TkA07G436910 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G436910

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 110590237-110595247 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

480 bp · TkA07G436910|TK1151|cDNA

CTTATTATATCCATCAAAATATCTGGCGGGAAATTGGCGTTCACTCTCTCTGTGTGTCCAAAATCTGAAAACCCTAGAAAAATCAGAAAATCACTCAAGTAAAATCAAATGGATCCAATACCGATGGAAGTATGTTTCCACGGAAGCGAAGACGATAGAGAGAATGTTGAGGAAACCACTAGTCATCTTAGAGATCGTTTCCGCCTGTCCACCATCTCCATTGCAGAGTCCGAAGCCAAACAAGATAACATGGGGATTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

504 bp · TkA07G436910|TK1151|CDS

ATGGAAGTATGTTTCCACGGAAGCGAAGACGATAGAGAGAATGTTGAGGAAACCACTAGTCATCTTAGAGATCGTTTCCGCCTGTCCACCATCTCCATTGCAGAGTCCGAAGCCAAACAAGATAACATGGGGATTTCACAATCTGTCATCGTTTGCATCTCCGATTTAGCGTTCAAGTATGCAGAACAGTTAGCAGAGGATCTCGAGATGTTTGCACATCACGCTGGTCGAAAGTCGGTGAATATGAAGGACGTTATCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

167 aa · TkA07G436910|TK1151|PROTEIN

MEVCFHGSEDDRENVEETTSHLRDRFRLSTISIAESEAKQDNMGISQSVIVCISDLAFKYAEQLAEDLEMFAHHAGRKSVNMKDVIISGTSMKTKLLNPSINLHFYGTPHSDDSFFLISAHRNKHLTDLLRTFSDTLKSKEPQSEKKRKKSSNKEGKSLPVVLDVDP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G436910`
TK1151 ID	TkA07G436910
OH-1004 ID	LXL04_030844
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 97.093 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G436910

位置 Chr07:110590237-110595247 (+)

描述 Similar to MHF1: Protein MHF1 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g50930`	参与促进自发体细胞同源重组（HR）事件，这与FANCM在有序HR中的功能相反。	MHF1 plays Fanconi anaemia complementation group M protein (FANCM)-dependent and FANCM-independent roles in DNA repair and homologous recombination in plants.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12507 FANCM-associated proteins MHF1 and MHF2, but not the other Fanconi anemia factors, limit meiotic crossovers.2014 · DOI: 10.1093/nar/gku614

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030844 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000712 resolution of meiotic recombination intermediates 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006312 mitotic recombination 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007129 homologous chromosome pairing at meiosis 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0031297 replication fork processing 生物过程

GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0036297 interstrand cross-link repair 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0000776 kinetochore 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G50930

bta:613732

hsa:100526739

hsa:378708

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.908

排名 1 · TkA07G436910 · TK1151

细胞质0.192

排名 2 · TkA07G436910 · TK1151

线粒体0.026

排名 3 · TkA07G436910 · TK1151

细胞膜0.020

排名 4 · TkA07G436910 · TK1151

内质网0.011

排名 5 · TkA07G436910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17527ALC12-50 aa

PF15630CENP-S22-87 aa

PF00125Histone38-85 aa

PF15511CENP-T_C40-87 aa

PF00808CBFD_NFYB_HMF41-86 aa

PF07524Bromo_TP45-87 aa

PF02291TFIID-31kDa46-88 aa

PF17527ALC104-155 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G436910	`PF17527`	ALC	12	50	0.025	15.2
TkA07G436910	`PF15630`	CENP-S	22	87	4e-15	56.7
TkA07G436910	`PF00125`	Histone	38	85	0.15	13.2
TkA07G436910	`PF15511`	CENP-T_C	40	87	3.8e-09	37.3
TkA07G436910	`PF00808`	CBFD_NFYB_HMF	41	86	0.025	15.5
TkA07G436910	`PF07524`	Bromo_TP	45	87	0.0002	22.0
TkA07G436910	`PF02291`	TFIID-31kDa	46	88	0.00018	22.3
TkA07G436910	`PF17527`	ALC	104	155	0.025	15.2
TkA07G436910	`PF00125`	Histone	142	161	0.15	13.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FI55`	拟南芥	sp\|Q9FI55\|CENPS_ARATH Protein MHF1 homolog	64.700%	Swiss-Prot	高置信

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