TkA07G352370 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G352370

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 88089139-88090260 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

975 bp · TkA07G352370|TK1151|cDNA

ATGTCGGCCGCCGCCGGACAGAAGACTGTACGGAAGTTTCCACCGCCGTGCTGGACGCGGGATGAGGCACTGGTTCTGATCGAAGCATACCGTGAGCGATGGTACGCGCTTCACCGTGCGTTCCTCCGCACGCCGGACTGGGACGCGGTGGCGGAGAAAGTAACAACCAGCTGCCCGGACGTCATGCCGCCGAAAACCTCCGCTCAGTGCCGCCACAAGATGGAAAAGCTCCGTCAACGCCACCGAGCCGAGAAGCAGCG...

CDS

下载 CDS FASTA

975 bp · TkA07G352370|TK1151|CDS

ATGTCGGCCGCCGCCGGACAGAAGACTGTACGGAAGTTTCCACCGCCGTGCTGGACGCGGGATGAGGCACTGGTTCTGATCGAAGCATACCGTGAGCGATGGTACGCGCTTCACCGTGCGTTCCTCCGCACGCCGGACTGGGACGCGGTGGCGGAGAAAGTAACAACCAGCTGCCCGGACGTCATGCCGCCGAAAACCTCCGCTCAGTGCCGCCACAAGATGGAAAAGCTCCGTCAACGCCACCGAGCCGAGAAGCAGCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

324 aa · TkA07G352370|TK1151|PROTEIN

MSAAAGQKTVRKFPPPCWTRDEALVLIEAYRERWYALHRAFLRTPDWDAVAEKVTTSCPDVMPPKTSAQCRHKMEKLRQRHRAEKQRASAFSGERFFSSWFYFEAMEAMENGYNTEPGSNPQINSEIHNPHGLNPGRGLRFKPLADDGSNQEDDDEDGCLVETPIEETKYKGHQDAFLVDTSIREAKNHKTSSISARPDLRPRKFSKVVHDDEDADNGRMWIKVPRNTNKSTGRHEHPNGKESTKGKKKKGGLSEVVSSI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G352370`
TK1151 ID	TkA07G352370
OH-1004 ID	LXL04_029843
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	80.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G352370`
位置	Chr07:88089139-88090260 (-)
描述	Similar to FIP2: Protein FIP2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_029843` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程 GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程 GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程 GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能 GO:0003682 chromatin binding 分子功能 GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能 GO:0042393 histone binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT3G11100 ath:AT3G14180 ath:AT4G17060 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.980

排名 1 · TkA07G352370 · TK1151

细胞质0.055

排名 2 · TkA07G352370 · TK1151

细胞膜0.022

排名 3 · TkA07G352370 · TK1151

内质网0.015

排名 4 · TkA07G352370 · TK1151

质体0.010

排名 5 · TkA07G352370 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13837Myb_DNA-bind_416-109 aa

PF00249Myb_DNA-binding17-73 aa

PF10545MADF_DNA_bdg42-108 aa

PF15377DUF4604158-254 aa

PF10545MADF_DNA_bdg269-291 aa

PF29763Phasin_PhaP274-309 aa

PF13837Myb_DNA-bind_4278-285 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G352370	`PF13837`	Myb_DNA-bind_4	16	109	2.3e-13	51.1
TkA07G352370	`PF00249`	Myb_DNA-binding	17	73	0.1	13.5
TkA07G352370	`PF10545`	MADF_DNA_bdg	42	108	1.3e-07	32.6
TkA07G352370	`PF15377`	DUF4604	158	254	0.22	12.6
TkA07G352370	`PF10545`	MADF_DNA_bdg	269	291	1.3e-07	32.6
TkA07G352370	`PF29763`	Phasin_PhaP	274	309	0.081	13.8
TkA07G352370	`PF13837`	Myb_DNA-bind_4	278	285	2.3e-13	51.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情