TkA07G092920 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G092920

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 24173822-24178286 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1686 bp · TkA07G092920|TK1151|cDNA

ACAGCAACTAAAATGATTGGTGGTTGTAATGTTGTAGACCGCCTCAATACCTTTCCATATACGTAGTTTCACGGCGGTTCCTCTTCTCATCCCTTGAAAACCGATGGACCCGAGCATCTCCACCGCCGGATCACCACCGCCCAACAAGAGGAGAAATGTCTTTTCTACCACAAAAATTTCTGCCTTCAGTGACGACATTATTTCTGCGGTTTTATCGTTCCTCGATCTCGTCCATCTAATTCGCTGCACCGCCGTCTGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1305 bp · TkA07G092920|TK1151|CDS

ATGGACCCGAGCATCTCCACCGCCGGATCACCACCGCCCAACAAGAGGAGAAATGTCTTTTCTACCACAAAAATTTCTGCCTTCAGTGACGACATTATTTCTGCGGTTTTATCGTTCCTCGATCTCGTCCATCTAATTCGCTGCACCGCCGTCTGCAAGTCATGGAGACAAGTCATTGATAAATCAAAGCTACTCCAAACTTTGTATTACAAACAAAAAGGGATTCCTGGTGGTGATTTTGACAAATCTACCCCTTCAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

434 aa · TkA07G092920|TK1151|PROTEIN

MDPSISTAGSPPPNKRRNVFSTTKISAFSDDIISAVLSFLDLVHLIRCTAVCKSWRQVIDKSKLLQTLYYKQKGIPGGDFDKSTPSEGIWRRLQALAISQHRSSLRTGSIDIYQWKGHSDGIDKCKMKMGLLLTGGSGKVMRLWSVERYKCLAEYDLPHIGSLIDFNFDESKVVGLVGNHICLWRRNERKNIFSSQGGQFPRSSCMCYVDPEAVVGCDDGRARIFDMYGRKWARIIKMHDGPITCLSLSDDHLLIGGSSF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G092920`
TK1151 ID	TkA07G092920
OH-1004 ID	LXL04_027766
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G092920

位置 Chr07:24173822-24178286 (-)

描述 Similar to At3g52030: F-box/WD-40 repeat-containing protein At3g52030

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g52030`	含F-box/WD-40重复的蛋白 At3g52030。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027766 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000266 mitochondrial fission 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007062 sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0007219 Notch signaling pathway 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0010992 ubiquitin recycling 生物过程

GO:0016559 peroxisome fission 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0031648 protein destabilization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G52030

rno:100360914

ssl:SS1G_08568

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.871

排名 1 · TkA07G092920 · TK1151

细胞质0.162

排名 2 · TkA07G092920 · TK1151

线粒体0.029

排名 3 · TkA07G092920 · TK1151

细胞膜0.028

排名 4 · TkA07G092920 · TK1151

质体0.013

排名 5 · TkA07G092920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box26-65 aa

PF12937F-box-like30-69 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st112-168 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st113-250 aa

PF00400WD40113-145 aa

PF25174Beta-prop_THOC3114-172 aa

PF24814WD40_Prp19115-336 aa

PF25047Beta-prop_TEP1_2nd115-244 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G092920	`PF00646`	F-box	26	65	7.9e-08	32.6
TkA07G092920	`PF12937`	F-box-like	30	69	2.6e-07	31.0
TkA07G092920	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	112	168	4.5e-14	53.3
TkA07G092920	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	113	250	9.1e-13	48.9
TkA07G092920	`PF00400`	WD40	113	145	1.7e-06	29.1
TkA07G092920	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	114	172	3.2e-13	50.0
TkA07G092920	`PF24814`	WD40_Prp19	115	336	3.2e-09	37.0
TkA07G092920	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	115	244	5.8e-08	32.9
TkA07G092920	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	116	287	2.1e-14	54.2
TkA07G092920	`PF25048`	Beta-prop_TEP1_C	118	153	0.066	13.9
TkA07G092920	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	121	156	1.9e-15	57.7
TkA07G092920	`PF24805`	EIF3I	122	269	2.9e-06	27.4
TkA07G092920	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	127	251	0.0036	17.0
TkA07G092920	`PF23419`	WD40_RFWD3	128	158	0.036	14.1
TkA07G092920	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	129	160	0.0021	18.1
TkA07G092920	`PF24796`	WDR55	130	259	4.9e-12	46.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SV01`	拟南芥	sp\|Q9SV01\|FBW4_ARATH F-box/WD-40 repeat-containing protein At3g52030	45.400%	Swiss-Prot	中等置信

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