TkA07G169220 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G169220

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 43439993-43447083 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3513 bp · TkA07G169220|TK1151|cDNA

TTTGGTTTATTTAATCAACCCGTATAGTACACGTGTGTCTATATTTGAGGAAAAAGGATTCCTAAATCCATCAAATGACTGAAAGTAGCCTTGATATAAGGGAGGGATGAAATGGTAAATGCCGCACAACAGCCAACTCAAGAACACCTCAGTCAAAGGTTTGCTCCTCCAGCCGCACCTCCTTAAACGACGCACCTCCGACGAGGGTGACGAGACCGCAAATCAGGTTTTTATCAACAGGAGAAACTACCGCAGCCATG...

CDS

下载 CDS FASTA

3177 bp · TkA07G169220|TK1151|CDS

ATGGCGATCACAAATCCGGATGTTTCTCTTTCTGAGGAGGAACTCGAGAGGAAGAAGAAGAAAGAAGAGAAGGCAAAAGAGAAAGAGTTGAAAAGACTCAAGGCGGCTCAGAAAGCGGAAGCAGCCAAACTTAAGGCACAACAAGGGACTTCTTCCATGAAAGCCAGTAAGAAGAAGACTGTAAGGGCAGATGCAAGTGAAGAAAATCCACAGGATTTCATAGATCCAGAAACACCTTCTGGTGATAAGAAAAAGCTTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1058 aa · TkA07G169220|TK1151|PROTEIN

MAITNPDVSLSEEELERKKKKEEKAKEKELKRLKAAQKAEAAKLKAQQGTSSMKASKKKTVRADASEENPQDFIDPETPSGDKKKLSQQMAKQFSPDAVEKSWYAWWEQSGFFEANSSSSKPPFTIVLPPPNVTGALHIGHALTAAIQDTIIRWRRMSGYNTLWVPGMDHAGIATQVVVEKKIMRERKMTRHDVGREKFVAEVWKWKEEYGGTILKQLRRLGASLDWSRECFTMDEKRSNAVTEAFVRLYKEGLIYRDLR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G169220`
TK1151 ID	TkA07G169220
OH-1004 ID	LXL04_028552
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G169220

位置 Chr07:43439993-43447083 (+)

描述 Similar to TWN2: Valine--tRNA ligase, mitochondrial 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g14610`	胚胎发育和种子活力所必需的。	Suspensor-derived polyembryony caused by altered expression of valyl-tRNA synthetase in the twn2 mutant of Arabidopsis.1997 · DOI: 10.1073/pnas.94.14.7349

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028552 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006418 tRNA aminoacylation for protein translation 生物过程

GO:0006438 valyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0031012 extracellular matrix 细胞组分

GO:0097225 sperm midpiece 细胞组分

GO:0097228 sperm principal piece 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G14610

ddi:DDB_G0277733

hsa:7407

mmu:22321

rno:25009

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.705

排名 1 · TkA07G169220 · TK1151

细胞核0.211

排名 2 · TkA07G169220 · TK1151

线粒体0.117

排名 3 · TkA07G169220 · TK1151

过氧化物酶体0.088

排名 4 · TkA07G169220 · TK1151

质体0.064

排名 5 · TkA07G169220 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04567RNA_pol_Rpb2_58-40 aa

PF00749tRNA-synt_1c11-76 aa

PF27636CCPG1_N16-49 aa

PF15396FAM60A18-72 aa

PF00133tRNA-synt_1103-725 aa

PF00749tRNA-synt_1c130-147 aa

PF09334tRNA-synt_1g131-192 aa

PF01406tRNA-synt_1e131-166 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G169220	`PF04567`	RNA_pol_Rpb2_5	8	40	5.2	8.7
TkA07G169220	`PF00749`	tRNA-synt_1c	11	76	2.6	7.6
TkA07G169220	`PF27636`	CCPG1_N	16	49	0.0057	17.9
TkA07G169220	`PF15396`	FAM60A	18	72	7.9	7.1
TkA07G169220	`PF00133`	tRNA-synt_1	103	725	6.8e-149	496.8
TkA07G169220	`PF00749`	tRNA-synt_1c	130	147	2.6	7.6
TkA07G169220	`PF09334`	tRNA-synt_1g	131	192	3.1e-14	53.3
TkA07G169220	`PF01406`	tRNA-synt_1e	131	166	0.00014	22.1
TkA07G169220	`PF00749`	tRNA-synt_1c	207	258	2.6	7.6
TkA07G169220	`PF15396`	FAM60A	228	251	7.9	7.1
TkA07G169220	`PF13603`	tRNA-synt_1_2	305	339	1.9e-09	38.0
TkA07G169220	`PF13603`	tRNA-synt_1_2	345	403	1.9e-09	38.0
TkA07G169220	`PF01406`	tRNA-synt_1e	462	482	0.00014	22.1
TkA07G169220	`PF09334`	tRNA-synt_1g	464	522	3.1e-14	53.3
TkA07G169220	`PF01406`	tRNA-synt_1e	631	664	0.00014	22.1
TkA07G169220	`PF09334`	tRNA-synt_1g	634	670	3.1e-14	53.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P93736`	拟南芥	sp\|P93736\|SYVM1_ARATH Valine--tRNA ligase, mitochondrial 1	71.800%	Swiss-Prot	高置信

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