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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G410060
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 103545921-103551226 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3348 bp · TkA07G410060|TK1151|cDNA

TTGAAACACTTTTTATATTTTGCTACAAAAATATTATCCAGGTGGCAATCGCATCACAAGCGCGCGAGTCTCTCCAAACGATCGCAACTTCTCTTTCCCGCCCAAACCCCTCCAATTTCTTCTAAACCCTAACCTCAAAATTCGCGTTGTAACGATTCTCTACACCCTCAAAAACCCTAACTTACTTTTTCTCACCTGTTATCGTTTTCCTTTATCCGCGAAGAATCGAGCATGGATGGAGATTTGCAGGACCACAACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2796 bp · TkA07G410060|TK1151|CDS

ATGGATGGAGATTTGCAGGACCACAACAAACTTCCTGAGCTGAAATTAGATGCTAAACAAGCTCAAGGGTTTCTCACCTTCTTTAAGAAATTACCTAACGATGAAAAGGCCGTTCGCTTTTTCGATCGACGGGATTATTTCACAGCTCATGGCGAAAATGCTTCTTTCATCGCAAAAACATATTACCACACAACAACCGCCCTAAGACAAATCGGCAATGGATCTGATGCAGTATCCAGTGTATCTGTAAGTAAAAACAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

931 aa · TkA07G410060|TK1151|PROTEIN

MDGDLQDHNKLPELKLDAKQAQGFLTFFKKLPNDEKAVRFFDRRDYFTAHGENASFIAKTYYHTTTALRQIGNGSDAVSSVSVSKNMFETIVRDLLLERTDHSLELYEGSGSNWRLTKRGTPGNLGSFEDILFANNDMQDSPVIVAILPNFRENGCTIGLGYVDLSKRILGITEFLDDSHFTNVESCLVSLGCKECVLPSETSKSNECKPLYDVMSKCGVMVTERKKTEFKSRDLGQDLGRLVKGSNEPVRDLVSSFEFA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G410060
TK1151 IDTkA07G410060
OH-1004 IDLXL04_030535
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G410060
位置Chr07:103545921-103551226 (-)
描述Similar to MSH2: DNA mismatch repair protein MSH2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g18524 复制后 DNA 错配修复系统 的组成部分。
Arabidopsis MutS homologs-AtMSH2, AtMSH3, AtMSH6, and a novel AtMSH7-form three distinct protein heterodimers with different specificities for mismatched DNA.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.6.991
Reduction of stability of arabidopsis genomic and transgenic DNA-repeat sequences (microsatellites) by inactivation of AtMSH2 mismatch-repair function.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.023952
Dissimilar mispair-recognition spectra of Arabidopsis DNA-mismatch-repair proteins MSH2*MSH6 (MutSalpha) and MSH2*MSH7 (MutSgamma).2003 · DOI: 10.1093/nar/gkg780
The role of AtMSH2 in homologous recombination in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1038/sj.embor.7400577
The impact of sequence divergence and DNA mismatch repair on homeologous recombination in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02657.x
Impact of the loss of AtMSH2 on double-strand break-induced recombination between highly diverged homeologous sequences in Arabidopsis thaliana germinal tissues.2007 · DOI: 10.1007/s11103-006-9128-5
Regulation of plant MSH2 and MSH6 genes in the UV-B-induced DNA damage response.2011 · DOI: 10.1093/jxb/err001

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030535 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006119 oxidative phosphorylation 生物过程
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006290 pyrimidine dimer repair 生物过程
GO:0006298 mismatch repair 生物过程
GO:0006301 DNA damage tolerance 生物过程
GO:0006302 double-strand break repair 生物过程
GO:0006312 mitotic recombination 生物过程
GO:0006974 DNA damage response 生物过程
GO:0007281 germ cell development 生物过程
GO:0008340 determination of adult lifespan 生物过程
GO:0010165 response to X-ray 生物过程
GO:0010224 response to UV-B 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G18524
bta:533115
mmu:17685
zma:100279876
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.777
排名 1 · TkA07G410060 · TK1151
细胞质0.295
排名 2 · TkA07G410060 · TK1151
线粒体0.058
排名 3 · TkA07G410060 · TK1151
细胞膜0.032
排名 4 · TkA07G410060 · TK1151
内质网0.019
排名 5 · TkA07G410060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01624MutS_I23-128 aa
PF12968DUF385629-89 aa
PF00488MutS_V52-93 aa
PF05188MutS_II143-283 aa
PF05192MutS_III299-606 aa
PF02895H-kinase_dim362-390 aa
PF09763Sec3_CC459-495 aa
PF05190MutS_IV468-565 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G410060PF01624MutS_I231288.5e-1762.1
TkA07G410060PF12968DUF385629890.05414.2
TkA07G410060PF00488MutS_V52937e-81271.4
TkA07G410060PF05188MutS_II1432838.2e-1659.4
TkA07G410060PF05192MutS_III2996066.6e-34118.7
TkA07G410060PF02895H-kinase_dim3623900.7810.9
TkA07G410060PF09763Sec3_CC4594952.58.7
TkA07G410060PF05190MutS_IV4685653.6e-2072.8
TkA07G410060PF02895H-kinase_dim4694910.7810.9
TkA07G410060PF05188MutS_II5395718.2e-1659.4
TkA07G410060PF09763Sec3_CC5626022.58.7
TkA07G410060PF00488MutS_V6628527e-81271.4
TkA07G410060PF02895H-kinase_dim8869200.7810.9
TkA07G410060PF05192MutS_III8899086.6e-34118.7
TkA07G410060PF05190MutS_IV9029193.6e-2072.8
TkA07G410060PF09763Sec3_CC9029292.58.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O24617拟南芥sp|O24617|MSH2_ARATH DNA mismatch repair protein MSH274.000%Swiss-Prot高置信

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