TkA07G355060 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G355060

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 88839963-88842323 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1696 bp · TkA07G355060|TK1151|cDNA

GGGATGTCCAGCAGTGGGGTTTGTTTGGCATCCATGTGAAGCTTCCTTTGAATTCCTAAATTGTCTAGTCAAATTTTCTTCTTTTCGGAGGTTTCTTGTGAAACCATTTCACTCCCATTCACATCATCAACCACCTGTTTGTTCATAATAAACACAAAAAAGCCACATAATCCCATGATATTCCCACCCTGGCTTTGTTTCATTTCCAATTTTCTCCTTGAGTTCTCCCCAATTTCATCCCTATTTGCTCACTTCATCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1149 bp · TkA07G355060|TK1151|CDS

ATGATGAAATGTTTCAGTATTTTCAGTTCCAGAACGAAGAGAAGAGGAAAATCTTCACCGGAGCTCCGGGAGCAAAACCCATCAACAAAACCATCCACAAGATTAGTAAAGTCGACAGGATCAATCGTTTCACCAAGAACCATACCGGAATTGTACAGAGAAAAAGGACATAATTTGACCAAGTTTTCGTTTTCAGTGCTCAGAAATGCTACTAATAACTTCAATAGATCGTTAAAAATCGGAGAAGGTGGATTCGGGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

382 aa · TkA07G355060|TK1151|PROTEIN

MMKCFSIFSSRTKRRGKSSPELREQNPSTKPSTRLVKSTGSIVSPRTIPELYREKGHNLTKFSFSVLRNATNNFNRSLKIGEGGFGSVYKGSIKPPGGQGEPLVVAIKKLNRNGMQGHKEWLAEVQFLGVVEHPNLVKLLGYCSTDGERGIQRLLVYEYMPNKSLEDHLFSRAFPPIPWKRRLQILHGAAQGLAYLHEGLEIQVIFRDFKSSNVLLDENFNPKLSDFGLAREGPQGDQSHVSTMPVGTYGYAAPEYVETG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G355060`
TK1151 ID	TkA07G355060
OH-1004 ID	LXL04_029869
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G355060

位置 Chr07:88839963-88842323 (+)

描述 Similar to PBL19: Probable serine/threonine-protein kinase PBL19

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g47070`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At4g17660`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At3g09830`	参与早期免疫反应的激活。	The receptor-like cytoplasmic kinase PCRK1 contributes to pattern-triggered immunity against Pseudomonas syringae in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1111/nph.13345 Functional characterization of PCRK1, a putative protein kinase with a role in immunity.2015 · DOI: 10.1080/15592324.2015.1063759
`At5g03320`	与 PCRK1 在对细菌病原体的基础抗性及植物免疫调控中功能冗余。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0110900`	在介导先天免疫的微生物肽聚糖和真菌几丁质信号通路中的 CERK1 下游发挥作用。	OsCERK1 and OsRLCK176 play important roles in peptidoglycan and chitin signaling in rice innate immunity.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12710

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029869 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002221 pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0080142 regulation of salicylic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G09830

ath:AT4G17660

ath:AT5G03320

ath:AT5G47070

dosa:Os05g0110900

osa:4337593

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.674

排名 1 · TkA07G355060 · TK1151

细胞质0.264

排名 2 · TkA07G355060 · TK1151

细胞核0.239

排名 3 · TkA07G355060 · TK1151

内质网0.039

排名 4 · TkA07G355060 · TK1151

高尔基体0.027

排名 5 · TkA07G355060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase76-353 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr78-355 aa

PF01636APH119-167 aa

PF01636APH194-233 aa

PF14531Kinase-like202-287 aa

PF01636APH303-380 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G355060	`PF00069`	Pkinase	76	353	4.5e-45	154.8
TkA07G355060	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	78	355	6.5e-47	160.7
TkA07G355060	`PF01636`	APH	119	167	0.013	15.9
TkA07G355060	`PF01636`	APH	194	233	0.013	15.9
TkA07G355060	`PF14531`	Kinase-like	202	287	0.076	13.0
TkA07G355060	`PF01636`	APH	303	380	0.013	15.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LTC0`	拟南芥	sp\|Q9LTC0\|PBL19_ARATH Probable serine/threonine-protein kinase PBL19	57.700%	Swiss-Prot	高置信
`F4JPX3`	拟南芥	sp\|F4JPX3\|PBL20_ARATH Probable serine/threonine-protein kinase PBL20	59.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SF86`	拟南芥	sp\|Q9SF86\|PCRK1_ARATH Serine/threonine-protein kinase PCRK1	53.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LZF8`	拟南芥	sp\|Q9LZF8\|PCRK2_ARATH Serine/threonine-protein kinase PCRK2	54.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q65XV8`	水稻	sp\|Q65XV8\|RK176_ORYSJ Receptor-like cytoplasmic kinase 176	50.900%	Swiss-Prot	高置信

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