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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G139440
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 36058778-36059230 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

453 bp · TkA07G139440|TK1151|cDNA

ATGGTTATGTCCCTAATTATCTCTCTCTTCCTTATCTTCGTCGGCCTGGCTGCCATCCTCCTACTCCACATCCTCATTTTCGGCTCCTTCCTTCACCGCCGCCGCCGCCAACACGCTACCCCACCACCCACCTCCTCCTCTTACTCTCGCATCGACTTACAGAACAACCTCCCTTCCTTCCGATACTCCACCGCCGCATCTGGTTCTCCTGACTGTTCGATTTGCTTGGAGTGCTTCAGCGAAGGAGACTTGTGCCGAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

453 bp · TkA07G139440|TK1151|CDS

ATGGTTATGTCCCTAATTATCTCTCTCTTCCTTATCTTCGTCGGCCTGGCTGCCATCCTCCTACTCCACATCCTCATTTTCGGCTCCTTCCTTCACCGCCGCCGCCGCCAACACGCTACCCCACCACCCACCTCCTCCTCTTACTCTCGCATCGACTTACAGAACAACCTCCCTTCCTTCCGATACTCCACCGCCGCATCTGGTTCTCCTGACTGTTCGATTTGCTTGGAGTGCTTCAGCGAAGGAGACTTGTGCCGAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

150 aa · TkA07G139440|TK1151|PROTEIN

MVMSLIISLFLIFVGLAAILLLHILIFGSFLHRRRRQHATPPPTSSSYSRIDLQNNLPSFRYSTAASGSPDCSICLECFSEGDLCRELPVCNHVFHVHCVDSWLTKVPNCPVCRTTVRLEVDRPSDMIVSDDDYKFLWVVGVGRQGVVNY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G139440
TK1151 IDTkA07G139440
OH-1004 IDLXL04_028287
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 80.214
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G139440
位置Chr07:36058778-36059230 (-)
描述Similar to ATL56: RING-H2 finger protein ATL56
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g18670 RING-H2 指状蛋白 ATL56。 暂无已核实直接文献
At4g30370 RING-H2 指蛋白 ATL14。 暂无已核实直接文献
At2g42360 E3泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶E2 UBC8、UBC10、UBC11、UBC28、UBC29、UBC30、UBC35和UBC36在体外催化多泛素化反应。 暂无已核实直接文献
At2g27940 RING-H2指蛋白ATL57。 暂无已核实直接文献
At4g40070 RING-H2指蛋白ATL32。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028287 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0031982 vesicle 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G18670
ath:AT2G42360
ath:AT3G18930
ath:AT4G28890
ath:AT4G30370
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.265
排名 1 · TkA07G139440 · TK1151
内质网0.263
排名 2 · TkA07G139440 · TK1151
细胞膜0.232
排名 3 · TkA07G139440 · TK1151
细胞质0.204
排名 4 · TkA07G139440 · TK1151
细胞核0.184
排名 5 · TkA07G139440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03929PepSY_TM12-39 aa
PF13639zf-RING_271-114 aa
PF17123zf-RING_1171-100 aa
PF14634zf-RING_571-115 aa
PF29452FAR1_N71-118 aa
PF13923zf-C3HC4_272-113 aa
PF13445zf-RING_UBOX72-111 aa
PF00097zf-C3HC472-113 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G139440PF03929PepSY_TM12390.2312.0
TkA07G139440PF13639zf-RING_2711149.7e-1245.7
TkA07G139440PF17123zf-RING_11711009.9e-0832.3
TkA07G139440PF14634zf-RING_5711150.0215.5
TkA07G139440PF29452FAR1_N711189.77.0
TkA07G139440PF13923zf-C3HC4_2721132.5e-0524.7
TkA07G139440PF13445zf-RING_UBOX721110.0003521.2
TkA07G139440PF00097zf-C3HC4721130.002418.4
TkA07G139440PF08746zf-RING-like721130.007517.1
TkA07G139440PF12678zf-rbx1741143.2e-0937.6
TkA07G139440PF12861zf-ANAPC11741194.8e-0627.2
TkA07G139440PF13920zf-C3HC4_3741170.2112.1
TkA07G139440PF25403zf-C2H2_ZFAND289930.01316.2
TkA07G139440PF17120zf-RING_16891121.69.1
TkA07G139440PF25403zf-C2H2_ZFAND21061260.01316.2
TkA07G139440PF17123zf-RING_111091169.9e-0832.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ZV51拟南芥sp|Q9ZV51|ATL56_ARATH RING-H2 finger protein ATL5646.700%Swiss-Prot中等置信
Q9M0C3拟南芥sp|Q9M0C3|ATL14_ARATH RING-H2 finger protein ATL1450.800%Swiss-Prot低置信
Q9SLC3拟南芥sp|Q9SLC3|ATL41_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL4147.700%Swiss-Prot低置信
Q9SJJ7拟南芥sp|Q9SJJ7|ATL57_ARATH RING-H2 finger protein ATL5749.200%Swiss-Prot低置信
Q8W571拟南芥sp|Q8W571|ATL32_ARATH RING-H2 finger protein ATL3239.500%Swiss-Prot低置信

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