TkA07G172000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G172000

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 44147415-44152389 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2699 bp · TkA07G172000|TK1151|cDNA

CGTCTCAATTTTATTTCGTATCATGTCATGAATCGCCATCCGTAAATAAAAGCCAAGGAAACGAACGCACCATCTAGTCCTCTCTGGCTATGTAACTATGCACACAAAAACCTTACTATATATAATATTCCATCTATCTCTATATCATTCAACCTCCACTTCTCTATATACCCATCAAGAATTAGAAATGAGGTTCCTGGTTATTACTCTCCTGGTTCTATTGGTGGTGGTGGCCACTTCCTCCTTGGCTCAAGAACACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1767 bp · TkA07G172000|TK1151|CDS

ATGGCGTCTGCTAATGCAATATTTACAGCTTCAATGCTCCCATCATACAAAAAGGGGAGTTTGGTTGATGGTAGTAGGAGGATTACTCAATTTCAGACTGTTCAGAAGATGAGGCAATCGAATCGCCGGTTTGTGGTTCGTGCTGCGGCTAAAGATATTGCGTTTGACCAGCTTTCGCGGGCGGCTATGCAGGCTGGAATCGATAAACTTGCGGACGTTGTTGGACTTACTCTCGGCCCTAGAGGGAGGAATGTCGTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

588 aa · TkA07G172000|TK1151|PROTEIN

MASANAIFTASMLPSYKKGSLVDGSRRITQFQTVQKMRQSNRRFVVRAAAKDIAFDQLSRAAMQAGIDKLADVVGLTLGPRGRNVVLDEYGSPKVVNDGVTIARAIELPDAMENAGAALIREVASKTNDSAGDGTTTASVLAREIIKLGLLSVTSGANPVSLKKGIDKTVVGLIEELEKRARPVKGREDIRAIASISAGNDDVIGTMIADAIDKVGADGVLSIESSSSFETTVDVEEGMEIDRGYISPQFVTNPEKLLVE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G172000`
TK1151 ID	TkA07G172000
OH-1004 ID	LXL04_002116
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	52.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.177 / OH-1004 90.381 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G172000

位置 Chr07:44147415-44152389 (+)

描述 Similar to RuBisCO large subunit-binding protein subunit beta, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g28000`	结合 RuBisCO 小亚基和大亚基，并参与酶寡聚物的组装。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002116 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0042026 protein refolding 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0010319 stromule 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55490

ath:AT3G13470

ath:AT5G56500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.966

排名 1 · TkA07G172000 · TK1151

线粒体0.061

排名 2 · TkA07G172000 · TK1151

细胞质0.027

排名 3 · TkA07G172000 · TK1151

过氧化物酶体0.015

排名 4 · TkA07G172000 · TK1151

细胞核0.014

排名 5 · TkA07G172000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30524PlmA_C39-71 aa

PF14448Nuc_N59-70 aa

PF00118Cpn60_TCP170-572 aa

PF14448Nuc_N215-232 aa

PF30524PlmA_C256-283 aa

PF27267LdmS_N361-416 aa

PF30524PlmA_C369-404 aa

PF14448Nuc_N380-398 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G172000	`PF30524`	PlmA_C	39	71	1.2	9.9
TkA07G172000	`PF14448`	Nuc_N	59	70	0.56	10.8
TkA07G172000	`PF00118`	Cpn60_TCP1	70	572	7.8e-75	253.1
TkA07G172000	`PF14448`	Nuc_N	215	232	0.56	10.8
TkA07G172000	`PF30524`	PlmA_C	256	283	1.2	9.9
TkA07G172000	`PF27267`	LdmS_N	361	416	0.11	12.9
TkA07G172000	`PF30524`	PlmA_C	369	404	1.2	9.9
TkA07G172000	`PF14448`	Nuc_N	380	398	0.56	10.8
TkA07G172000	`PF30524`	PlmA_C	548	573	1.2	9.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P21238`	拟南芥	sp\|P21238\|CPNA1_ARATH Chaperonin 60 subunit alpha 1, chloroplastic	82.700%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情