TkA07G176590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G176590

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 45165343-45167501 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

783 bp · TkA07G176590|TK1151|cDNA

TTCAGATCCGAAGAACAGAGTAATTTGCAGATCGTGGAACGTGAAGAGCTTGAGGATGAAGAAGATCTATTTGAAGCCATTGATAAACTGACTTCTCATGGAATAAATGCTGGAGATGTTAAAAAGCTGCAGGACGCGGGAATCTATACTTGCAATGGCCTGATGATGCACACAAAGAAGAGCTTGACTGGTATAAAAGGTCTATCGGAGGCTAAAGTTGATAAAATATGTGAAGCTGCCGAGAAGTTAGTGAATTTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

783 bp · TkA07G176590|TK1151|CDS

TTCAGATCCGAAGAACAGAGTAATTTGCAGATCGTGGAACGTGAAGAGCTTGAGGATGAAGAAGATCTATTTGAAGCCATTGATAAACTGACTTCTCATGGAATAAATGCTGGAGATGTTAAAAAGCTGCAGGACGCGGGAATCTATACTTGCAATGGCCTGATGATGCACACAAAGAAGAGCTTGACTGGTATAAAAGGTCTATCGGAGGCTAAAGTTGATAAAATATGTGAAGCTGCCGAGAAGTTAGTGAATTTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

260 aa · TkA07G176590|TK1151|PROTEIN

FRSEEQSNLQIVEREELEDEEDLFEAIDKLTSHGINAGDVKKLQDAGIYTCNGLMMHTKKSLTGIKGLSEAKVDKICEAAEKLVNFGYITGSDALLRRKAVVRITTGSQALDELLGGGIETLQITEAFGEFRSGKTQLAHTLCVSTQLPTNMKGGNGKVAYIDTEGTFRPDRIVPIAERFGMDAGAVLDNIIYARAYTYEHQYNLLLGLAAKMSEEPFRLLIVDSVIALFRVDFTGRRTCRAPAKVGSDALPTNKDCRRV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G176590`
TK1151 ID	TkA07G176590
OH-1004 ID	LXL04_018563
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	54.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 81.154 / OH-1004 60.632 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G176590

位置 Chr07:45165343-45167501 (-)

描述 Similar to RAD51: DNA repair protein RAD51 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g22880`	可能参与减数分裂重组，特别是同源链同化，这是解决减数分裂双链断裂所必需的。	Random chromosome segregation without meiotic arrest in both male and female meiocytes of a dmc1 mutant of Arabidopsis.1999 · DOI: 10.1105/tpc.11.9.1623 ASY1 mediates AtDMC1-dependent interhomolog recombination during meiosis in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1101/gad.439007 MCM8 is required for a pathway of meiotic double-strand break repair independent of DMC1 in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003165

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q7EAG4`	重组酶，可能参与减数分裂重组，特别是在同源链同化中，这对解决减数分裂双链断裂是必需的(通过相似性)。	暂无已核实直接文献
`Os11g0146800`	重组酶，可能参与减数分裂重组，特别是在同源链同化中，这对解决减数分裂双链断裂是必需的(通过相似性)。	Filament formation and robust strand exchange activities of the rice DMC1A and DMC1B proteins.2008 · DOI: 10.1093/nar/gkn405 OsDMC1 Is Not Required for Homologous Pairing in Rice Meiosis.2016 · DOI: 10.1104/pp.16.00167

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018563 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000722 telomere maintenance via recombination 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0000730 DNA recombinase assembly 生物过程

GO:0006259 DNA metabolic process 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006312 mitotic recombination 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0009314 response to radiation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G20850

hsa:5888

sly:544003

zma:541709

zma:541710

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.478

排名 1 · TkA07G176590 · TK1151

细胞质0.468

排名 2 · TkA07G176590 · TK1151

线粒体0.095

排名 3 · TkA07G176590 · TK1151

质体0.034

排名 4 · TkA07G176590 · TK1151

细胞膜0.033

排名 5 · TkA07G176590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14579HHH_610-51 aa

PF14520HHH_533-82 aa

PF22357AF1548-like_C34-84 aa

PF14579HHH_661-82 aa

PF08423Rad5197-238 aa

PF00154RecA_N98-229 aa

PF06745ATPase105-196 aa

PF14520HHH_5114-122 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G176590	`PF14579`	HHH_6	10	51	0.039	14.9
TkA07G176590	`PF14520`	HHH_5	33	82	9.7e-05	23.5
TkA07G176590	`PF22357`	AF1548-like_C	34	84	0.19	12.6
TkA07G176590	`PF14579`	HHH_6	61	82	0.039	14.9
TkA07G176590	`PF08423`	Rad51	97	238	3.1e-69	233.6
TkA07G176590	`PF00154`	RecA_N	98	229	2.1e-06	28.1
TkA07G176590	`PF06745`	ATPase	105	196	0.0055	16.8
TkA07G176590	`PF14520`	HHH_5	114	122	9.7e-05	23.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39009`	拟南芥	sp\|Q39009\|DMC1_ARATH Meiotic recombination protein DMC1 homolog	86.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q7EAG4`	水稻	sp\|Q7EAG4\|DMC1B_ORYSI Meiotic recombination protein DMC1 homolog B	86.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q7GBF7`	水稻	sp\|Q7GBF7\|DMC1B_ORYSJ Meiotic recombination protein DMC1 homolog B	86.900%	Swiss-Prot	高置信

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