TkA07G144470 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G144470

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 37301008-37316745 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3211 bp · TkA07G144470|TK1151|cDNA

CTGAAGTTGCTCATGTCACAACTGTGTGTTGTGGAGAATATGAATAAACGGTTAGTTTTCCGAAGGCGGTCGTCTATGAACCCTAATCCAAATGTTCATGAAAATGGAACGAGTTCAGCTAAAGTTGCACTTTGGTTTGTAACAAGTGTGTTTGGATAGGATGTACAGACGACTAGTTGTGACAGCAGTGGAAGGCGGTCGCCTCTCTCTCATATAAACCCTACATCCTATATACCCAGAACCCTAAAAAATCTAATACC...

CDS

下载 CDS FASTA

2787 bp · TkA07G144470|TK1151|CDS

ATGCCATACGATGAAGAGGAATCCTCCGGCAGCGACTCCGATGCCGGATTTGACGAAGACATGGAAGCCCTAAGAAAGGCCTGCTCTGTCATAGGTGTGGACGATTCTGTCGATGATCTCCCGAAACCATCGACCGCCTATAGCGATTATGACGACACCTACACGTCTGAGGATGAAGACATAGAACTGCTGCGTAACATCCAGCAACGTTTTTCTGTTCCCACCAACGACGTTGGCAGTGAACACCATTCTATTTCTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

928 aa · TkA07G144470|TK1151|PROTEIN

MPYDEEESSGSDSDAGFDEDMEALRKACSVIGVDDSVDDLPKPSTAYSDYDDTYTSEDEDIELLRNIQQRFSVPTNDVGSEHHSISMKPLSIIMPSGLSDDNDDYGDDFETLRAIQRRFSQYYDSKNKDKESSVQKPEQVGATNIELEKETSTSPNFFVKSINNGQGFPDCVDGRATNRKLDLSSNSTPDTHEPGSEIIPAPDCGFPRSAQAFVEPIKKNRICQKFIRNKIGQIEAKMEENKKLRERVKILKDFQVACRK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G144470`
TK1151 ID	TkA07G144470
OH-1004 ID	LXL04_028329
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	93.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 47.301 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G144470

位置 Chr07:37301008-37316745 (+)

描述 Similar to mybL: Myb-like protein L

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32730`	结合基因启动子中 5'-AACGG-3' 基序的转录因子。	R1R2R3-Myb proteins positively regulate cytokinesis through activation of KNOLLE transcription in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1242/dev.02801 Mutations in MYB3R1 and MYB3R4 cause pleiotropic developmental defects and preferential down-regulation of multiple G2/M-specific genes in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.180836
`At1g69560`	可能的转录因子，参与边界指定、分生组织启动和维持及器官模式形成。	LATERAL ORGAN FUSION1 and LATERAL ORGAN FUSION2 function in lateral organ separation and axillary meristem formation in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1242/dev.031971

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028329 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0042795 snRNA transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0042796 snRNA transcription by RNA polymerase III 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0019185 snRNA-activating protein complex 细胞组分

GO:0000995 RNA polymerase III general transcription initiation factor activity 分子功能

GO:0001006 RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0016251 RNA polymerase II general transcription initiation factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ddi:DDB_G0285373

hsa:6621

mmu:227644

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.968

排名 1 · TkA07G144470 · TK1151

细胞质0.071

排名 2 · TkA07G144470 · TK1151

细胞膜0.023

排名 3 · TkA07G144470 · TK1151

质体0.011

排名 4 · TkA07G144470 · TK1151

内质网0.011

排名 5 · TkA07G144470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13921Myb_DNA-bind_658-72 aa

PF00249Myb_DNA-binding321-338 aa

PF15963Myb_DNA-bind_7321-338 aa

PF13921Myb_DNA-bind_6324-426 aa

PF23588HTH_CHD1_Hrp3324-338 aa

PF00249Myb_DNA-binding384-407 aa

PF00249Myb_DNA-binding417-460 aa

PF23588HTH_CHD1_Hrp3417-442 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G144470	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	58	72	2.6e-50	169.2
TkA07G144470	`PF00249`	Myb_DNA-binding	321	338	2.6e-59	197.8
TkA07G144470	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	321	338	0.054	14.0
TkA07G144470	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	324	426	2.6e-50	169.2
TkA07G144470	`PF23588`	HTH_CHD1_Hrp3	324	338	1.3e-08	35.4
TkA07G144470	`PF00249`	Myb_DNA-binding	384	407	2.6e-59	197.8
TkA07G144470	`PF00249`	Myb_DNA-binding	417	460	2.6e-59	197.8
TkA07G144470	`PF23588`	HTH_CHD1_Hrp3	417	442	1.3e-08	35.4
TkA07G144470	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	418	472	2.6e-50	169.2
TkA07G144470	`PF23588`	HTH_CHD1_Hrp3	461	494	1.3e-08	35.4
TkA07G144470	`PF00249`	Myb_DNA-binding	468	512	2.6e-59	197.8
TkA07G144470	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	468	514	0.054	14.0
TkA07G144470	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	471	520	2.6e-50	169.2
TkA07G144470	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	518	563	0.054	14.0
TkA07G144470	`PF00249`	Myb_DNA-binding	522	567	2.6e-59	197.8
TkA07G144470	`PF23588`	HTH_CHD1_Hrp3	523	547	1.3e-08	35.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S7G7`	拟南芥	sp\|Q9S7G7\|MB3R1_ARATH Transcription factor MYB3R-1	38.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SEZ4`	拟南芥	sp\|Q9SEZ4\|MY105_ARATH Transcription factor MYB105	31.400%	Swiss-Prot	低置信

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