TkA07G292990 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G292990

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 73479981-73482934 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2243 bp · TkA07G292990|TK1151|cDNA

TTTGCAATTAAAAAAAACAACAAATGACAGCAATGGTAAATGACGCAAAGCCCCACGTCAATACAAGTCTTGGTACAATCAGTCGTTTGGATTTGAATCCCGGGTTCTGCGATTGCACGGCGGTCTATCCTTCCATCTCCGCCCTCTATCTTCCAACCCCAACACTTCCGATTTCCACATCACAATGGGGACATGCACTTTATCCATCCGTCTACATGTTATTAATTTTAGGGAAAATGGAAGTGCCATCAATCTTTCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

990 bp · TkA07G292990|TK1151|CDS

ATGTTTCATGCCAAGGTCTCATGTACCACCACACATGATTCTGATTCTGACACTGATAACAACAGTGATATAAGTTCTATCCATGAATTACATAGAGATCCTAACAACAATGGAAGCCTATTTTCTCCAAGAAATGGTCATAATAACAGACGAATGGAACCCCGAGAGCCTGTTGAACAAACTGTCAGGTTTAGTAGAACTTTAAGTGTTGGAAGACTTCGTGATAGAGTTGTTCATAATCATAGACCAATACCATCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

329 aa · TkA07G292990|TK1151|PROTEIN

MFHAKVSCTTTHDSDSDTDNNSDISSIHELHRDPNNNGSLFSPRNGHNNRRMEPREPVEQTVRFSRTLSVGRLRDRVVHNHRPIPSFPFQPEREEVASEVLETSRHTSSTISNSLFGNQDFEADDNIASRETRYSNLLEHRSNFLERRRRIRSQVHALQRMGNRFENLSGHERSCILSGEYQSGHCSCRVNNQDQNDGNSTRGSISRIVLLAEALFEVLDEIHQQSVVSSSSRPALSSIGSVPAPIEAVEALPVKIYQKL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G292990`
TK1151 ID	TkA07G292990
OH-1004 ID	LXL04_029260
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.657 / OH-1004 63.095 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G292990

位置 Chr07:73479981-73482934 (+)

描述 Similar to rnf149: E3 ubiquitin-protein ligase RNF149

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g11680`	在体外介导E2依赖的蛋白泛素化。	暂无已核实直接文献
`At1g12760`	在体外介导E2依赖的蛋白泛素化。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029260 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000578 embryonic axis specification 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

GO:0140297 DNA-binding transcription factor binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19950

ath:AT4G11680

xla:100137618

xla:431819

xtr:548845

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.547

排名 1 · TkA07G292990 · TK1151

细胞核0.440

排名 2 · TkA07G292990 · TK1151

细胞膜0.100

排名 3 · TkA07G292990 · TK1151

线粒体0.065

排名 4 · TkA07G292990 · TK1151

内质网0.062

排名 5 · TkA07G292990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26148VPS18_RING_C61-79 aa

PF13445zf-RING_UBOX173-186 aa

PF13920zf-C3HC4_3268-318 aa

PF26148VPS18_RING_C268-301 aa

PF12678zf-rbx1269-313 aa

PF13639zf-RING_2270-313 aa

PF17123zf-RING_11270-298 aa

PF13923zf-C3HC4_2270-312 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G292990	`PF26148`	VPS18_RING_C	61	79	0.13	13.1
TkA07G292990	`PF13445`	zf-RING_UBOX	173	186	0.0019	18.9
TkA07G292990	`PF13920`	zf-C3HC4_3	268	318	0.0075	16.8
TkA07G292990	`PF26148`	VPS18_RING_C	268	301	0.13	13.1
TkA07G292990	`PF12678`	zf-rbx1	269	313	1e-08	36.0
TkA07G292990	`PF13639`	zf-RING_2	270	313	1.4e-13	51.5
TkA07G292990	`PF17123`	zf-RING_11	270	298	1.6e-09	38.0
TkA07G292990	`PF13923`	zf-C3HC4_2	270	312	2e-07	31.4
TkA07G292990	`PF14634`	zf-RING_5	270	313	0.00021	21.9
TkA07G292990	`PF00097`	zf-C3HC4	271	312	5.2e-09	36.5
TkA07G292990	`PF13445`	zf-RING_UBOX	271	310	0.0019	18.9
TkA07G292990	`PF14570`	zf-RING_4	271	313	0.016	15.7
TkA07G292990	`PF11793`	FANCL_C	271	306	0.66	11.0
TkA07G292990	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	271	317	1.0	10.2
TkA07G292990	`PF12861`	zf-ANAPC11	281	314	0.002	18.8
TkA07G292990	`PF15227`	zf-C3HC4_4	287	312	0.77	10.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93Z92`	拟南芥	sp\|Q93Z92\|RING4_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase At4g11680	53.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LN71`	拟南芥	sp\|Q9LN71\|RING1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase At1g12760	53.200%	Swiss-Prot	低置信

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