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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G304990
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 76545918-76547703 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1226 bp · TkA07G304990|TK1151|cDNA

CCCTCTTCTTCCTCTTAAATTGTCTCACGTTCCCACCCCCCTTTCATCTCTGTCCCTCACTCTCTCTCTCTAAACCACCGCTAAACATATCTCCGATGTCTGCTTCAGGACCTACTGTTGATTCTTCAATAAACAATCAATGGAGACTTGATGGGAACAAGAAGACTCCTCCAAAAACTACGCTCTCAGCGGCAAAATTATGCTTTCTTCAATAGTTGTCCTCTTCGTCGTCGTCGTTTTCTTGGTTCTTCTCCACCTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

543 bp · TkA07G304990|TK1151|CDS

ATGCTTTCTTCAATAGTTGTCCTCTTCGTCGTCGTCGTTTTCTTGGTTCTTCTCCACCTGTACGCAAGATGGTATCTTCTACGCCTCCGCCGCCGTAACGACAACCGACGTGGTAATCGCCGCAACCGTTCCACCCGTGTTGTCTTCTACGTCGACTCGAATAATAATCTGGCAGTGCCCACCGGCGGGCTTGATGCGTCTGTATTGAAGGGACTTCCTTTGTTTGTGTACTCGTCGGAAACTCACGGAAATATGACGGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

180 aa · TkA07G304990|TK1151|PROTEIN

MLSSIVVLFVVVVFLVLLHLYARWYLLRLRRRNDNRRGNRRNRSTRVVFYVDSNNNLAVPTGGLDASVLKGLPLFVYSSETHGNMTECAVCLSEFEEGEKGRILPKCKHSFHTECIDMWFHSNSTCPLCRSPVELGQSEMTISVEQETVFEPGQVLHLASQLKSMRIIRKRRRWQTGGRE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G304990
TK1151 IDTkA07G304990
OH-1004 IDLXL04_029337
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)92.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 85.000 / OH-1004 50.329
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G304990
位置Chr07:76545918-76547703 (-)
描述Similar to ATL2: RING-H2 finger protein ATL2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g16720 可能参与植物防御信号通路的早期阶段。 暂无已核实直接文献
At3g62690 RING-H2 指蛋白 ATL5。 暂无已核实直接文献
At4g15975 可能参与植物防御信号通路的早期阶段。 暂无已核实直接文献
At2g47560 RING-H2 指蛋白 ATL64。 暂无已核实直接文献
At1g53820 RING-H2指蛋白ATL60。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029337 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0065003 protein-containing complex assembly 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
GO:0061659 ubiquitin-like protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G72310
ath:AT2G47560
ath:AT3G16720
ath:AT3G62690
ath:AT4G15975
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.290
排名 1 · TkA07G304990 · TK1151
内质网0.240
排名 2 · TkA07G304990 · TK1151
细胞膜0.236
排名 3 · TkA07G304990 · TK1151
细胞核0.208
排名 4 · TkA07G304990 · TK1151
高尔基体0.180
排名 5 · TkA07G304990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13247Fer4_1168-117 aa
PF04423Rad50_zn_hook84-106 aa
PF22191IBR_185-121 aa
PF13920zf-C3HC4_386-134 aa
PF14446Prok-RING_186-116 aa
PF17120zf-RING_1686-127 aa
PF23145Zf_2nd_IFT12186-91 aa
PF13639zf-RING_287-130 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G304990PF13247Fer4_11681170.1113.4
TkA07G304990PF04423Rad50_zn_hook841063.98.1
TkA07G304990PF22191IBR_1851210.1912.4
TkA07G304990PF13920zf-C3HC4_3861343.7e-0524.1
TkA07G304990PF14446Prok-RING_1861160.02515.4
TkA07G304990PF17120zf-RING_16861270.02814.7
TkA07G304990PF23145Zf_2nd_IFT12186911.19.7
TkA07G304990PF13639zf-RING_2871301.8e-1454.4
TkA07G304990PF17123zf-RING_11871164.6e-1142.9
TkA07G304990PF13923zf-C3HC4_2871292.4e-0834.4
TkA07G304990PF14634zf-RING_5871304.2e-0627.3
TkA07G304990PF11793FANCL_C871250.0116.8
TkA07G304990PF21202SLX1_C871310.1413.2
TkA07G304990PF11789zf-Nse871290.511.0
TkA07G304990PF00097zf-C3HC4881293.6e-0730.7
TkA07G304990PF13445zf-RING_UBOX881274.3e-0524.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8L9T5拟南芥sp|Q8L9T5|ATL2_ARATH RING-H2 finger protein ATL256.200%Swiss-Prot高置信
Q9LZJ6拟南芥sp|Q9LZJ6|ATL5_ARATH RING-H2 finger protein ATL545.700%Swiss-Prot中等置信
Q8LF65拟南芥sp|Q8LF65|ATL17_ARATH RING-H2 finger protein ATL1748.800%Swiss-Prot中等置信
O22255拟南芥sp|O22255|ATL64_ARATH RING-H2 finger protein ATL6448.200%Swiss-Prot中等置信
P0C035拟南芥sp|P0C035|ATL60_ARATH RING-H2 finger protein ATL6040.600%Swiss-Prot中等置信

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