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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G151300
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 38917817-38920539 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1102 bp · TkA07G151300|TK1151|cDNA

TTCAGACCCAAATCTCTCCGGTCCTCTTTTCAACGTCACCAAGTCGATAAATTCCCTACAAGCATTTTCCAATCGGTTGATCAAGGCATCAAACAAGAATCGGTTTTTGGATTCCTTTGTTTTCTTCAGGATTGCTTTTCAATTAAGAGCAATCGGAAGACGGAGTTGTTTGGATTTTGATAACTTTAGGTTTTAAGTAAAATTCAGGGGAATTATTTCAGTATTTCGGGGCTGTTTGAACTTGAGCGAAATATGCAGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

522 bp · TkA07G151300|TK1151|CDS

ATGCAGAGCCAAATAGTTTGCAGTGGTTGTAGGAGCATTTTGCTATATCCAAGAGGAGCCTCGAATGTGTGTTGTGCATTGTGTAACACGGTTACCTCGGTTCCCCCTCCCGGGACAGAAATGGCCCAACTGATCTGTGGAGGTTGTCACACATTGCTTATGTATACGCGTGGTGCTACAAGTGTTAGATGCTCGTGTTGCCATATAGTGAATCTCGCACCAGTTGCAAACCAGCTTGCCCAAGTGAGCTGTGCAAATTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

173 aa · TkA07G151300|TK1151|PROTEIN

MQSQIVCSGCRSILLYPRGASNVCCALCNTVTSVPPPGTEMAQLICGGCHTLLMYTRGATSVRCSCCHIVNLAPVANQLAQVSCANCRTMLMYPYGAPSVKCAVCHYITNVNMNNGRVPIPMQPPGSMPSTSTEMPHFHTQTVVVENPMSVDESGKLVSNVVVGVTTEKKQTS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G151300
TK1151 IDTkA07G151300
OH-1004 IDLXL04_002960
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)83.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.844 / OH-1004 98.333
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G151300
位置Chr07:38917817-38920539 (+)
描述Similar to LOL3: Protein LOL3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g20380 活性氧诱导的细胞死亡、冷应激诱导的细胞死亡、病原体诱导的过敏反应、基础抗病性的负调节剂。
The Arabidopsis LSD1 gene plays an important role in the regulation of low temperature-dependent cell death.2010 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03275.x
At1g32540 活性氧诱导的细胞死亡的正调节剂。
Antagonistic control of oxidative stress-induced cell death in Arabidopsis by two related, plant-specific zinc finger proteins.2003 · DOI: 10.1073/pnas.1130421100

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os12g0611000 推测的锌指蛋白，可能参与程序性细胞死亡和防御反应。 暂无已核实直接文献
Os03g0639600 推测的锌指蛋白，可能参与程序性细胞死亡和防御反应。 暂无已核实直接文献
Os08g0159500 程序性细胞死亡和超敏反应（HR）的负调控因子。
OsLSD1, a rice zinc finger protein, regulates programmed cell death and callus differentiation.2005 · DOI: 10.1094/mpmi-18-0375
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002960 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000303 response to superoxide 生物过程
GO:0001666 response to hypoxia 生物过程
GO:0002240 response to molecule of oomycetes origin 生物过程
GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程
GO:0009862 systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010104 regulation of ethylene-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010310 regulation of hydrogen peroxide metabolic process 生物过程
GO:0010602 regulation of 1-aminocyclopropane-1-carboxylate metabolic process 生物过程
GO:0010618 aerenchyma formation 生物过程
GO:0030154 cell differentiation 生物过程
GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程
GO:0034051 negative regulation of plant-type hypersensitive response 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G32540
ath:AT4G20380
dosa:Os03g0639600
dosa:Os08g0159500
dosa:Os12g0611000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.588
排名 1 · TkA07G151300 · TK1151
细胞核0.476
排名 2 · TkA07G151300 · TK1151
细胞膜0.104
排名 3 · TkA07G151300 · TK1151
溶酶体／液泡0.060
排名 4 · TkA07G151300 · TK1151
线粒体0.053
排名 5 · TkA07G151300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23547Zn_ribbon_FGT1_14-36 aa
PF23548Zn_ribbon_FGT1_24-29 aa
PF27353MJ04015-21 aa
PF00130C1_16-30 aa
PF06943zf-LSD17-31 aa
PF02150Zn_ribbon_RPB97-29 aa
PF27353MJ040124-35 aa
PF14522Cytochrome_C741-68 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G151300PF23547Zn_ribbon_FGT1_14367.5e-0935.8
TkA07G151300PF23548Zn_ribbon_FGT1_24290.006916.7
TkA07G151300PF27353MJ04015210.1412.4
TkA07G151300PF00130C1_16300.004617.5
TkA07G151300PF06943zf-LSD17313.2e-38130.0
TkA07G151300PF02150Zn_ribbon_RPB97293.78.2
TkA07G151300PF27353MJ040124350.1412.4
TkA07G151300PF14522Cytochrome_C741688.77.0
TkA07G151300PF23548Zn_ribbon_FGT1_242680.006916.7
TkA07G151300PF23547Zn_ribbon_FGT1_143697.5e-0935.8
TkA07G151300PF00130C1_145690.004617.5
TkA07G151300PF27353MJ040145510.1412.4
TkA07G151300PF06943zf-LSD146703.2e-38130.0
TkA07G151300PF02150Zn_ribbon_RPB946683.78.2
TkA07G151300PF27353MJ040163680.1412.4
TkA07G151300PF23548Zn_ribbon_FGT1_2801060.006916.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P94077拟南芥sp|P94077|LSD1_ARATH Protein LSD170.800%Swiss-Prot高置信
Q93ZB1拟南芥sp|Q93ZB1|LOL1_ARATH Protein LOL181.800%Swiss-Prot低置信
Q2QMB3水稻sp|Q2QMB3|LOL2_ORYSJ Protein LOL268.000%Swiss-Prot高置信
Q6ASS2水稻sp|Q6ASS2|LOL3_ORYSJ Protein LOL364.700%Swiss-Prot高置信
Q0J7V9水稻sp|Q0J7V9|LSD1_ORYSJ Protein LSD179.200%Swiss-Prot低置信

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