RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G230600
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 57723513-57731919 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1749 bp · TkA07G230600|TK1151|cDNA

AAAAAAAAAAAAAAAGAGAGTCAACTTCCTTGAAACAGATTTTCGCACGGGCAATAAAACCGTTCCCTCGCTTGTTCGGTTTAGGCTTCTTCCAGCAAAGAAAGACATAATACAGCAGAGAAAAGGTACTTCGCCAGTTCACTAGGGTCCTCTCCTACCCCGATTCCCCTGTATATTATTAGGGTTTCAGTTTGTTCTTCCTTTCTTCTTACTAGTCCTTGTAGAATTCCATTCTACCAAAAATATCGATTACAATGAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1044 bp · TkA07G230600|TK1151|CDS

ATGAGTAGTAATCAAGAAGATCAGTTCAATATGGCCGATCTTTGTTCCACTCTCCCTGCTGCTACTTCTGCTCTTACCGCTGAGGATCGTGCTGGACTTGTCGACGTCCTAAAGAATAAACTTGAGAATTTGACCGGAAAACATCCTGATTTCTTGGACACTCTTTCATCTAATGTTAGGCAACGAGTTGGTGTTCTTAAGGACCTTCAGAGTCAATATGATGAGCTGGAGGCTAAGTATCTCGAAGAGAAGGCAGAACT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

347 aa · TkA07G230600|TK1151|PROTEIN

MSSNQEDQFNMADLCSTLPAATSALTAEDRAGLVDVLKNKLENLTGKHPDFLDTLSSNVRQRVGVLKDLQSQYDELEAKYLEEKAELEAKYMKLYEPLYSKRYEIVNGLTEVEGVLDNNLVDKENNESKGDKGVPNFWLTAMKSNEVLADEISEADEGALQYLKDIKWSRITGAKGFKLELFFDPNPYFKNSVLSKTYEMINEEEHILEKAVGTEIEWCTGKNLTQKVLRKKVNKGGSKVPITKIQECESFFNFFNPPQI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G230600
TK1151 IDTkA07G230600
OH-1004 IDLXL04_032201
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)62.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 89.914 / OH-1004 82.850
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G230600
位置Chr07:57723513-57731919 (-)
描述Similar to NAP1;2: Nucleosome assembly protein 1;2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g19480 可能通过调控核小体组装/拆卸调节染色质结构（通过相似性）。
Molecular and reverse genetic characterization of NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN1 (NAP1) genes unravels their function in transcription and nucleotide excision repair in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03844.x

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0149400 可能通过调节核小体组装/解组装来调控染色质结构。 暂无已核实直接文献
UniProt: B8B2R4 可能通过调节核小体组装/解组装来调控染色质结构。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032201 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程
GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程
GO:0016444 somatic cell DNA recombination 生物过程
GO:0000785 chromatin 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0003682 chromatin binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G19480
ath:AT5G56950
dosa:Os05g0539700
nta:107760768
osa:4339460
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.642
排名 1 · TkA07G230600 · TK1151
细胞核0.543
排名 2 · TkA07G230600 · TK1151
线粒体0.055
排名 3 · TkA07G230600 · TK1151
细胞膜0.036
排名 4 · TkA07G230600 · TK1151
内质网0.034
排名 5 · TkA07G230600 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08895DUF184023-43 aa
PF00956NAP61-304 aa
PF0209660KD_IMP66-96 aa
PF14088DUF426868-82 aa
PF15912VIR_N175-184 aa
PF14088DUF4268196-256 aa
PF15912VIR_N256-335 aa
PF05327RRN3259-341 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G230600PF08895DUF184023430.3411.9
TkA07G230600PF00956NAP613043.8e-82276.2
TkA07G230600PF0209660KD_IMP66960.3511.4
TkA07G230600PF14088DUF426868820.08413.6
TkA07G230600PF15912VIR_N1751843.57.7
TkA07G230600PF14088DUF42681962560.08413.6
TkA07G230600PF15912VIR_N2563353.57.7
TkA07G230600PF05327RRN32593417.45.7
TkA07G230600PF09073BUD222643401.78.6
TkA07G230600PF08895DUF18402673300.3411.9
TkA07G230600PF00956NAP3193283.8e-82276.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ZUP3拟南芥sp|Q9ZUP3|NAP1B_ARATH Nucleosome assembly protein 1;260.800%Swiss-Prot高置信
Q5VND6水稻sp|Q5VND6|NAP1A_ORYSJ Nucleosome assembly protein 1;161.600%Swiss-Prot高置信
B8B2R4水稻sp|B8B2R4|NAP1A_ORYSI Nucleosome assembly protein 1;161.600%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看