LXL04_028552 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028552

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 45386407-45391657 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3177 bp · LXL04_028552|LXL04_028552|OH1004|cDNA

ATGGCCATCACAAATCCTGATGTTTCTCTTTCTGAGGAGGAACTCGAGaggaaaaagaagaaagaagagaagGCAAAAGAGAAAGAGTTGAAGAGACTCAAGGCGGCTCAGAAAGCGGAAGCAGCCAAACTTAAGGCACAACAAGGGACTTCTTCCATGAAAGCCAGTAAGAAGAAGACTGTAAGGGCAGATGCAAGTGAAGAAAATCCACAGGATTTCATAGATCCAGAAACACCTTCTGGTGATAAGAAAAAGCTTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

3177 bp · LXL04_028552|LXL04_028552|OH1004|CDS

ATGGCCATCACAAATCCTGATGTTTCTCTTTCTGAGGAGGAACTCGAGAGGAAAAAGAAGAAAGAAGAGAAGGCAAAAGAGAAAGAGTTGAAGAGACTCAAGGCGGCTCAGAAAGCGGAAGCAGCCAAACTTAAGGCACAACAAGGGACTTCTTCCATGAAAGCCAGTAAGAAGAAGACTGTAAGGGCAGATGCAAGTGAAGAAAATCCACAGGATTTCATAGATCCAGAAACACCTTCTGGTGATAAGAAAAAGCTTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1058 aa · LXL04_028552|LXL04_028552|OH1004|PROTEIN

MAITNPDVSLSEEELERKKKKEEKAKEKELKRLKAAQKAEAAKLKAQQGTSSMKASKKKTVRADASEENPQDFIDPETPSGDKKKLSQQMAKQFSPDAVEKSWYAWWEQSGFFEANSSSSKPPFTIVLPPPNVTGALHIGHALTAAIQDTIIRWRRMSGYNTLWVPGMDHAGIATQVVVEKKIMRERKMTRHDVGREKFVAEVWKWKEEYGGTILKQLRRLGASLDWSRECFTMDEKRSNAVTEAFVRLYKEGLIYRDLR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028552`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028552

位置 Chr06:45386407-45391657 (+)

描述 Similar to TWN2: Valine--tRNA ligase, mitochondrial 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g14610`	胚胎发育和种子活力所必需的。	Suspensor-derived polyembryony caused by altered expression of valyl-tRNA synthetase in the twn2 mutant of Arabidopsis.1997 · DOI: 10.1073/pnas.94.14.7349

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028552 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006418 tRNA aminoacylation for protein translation 生物过程

GO:0006438 valyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0031012 extracellular matrix 细胞组分

GO:0097225 sperm midpiece 细胞组分

GO:0097228 sperm principal piece 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G14610

ddi:DDB_G0277733

hsa:7407

mmu:22321

rno:25009

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.703

排名 1 · LXL04_028552 · OH-1004

细胞核0.213

排名 2 · LXL04_028552 · OH-1004

线粒体0.114

排名 3 · LXL04_028552 · OH-1004

过氧化物酶体0.087

排名 4 · LXL04_028552 · OH-1004

质体0.069

排名 5 · LXL04_028552 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00133.29tRNA-synt_1103-725 aa

PF09334.18tRNA-synt_1g131-192 aa

PF13603.13tRNA-synt_1_2345-403 aa

PF08264.20Anticodon_1771-911 aa

PF10458.15Val_tRNA-synt_C984-1043 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028552	`PF00133.29`	tRNA-synt_1	103	725	5e-149	497.3
LXL04_028552	`PF09334.18`	tRNA-synt_1g	131	192	3.1e-14	53.3
LXL04_028552	`PF13603.13`	tRNA-synt_1_2	345	403	2e-09	38.0
LXL04_028552	`PF08264.20`	Anticodon_1	771	911	8.1e-33	114.1
LXL04_028552	`PF10458.15`	Val_tRNA-synt_C	984	1043	1.4e-06	29.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P93736`	拟南芥	Valine--tRNA ligase, mitochondrial 1	71.568%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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