGTCCTCTGCTCTTGATACTCGTGGCTCTAACGACGCCGTAGACAGCTTTCTAAATTTTCGCGGCTACAATGGCCTCTTCTCTCAGATCGAGCTATCCTTATCTGCTTCAGACTTGCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1770 bp · TkA07G437000|TK1151|CDS

ATGGGCAATTGCTTCTCCGGCGGAGGCCATACTCAATTTGCCGTTGGAGGCACGTCCTCTGCTCTTGATACTCGTGGCTCTAACGACGCCGTAGACAGCTTTCTAAATTTTCGCGGCTACAATGGCCTCTTCTCTCAGATCGAGCTATCCTTATCTGCTTCAGACTTGCGTGACAGGGATGTGCTTTCCAAAAGTGATCCTATGGCAGTTGTATATACCAAAGGAAAAGATGGACAACTGCAGGAGCTTGGCCGCACAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

589 aa · TkA07G437000|TK1151|PROTEIN

MGNCFSGGGHTQFAVGGTSSALDTRGSNDAVDSFLNFRGYNGLFSQIELSLSASDLRDRDVLSKSDPMAVVYTKGKDGQLQELGRTEVVINSLNPKWITKIKITYYFEMVQTLLFRVYDVDTQLHNPEIKTLKLDDQQYLGEATCALSQIVANSKRACTLDLVSIAESTESTRKNLGQITVHAEEEVVSKTTAELILKCTDLENKDFFSKSDPFLVISKYTESGTTVPICRTEVLKNNLKPVWKPIFLNISQVGSKDSPL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G437000`
TK1151 ID	TkA07G437000
OH-1004 ID	LXL04_030848
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.132 / OH-1004 98.132 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G437000

位置 Chr07:110617624-110623335 (-)

描述 Similar to BON1: Protein BONZAI 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g61900`	细胞死亡和防御反应的负调节因子。	A haplotype-specific Resistance gene regulated by BONZAI1 mediates temperature-dependent growth control in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1105/tpc.020479 The BON/CPN gene family represses cell death and promotes cell growth in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02585.x Evidence that the BONZAI1/COPINE1 protein is a calcium- and pathogen-responsive defense suppressor.2009 · DOI: 10.1007/s11103-008-9413-6 Multiple R-like genes are negatively regulated by BON1 and BON3 in arabidopsis.2009 · DOI: 10.1094/mpmi-22-7-0840 Requirement of calcium binding, myristoylation, and protein-protein interaction for the Copine BON1 function in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m109.066100
`At5g07300`	细胞死亡和防御反应的负调节因子。	The BON/CPN gene family represses cell death and promotes cell growth in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02585.x
`At1g08860`	细胞死亡和防御反应的负调节因子。	The BON/CPN gene family represses cell death and promotes cell growth in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02585.x Multiple R-like genes are negatively regulated by BON1 and BON3 in arabidopsis.2009 · DOI: 10.1094/mpmi-22-7-0840

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030848 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程

GO:0009270 response to humidity 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0019725 cellular homeostasis 生物过程

GO:0030335 positive regulation of cell migration 生物过程

GO:0038128 ERBB2 signaling pathway 生物过程

GO:0043069 negative regulation of programmed cell death 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08860

ath:AT5G07300

ath:AT5G61900

hsa:8895

hsa:8904

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.486

排名 1 · TkA07G437000 · TK1151

细胞膜0.337

排名 2 · TkA07G437000 · TK1151

细胞核0.213

排名 3 · TkA07G437000 · TK1151

高尔基体0.120

排名 4 · TkA07G437000 · TK1151

内质网0.119

排名 5 · TkA07G437000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00168C251-156 aa

PF16183Kinesin_assoc51-109 aa

PF16183Kinesin_assoc168-176 aa

PF00168C2196-290 aa

PF07002Copine361-576 aa

PF10138vWA-TerF-like361-384 aa

PF00092VWA434-523 aa

PF10138vWA-TerF-like461-524 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G437000	`PF00168`	C2	51	156	1.8e-27	96.3
TkA07G437000	`PF16183`	Kinesin_assoc	51	109	0.11	13.4
TkA07G437000	`PF16183`	Kinesin_assoc	168	176	0.11	13.4
TkA07G437000	`PF00168`	C2	196	290	1.8e-27	96.3
TkA07G437000	`PF07002`	Copine	361	576	2.4e-78	263.3
TkA07G437000	`PF10138`	vWA-TerF-like	361	384	0.0003	21.8
TkA07G437000	`PF00092`	VWA	434	523	0.0077	17.2
TkA07G437000	`PF10138`	vWA-TerF-like	461	524	0.0003	21.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q941L3`	拟南芥	sp\|Q941L3\|BON1_ARATH Protein BONZAI 1	66.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q5S1W2`	拟南芥	sp\|Q5S1W2\|BON2_ARATH Protein BONZAI 2	66.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q5XQC7`	拟南芥	sp\|Q5XQC7\|BON3_ARATH Protein BONZAI 3	57.800%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情