TkA07G092710 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G092710

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 24143882-24144570 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

438 bp · TkA07G092710|TK1151|cDNA

ATGCTGAGAAATATACCCAACAATTACACTAGGAAATTACTAGTGGAGTTGCTTGATAAACACTGTAAACAAGAAAACGAGAAGGACGAAAATGGCGTTCGATCGGCCTTCGATTTCGTATACCTTCCTGTTGATTTCAAGCATCGTTTAAATGCTGGATATGCTTTCGTAAACTTCACCACACCTGAGGCAGCTTGGAGGTTTCACAAGTCCATTAAAGGAAAACGATGGGATTTGTTTGAGAGTAAAAAGATCGCCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

438 bp · TkA07G092710|TK1151|CDS

ATGCTGAGAAATATACCCAACAATTACACTAGGAAATTACTAGTGGAGTTGCTTGATAAACACTGTAAACAAGAAAACGAGAAGGACGAAAATGGCGTTCGATCGGCCTTCGATTTCGTATACCTTCCTGTTGATTTCAAGCATCGTTTAAATGCTGGATATGCTTTCGTAAACTTCACCACACCTGAGGCAGCTTGGAGGTTTCACAAGTCCATTAAAGGAAAACGATGGGATTTGTTTGAGAGTAAAAAGATCGCCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

145 aa · TkA07G092710|TK1151|PROTEIN

MLRNIPNNYTRKLLVELLDKHCKQENEKDENGVRSAFDFVYLPVDFKHRLNAGYAFVNFTTPEAAWRFHKSIKGKRWDLFESKKIADVARAKIQGKEALVNNFEKMQLRSPSSEYLPVWFDPARDGCMASSTMKMHAIGNVENNW

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G092710`
TK1151 ID	TkA07G092710
OH-1004 ID	LXL04_027764
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 53.903 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G092710

位置 Chr07:24143882-24144570 (+)

描述 Similar to TE1: Protein terminal ear1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2WY46`	可能的RNA结合蛋白。	暂无已核实直接文献
`Os01g0907900`	可能的RNA结合蛋白。	PLASTOCHRON2 regulates leaf initiation and maturation in rice.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.037622
`Os09g0531200`	蛋白质 MEI2 样蛋白 6。	暂无已核实直接文献
`Os02g0157900`	可能的RNA结合蛋白，可能在生长调节中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027764 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0045836 positive regulation of meiotic nuclear division 生物过程

GO:0045927 positive regulation of growth 生物过程

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os01g0907900

dosa:Os02g0517531

dosa:Os09g0531200

zma:541683

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.757

排名 1 · TkA07G092710 · TK1151

细胞质0.237

排名 2 · TkA07G092710 · TK1151

线粒体0.042

排名 3 · TkA07G092710 · TK1151

细胞膜0.041

排名 4 · TkA07G092710 · TK1151

内质网0.021

排名 5 · TkA07G092710 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04059RRM_21-103 aa

PF00076RRM_12-20 aa

PF00076RRM_141-71 aa

PF00076RRM_180-97 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G092710	`PF04059`	RRM_2	1	103	2.2e-28	99.0
TkA07G092710	`PF00076`	RRM_1	2	20	0.00011	22.7
TkA07G092710	`PF00076`	RRM_1	41	71	0.00011	22.7
TkA07G092710	`PF00076`	RRM_1	80	97	0.00011	22.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A2WY46`	水稻	sp\|A2WY46\|EAR1_ORYSI Protein terminal ear1 homolog	46.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0JGS5`	水稻	sp\|Q0JGS5\|EAR1_ORYSJ Protein terminal ear1 homolog	46.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q652K6`	水稻	sp\|Q652K6\|OML6_ORYSJ Protein MEI2-like 6	41.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6ET49`	水稻	sp\|Q6ET49\|OML7_ORYSJ Protein MEI2-like 7	44.700%	Swiss-Prot	中等置信

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