TkA07G117470 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G117470

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 30510783-30516958 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4349 bp · TkA07G117470|TK1151|cDNA

GGTACTTAAATGCAATAAATAAAACACAAGCAGCTCCCGCAGACAAAAGCAGTCATATCATTTGAACCGGGGATGTAACTGACGACTGTCCGATCCCGATTGCGGTCAAAATCAGCTCAGCGGAGAATCGGGCCGGCGACAATGTCGTCGATTCAACGGCCACCAAACGACTCCTGGGACTACATGCTACCGGGTCCACCTTCACGCAACAACGGCGGATCTGCTGACCTCCGTTCGACCGGACTTCTTGCCTATGCCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3963 bp · TkA07G117470|TK1151|CDS

ATGTCGTCGATTCAACGGCCACCAAACGACTCCTGGGACTACATGCTACCGGGTCCACCTTCACGCAACAACGGCGGATCTGCTGACCTCCGTTCGACCGGACTTCTTGCCTATGCCGCCGGCAGCAGTGTCGCTATAGTCGACTCACGCTCCATGCAACTCGTATCAGTCCTCCCGATTCCTCCTCCATACGCCAGCAGTGCAAATTCTACCACAAGTTCTTCAACGTCTTCCTATTTGTCTCCCTTTGTCACCGCCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1320 aa · TkA07G117470|TK1151|PROTEIN

MSSIQRPPNDSWDYMLPGPPSRNNGGSADLRSTGLLAYAAGSSVAIVDSRSMQLVSVLPIPPPYASSANSTTSSSTSSYLSPFVTAVRWCPTPLRLDLLSHDPTSSHSHLLLAAGDRQGRVCLLDPRVKSSAPLFLQTDPNSKLGIQDLCWIQARPDSWIIAAITGSSLLSLFETSTGRCFFKYDAAPEIFSSIKRDPFDSRHFCVVGLRGFLLAVKVHGDNSESDVVLKELQIPTDASELNKLERDAAAANASGSTNNS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G117470`
TK1151 ID	TkA07G117470
OH-1004 ID	LXL04_028068
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G117470`
位置	Chr07:30510783-30516958 (+)
描述	Similar to WDR11: WD repeat-containing protein 11
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_028068` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程 GO:0008589 regulation of smoothened signaling pathway 生物过程 GO:0035264 multicellular organism growth 生物过程 GO:0060271 cilium assembly 生物过程 GO:0099041 vesicle tethering to Golgi 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分 GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分 GO:0005814 centriole 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	dre:558865 hsa:55717 mmu:207425 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.472

排名 1 · TkA07G117470 · TK1151

细胞核0.322

排名 2 · TkA07G117470 · TK1151

高尔基体0.161

排名 3 · TkA07G117470 · TK1151

溶酶体／液泡0.143

排名 4 · TkA07G117470 · TK1151

细胞膜0.112

排名 5 · TkA07G117470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23751Beta-prop_WDR11_1st18-500 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz32-61 aa

PF29630ASA1102-125 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz107-185 aa

PF23098Beta-prop_NOL10_N107-134 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st111-181 aa

PF12894ANAPC4_WD40134-189 aa

PF25175Beta-prop_WDR5142-182 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G117470	`PF23751`	Beta-prop_WDR11_1st	18	500	1.5e-229	763.2
TkA07G117470	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	32	61	3.8e-10	40.3
TkA07G117470	`PF29630`	ASA1	102	125	0.0033	17.1
TkA07G117470	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	107	185	3.8e-10	40.3
TkA07G117470	`PF23098`	Beta-prop_NOL10_N	107	134	0.069	13.0
TkA07G117470	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	111	181	2.7e-05	24.4
TkA07G117470	`PF12894`	ANAPC4_WD40	134	189	0.0006	20.7
TkA07G117470	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	142	182	2.6e-06	27.7
TkA07G117470	`PF24814`	WD40_Prp19	150	185	0.002	17.9
TkA07G117470	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	151	183	0.00097	18.9
TkA07G117470	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	253	288	1.3e-06	28.9
TkA07G117470	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	263	461	2.6e-06	27.7
TkA07G117470	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	265	348	0.00097	18.9
TkA07G117470	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	265	297	0.12	12.5
TkA07G117470	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	270	352	2.7e-05	24.4
TkA07G117470	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	279	439	0.00031	21.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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