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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G410540
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 103670631-103677245 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3362 bp · TkA07G410540|TK1151|cDNA

GCTATTTTGTAATTACCTGTTTGGCAAATGCAAGTATGCAACCATGGCCTCTTTACTCAAACCTCAATAGGGAAATTAGGAACCGAAGTGATCCCCAAACCCCCATTGATTGTGGCACATCGTTGAAGAAGAGGCAATTTCGACAGGAAGAAAGTGCTCAATAATTTCGATATTATACTAGAGATAATATATACGCAACTAACGAATGGAGAGTGACGAGGAGGATTTTGTGTTCTTCGGAACACCAATCGAGCGGGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2751 bp · TkA07G410540|TK1151|CDS

ATGGAGAGTGACGAGGAGGATTTTGTGTTCTTCGGAACACCAATCGAGCGGGAAGAAGATATAACCAGCCGCAAGAAAAAATCGATTGCAGAAGCTTCCGGTCAGCTGCGAACCCTTGCTCCATGGAAACAAGAGGTAAGAGATGAAGAAGGAAGAAGAAGGTTTCATGGGGCATTTAGTGGAGGATTTTCTGCTGGTTACTACAATACCGTGGGATCAAAAGAGGGATGGACTCCACAAACATTTACATCGTCAAGGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

916 aa · TkA07G410540|TK1151|PROTEIN

MESDEEDFVFFGTPIEREEDITSRKKKSIAEASGQLRTLAPWKQEVRDEEGRRRFHGAFSGGFSAGYYNTVGSKEGWTPQTFTSSRKNRAEFKQQDLSNFLDDDEKAELEGNSLGTSMKFDTFGFTAADMARKQVEKEQNERPSAIPGPAPDEIVVPATDPIGVKLMLKMGWRRGHSIKSSKTSSLYDARREARKAFLALSEDAKAHAAGPAHADMDDTMETSSELLTDGVSQLHKTTPVYVLNPKQDMYGLGYDPFKGA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G410540
TK1151 IDTkA07G410540
OH-1004 IDLXL04_030546
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G410540
位置Chr07:103670631-103677245 (+)
描述Similar to TGH: G patch domain-containing protein TGH
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g23080 作为微小RNA (miRNA) 和小干扰RNA (siRNA) 生物合成的一个组成部分。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0489200 作为微小RNA (miRNA) 和小干扰RNA (siRNA) 生物合成的一个组成部分。 暂无已核实直接文献
UniProt: B8B2G4 作为微小RNA (miRNA) 和小干扰RNA (siRNA) 生物合成的一个组成部分。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030546 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0006396 RNA processing 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0030422 siRNA processing 生物过程
GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程
GO:0035196 miRNA processing 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0016607 nuclear speck 细胞组分
GO:0071013 catalytic step 2 spliceosome 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G23080
bta:518738
dosa:Os06g0489200
hsa:55094
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.933
排名 1 · TkA07G410540 · TK1151
细胞质0.178
排名 2 · TkA07G410540 · TK1151
线粒体0.021
排名 3 · TkA07G410540 · TK1151
细胞膜0.019
排名 4 · TkA07G410540 · TK1151
高尔基体0.008
排名 5 · TkA07G410540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07713DUF160440-116 aa
PF26093HTH_TGH100-108 aa
PF01585G-patch159-175 aa
PF01805Surp404-465 aa
PF26093HTH_TGH529-598 aa
PF07713DUF1604551-563 aa
PF07713DUF1604818-847 aa
PF26093HTH_TGH830-846 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G410540PF07713DUF1604401162.9e-34117.4
TkA07G410540PF26093HTH_TGH1001081.1e-1867.8
TkA07G410540PF01585G-patch1591750.001419.3
TkA07G410540PF01805Surp4044651.4e-1557.4
TkA07G410540PF26093HTH_TGH5295981.1e-1867.8
TkA07G410540PF07713DUF16045515632.9e-34117.4
TkA07G410540PF07713DUF16048188472.9e-34117.4
TkA07G410540PF26093HTH_TGH8308461.1e-1867.8
TkA07G410540PF07713DUF16048688752.9e-34117.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8GXN9拟南芥sp|Q8GXN9|TGH_ARATH G patch domain-containing protein TGH57.300%Swiss-Prot高置信
Q67VW6水稻sp|Q67VW6|TGHH_ORYSJ G patch domain-containing protein TGH homolog50.400%Swiss-Prot高置信
B8B2G4水稻sp|B8B2G4|TGHH_ORYSI G patch domain-containing protein TGH homolog50.400%Swiss-Prot高置信

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