TkA07G279090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G279090

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 69787681-69797644 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6769 bp · TkA07G279090|TK1151|cDNA

GTTCGAAACCCTCGTCCCTTTGTTCTTCTCTTCTTCTATACAAATACCACTCGCTACCATCAACCAAAATCGAGCACGGCAATAATTTTTATAAGTATTCATTGTTTGTGATAATTATGACACTGTTAGGTTTCTCAATTCCATTGAAGAAAAAACCCTAAGGATTGTTGAGGGGAATGAAATCATCTGACAGGAACGTTGAAAACTGTTGTGTGGAAAGTGATTATTGTTTGTTATATATAAGTATTGATTTATTAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

4812 bp · TkA07G279090|TK1151|CDS

ATGGGAGGTGCGACATGGCAGTGTGATGGCTTTGAGGAAATCTTGACACATCAAGGTGGCTGTGCTGGCGTGCTTACATCAGACAGTTATGATGACGTGTCACTCACAGAGTCAGAAGATAAGATGAAGAGTGGCACTAAGAGAGAACGTGAAATCGATTTGAATATGCAAGTCACAACAGAGGAAACCGAGCCGGTTCTCAAGAGGCAGAAATCTGAAATTGAATCATGTGATCGGATGGATGAATTGGTCTCAACATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1603 aa · TkA07G279090|TK1151|PROTEIN

MGGATWQCDGFEEILTHQGGCAGVLTSDSYDDVSLTESEDKMKSGTKREREIDLNMQVTTEETEPVLKRQKSEIESCDRMDELVSTSDIQTNGEIVASSVKVEPQTEIETAEMLQTTSCCDNKDVVEKVDILESLHGNTELANLIKRARNSSLKNSELLQDCGIRFLCVLSLDRFGDYVSDQVVAPVRETCAQALGAVLKYMHPMLVHQTLSALLKMQRRPEWEIRHGSLLGIKYLVAVRQEMLPDLLGLVLPACKAGLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G279090`
TK1151 ID	TkA07G279090
OH-1004 ID	LXL04_028648
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	34.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 31.192 / OH-1004 37.628 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G279090

位置 Chr07:69787681-69797644 (+)

描述 Similar to CHR12: Probable ATP-dependent DNA helicase CHR12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54280`	参与分生组织发育。	Identification of novel meristem factors involved in shoot regeneration through the analysis of temperature-sensitive mutants of Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03750.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028648 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0007064 mitotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程

GO:0010231 maintenance of seed dormancy 生物过程

GO:0010492 maintenance of shoot apical meristem identity 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06010

ath:AT5G19310

dosa:Os05g0144300

osa:4337784

sce:YOR290C

spo:2542638

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.579

排名 1 · TkA07G279090 · TK1151

细胞质0.371

排名 2 · TkA07G279090 · TK1151

细胞膜0.062

排名 3 · TkA07G279090 · TK1151

高尔基体0.058

排名 4 · TkA07G279090 · TK1151

线粒体0.055

排名 5 · TkA07G279090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12054DUF3535178-205 aa

PF24987HEAT_EF3_N180-273 aa

PF25151TPR_Trm732_C181-236 aa

PF25786HEAT_GCN1_C185-270 aa

PF02985HEAT186-201 aa

PF24492HEAT_ECM29186-215 aa

PF13513HEAT_EZ186-198 aa

PF25767ARM_TBCD_2nd186-259 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G279090	`PF12054`	DUF3535	178	205	4.9e-103	346.5
TkA07G279090	`PF24987`	HEAT_EF3_N	180	273	8.3e-11	42.9
TkA07G279090	`PF25151`	TPR_Trm732_C	181	236	9.9e-05	23.0
TkA07G279090	`PF25786`	HEAT_GCN1_C	185	270	5.1e-07	30.5
TkA07G279090	`PF02985`	HEAT	186	201	7.1e-14	51.3
TkA07G279090	`PF24492`	HEAT_ECM29	186	215	1.4e-06	29.2
TkA07G279090	`PF13513`	HEAT_EZ	186	198	1.5e-05	26.1
TkA07G279090	`PF25767`	ARM_TBCD_2nd	186	259	0.00048	20.3
TkA07G279090	`PF25801`	HEAT_GCN1_C_2	187	231	0.00019	21.7
TkA07G279090	`PF23702`	ARM_ECM29	187	237	0.026	14.8
TkA07G279090	`PF13646`	HEAT_2	187	227	0.033	15.2
TkA07G279090	`PF13646`	HEAT_2	187	274	0.033	15.2
TkA07G279090	`PF24714`	TOR1L1_N	193	285	2.2e-05	24.7
TkA07G279090	`PF24140`	TPR_TNPO3_IPO13_3rd	207	277	0.11	13.4
TkA07G279090	`PF23227`	HEAT_MROH2B_C	211	274	0.038	14.0
TkA07G279090	`PF13513`	HEAT_EZ	223	274	1.5e-05	26.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B5BT18`	拟南芥	sp\|B5BT18\|BTAF1_ARATH TATA-binding protein-associated factor BTAF1	65.400%	Swiss-Prot	高置信

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