TkA07G199270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G199270

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 50367464-50371627 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

918 bp · TkA07G199270|TK1151|cDNA

ATGGAGGTCAAAATAAAAAAACAAAAGGTTGTTTCTTATGATATTATTCAACGTAGAAAAGAAAAACGTAAAAAAGTTAATCAAAAATATCATGCACAGAAAAGGGACAAACAACAAATAGAAACTGAGCCGTTACAAAATATAGATAACCAACCAAGGCAAAGAACAATACGATATGCAAATAACGCTTCAACATCACGTGGTATTGGACCAATAGACAAAGAAAATATTTCACCTCATAGTAATGGAAATGTTTCTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

918 bp · TkA07G199270|TK1151|CDS

ATGGAGGTCAAAATAAAAAAACAAAAGGTTGTTTCTTATGATATTATTCAACGTAGAAAAGAAAAACGTAAAAAAGTTAATCAAAAATATCATGCACAGAAAAGGGACAAACAACAAATAGAAACTGAGCCGTTACAAAATATAGATAACCAACCAAGGCAAAGAACAATACGATATGCAAATAACGCTTCAACATCACGTGGTATTGGACCAATAGACAAAGAAAATATTTCACCTCATAGTAATGGAAATGTTTCTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

305 aa · TkA07G199270|TK1151|PROTEIN

MEVKIKKQKVVSYDIIQRRKEKRKKVNQKYHAQKRDKQQIETEPLQNIDNQPRQRTIRYANNASTSRGIGPIDKENISPHSNGNVSHVQNDFSKECNKMTERNKQRGKNKILFTTGETSITGEHHFIHDEENTEICSPITYETQNEVRDDTEVHLNPINEDDPYDFVYDRVFFIDGPGGTGKTFLYKALLEEVRSRGLIALATASSGAAANNMPGGRTAHSRFKIPINLDNNSMCNIKQQSGVAQLLRLAKIIIWDESSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G199270`
TK1151 ID	TkA07G199270
OH-1004 ID	LXL04_028734
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	33.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.344 / OH-1004 92.276 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G199270`
位置	Chr07:50367464-50371627 (+)
描述	Similar to PIF4: ATP-dependent DNA helicase PIF4 (Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_028734` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000722 telomere maintenance via recombination 生物过程 GO:0000723 telomere maintenance 生物过程 GO:0000727 double-strand break repair via break-induced replication 生物过程 GO:0001117 protein-DNA-RNA complex disassembly 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0019985 translesion synthesis 生物过程 GO:0032211 negative regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0051276 chromosome organization 生物过程 GO:0071932 replication fork reversal 生物过程 GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	cal:CAALFM_CR07360WA hsa:80119 prw:PsycPRwf_1560 tbr:Tb11.01.6420 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.825

排名 1 · TkA07G199270 · TK1151

细胞质0.197

排名 2 · TkA07G199270 · TK1151

线粒体0.038

排名 3 · TkA07G199270 · TK1151

细胞膜0.021

排名 4 · TkA07G199270 · TK1151

细胞外0.019

排名 5 · TkA07G199270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24883NPHP3_N15-38 aa

PF13086AAA_1117-73 aa

PF00005ABC_tran43-54 aa

PF00931NB-ARC104-132 aa

PF00005ABC_tran168-201 aa

PF13604AAA_30169-275 aa

PF13245AAA_19169-299 aa

PF05970PIF1170-304 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G199270	`PF24883`	NPHP3_N	15	38	0.13	13.2
TkA07G199270	`PF13086`	AAA_11	17	73	1.1	9.7
TkA07G199270	`PF00005`	ABC_tran	43	54	2.3	9.5
TkA07G199270	`PF00931`	NB-ARC	104	132	0.097	12.9
TkA07G199270	`PF00005`	ABC_tran	168	201	2.3	9.5
TkA07G199270	`PF13604`	AAA_30	169	275	4.4e-06	27.3
TkA07G199270	`PF13245`	AAA_19	169	299	0.0033	18.3
TkA07G199270	`PF05970`	PIF1	170	304	9.7e-53	179.7
TkA07G199270	`PF13401`	AAA_22	170	202	0.016	16.2
TkA07G199270	`PF13191`	AAA_16	170	202	0.054	14.7
TkA07G199270	`PF24883`	NPHP3_N	170	197	0.13	13.2
TkA07G199270	`PF00931`	NB-ARC	171	192	0.097	12.9
TkA07G199270	`PF13086`	AAA_11	171	213	1.1	9.7
TkA07G199270	`PF00004`	AAA	176	194	0.16	13.1
TkA07G199270	`PF00005`	ABC_tran	246	258	2.3	9.5
TkA07G199270	`PF13086`	AAA_11	284	301	1.1	9.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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