TkA07G164940 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G164940

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 42342362-42344808 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1312 bp · TkA07G164940|TK1151|cDNA

CCCCACTCCGCGCACCCTAAAATAACCGAAGAGGTGTTCACACTTTACCCTTTACGTTGCAGTTGGTACTTGAGATCGAGACGGTGTTCGTACAGCGTGACTCGAAACTTCCGAGGATTGCAGGTTTCCCCTTACGCAAGACACCATCTCTTGATATAACGTTCGAGAGAAATTATAATCCCATTCGTCAATCAAATTCGCTATTCAGAAACAAAGTGATTTAGGGTTTATCTGATTTCCACAATTCCATTACTGACTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1020 bp · TkA07G164940|TK1151|CDS

ATGGAACGCGAGGATGAGTTGAAGCAGAAATTGCAAGATTTACAGAAGCAACTAGGGAAAAAGCAAATGTTCGAAGAGTCTGTCTCTTCAATCAGATCTTTGCTCCATCAATTTTACCCTTCCGCTTCACCTTCTCTTCGTAAATCGTTTTTCACAGTCATATCTCGTGTTGCAACCATACTAAAGACAAGATACACCTCACCTGGATTTTGGAACACCGGATTAGGGCTCTTTCTAGAAGCTGAACAAATGGTGTCCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

339 aa · TkA07G164940|TK1151|PROTEIN

MEREDELKQKLQDLQKQLGKKQMFEESVSSIRSLLHQFYPSASPSLRKSFFTVISRVATILKTRYTSPGFWNTGLGLFLEAEQMVSESSEKQHLKTCILRAREQLTEIDNQPDESPQNTRHQGYLFEGHLTVDQEPPQPQWLVQSNLMTALAATMSQGDTSSSQSDGPTTLPVELMDRLQELMPNTSPDSNDLPQEIIDQLLAMFPEGNSAAGAPPASKEVVAKLPVIVVTDEILVKLGLDAECAICKENLVVNDSMQEM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G164940`
TK1151 ID	TkA07G164940
OH-1004 ID	LXL04_028515
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.381 / OH-1004 89.911 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G164940

位置 Chr07:42342362-42344808 (-)

描述 Similar to AIP2: E3 ubiquitin-protein ligase AIP2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g20910`	E3 泛素蛋白连接酶，作为脱落酸（ABA）信号的负调控因子。	暂无已核实直接文献
`At3g19950`	E3 泛素蛋白连接酶以硫酯的形式接受来自 E2 泛素结合酶的泛素，然后将泛素直接转移至目标底物。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028515 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0035519 protein K29-linked ubiquitination 生物过程

GO:0044314 protein K27-linked ubiquitination 生物过程

GO:0090378 seed trichome elongation 生物过程

GO:1905168 positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19950

ath:AT5G20910

xla:432033

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.660

排名 1 · TkA07G164940 · TK1151

细胞核0.419

排名 2 · TkA07G164940 · TK1151

内质网0.076

排名 3 · TkA07G164940 · TK1151

线粒体0.071

排名 4 · TkA07G164940 · TK1151

细胞膜0.067

排名 5 · TkA07G164940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06387Calcyon34-77 aa

PF13923zf-C3HC4_295-101 aa

PF12678zf-rbx1241-285 aa

PF13920zf-C3HC4_3242-288 aa

PF17120zf-RING_16242-282 aa

PF29452FAR1_N242-293 aa

PF13771zf-HC5HC2H242-272 aa

PF13639zf-RING_2243-285 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G164940	`PF06387`	Calcyon	34	77	0.11	13.3
TkA07G164940	`PF13923`	zf-C3HC4_2	95	101	1.1e-08	35.4
TkA07G164940	`PF12678`	zf-rbx1	241	285	3e-06	28.1
TkA07G164940	`PF13920`	zf-C3HC4_3	242	288	0.00027	21.4
TkA07G164940	`PF17120`	zf-RING_16	242	282	0.14	12.5
TkA07G164940	`PF29452`	FAR1_N	242	293	0.17	12.6
TkA07G164940	`PF13771`	zf-HC5HC2H	242	272	0.36	11.8
TkA07G164940	`PF13639`	zf-RING_2	243	285	2e-13	51.1
TkA07G164940	`PF13923`	zf-C3HC4_2	243	284	1.1e-08	35.4
TkA07G164940	`PF17123`	zf-RING_11	243	271	2.9e-07	30.8
TkA07G164940	`PF14634`	zf-RING_5	243	286	0.0013	19.4
TkA07G164940	`PF21302`	Zn_ribbon_RlmA	243	266	0.2	12.4
TkA07G164940	`PF24441`	DUF7560	243	260	0.22	12.0
TkA07G164940	`PF26148`	VPS18_RING_C	243	272	0.31	11.9
TkA07G164940	`PF14446`	Prok-RING_1	243	272	0.42	11.5
TkA07G164940	`PF11793`	FANCL_C	243	279	1.3	10.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RXD3`	拟南芥	sp\|Q8RXD3\|AIP2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase AIP2	62.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LPN7`	拟南芥	sp\|Q8LPN7\|RNG1L_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like	44.100%	Swiss-Prot	低置信

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