TkA07G087410 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G087410

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 22813033-22815672 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1443 bp · TkA07G087410|TK1151|cDNA

TAAAAACCTGTCATTCATGTCCCAACTTCTTTCTTCAATTACAATAAACTCATATTTAGATATATTTCGAATTTCAATCTTCAAAACTGCATCATTTCTTCCTTTGGAACACGATCTTACGATGAAGTTTAAGATATGCAGGCCCACGATAAACTTATCAGCTTGCACTGCCATCACTATATGAATTTTGGAGATTATGGACGAAGTATTAGGGCAATATCAGGTTATCAGGGAGACATTCGTTTATTGGCATGCCGTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1188 bp · TkA07G087410|TK1151|CDS

ATGTCCCAACTTCTTTCTTCAATTACAATAAACTCATATTTAGATATATTTCGAATTTCAATCTTCAAAACTGCATCATTTCTTCCTTTGGAACACGATCTTACGATGAAGTTTAAGATATGCAGGCCCACGATAAACTTATCAGCTTGCACTGCCGTCAAACACACCTCATCGAGCAGCTCACTGGAAATCGACGTTCGTGAAGAGTACGCCAATGCTTTCAGAACACAATCATACATAGACTTCTGGACTCGAGTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

395 aa · TkA07G087410|TK1151|PROTEIN

MSQLLSSITINSYLDIFRISIFKTASFLPLEHDLTMKFKICRPTINLSACTAVKHTSSSSSLEIDVREEYANAFRTQSYIDFWTRVLDSTHGPSTINKTLSSVTAARLPSYRLFAENLLDPDQPTVTRILAMANHHSTDQTLLSDYFIETANASIVCGSLLQDVDRLRSNYRSLKTVMMDTTKVSFASNCLTVQSRLVDFSNSVNPFTVPKSSQGVQAVQLACFKVLKRLESSRDMAQLKLQRINNIKHGSAVTLVALTI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G087410`
TK1151 ID	TkA07G087410
OH-1004 ID	LXL04_022303
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	31.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 83.544 / OH-1004 90.141 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G087410

位置 Chr07:22813033-22815672 (-)

描述 Similar to At1g20180: UPF0496 protein At1g20180

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g49070`	UPF0496蛋白At3g49070。	暂无已核实直接文献
`At1g20180`	UPF0496蛋白At1g20180。	暂无已核实直接文献
`At3g19330`	UPF0496 蛋白 At3g19330。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2XCJ1`	UPF0496 蛋白 3。	暂无已核实直接文献
`Os03g0148000`	UPF0496 蛋白 3。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022303 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20180

ath:AT3G19330

ath:AT3G49070

dosa:Os03g0148000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.338

排名 1 · TkA07G087410 · TK1151

细胞核0.303

排名 2 · TkA07G087410 · TK1151

细胞膜0.257

排名 3 · TkA07G087410 · TK1151

内质网0.139

排名 4 · TkA07G087410 · TK1151

线粒体0.106

排名 5 · TkA07G087410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00518E640-57 aa

PF05055DUF677103-392 aa

PF00518E6156-235 aa

PF19071DUF5767162-209 aa

PF12648TcpE238-310 aa

PF23323Spectrin_6310-374 aa

PF19071DUF5767349-349 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G087410	`PF00518`	E6	40	57	0.027	15.6
TkA07G087410	`PF05055`	DUF677	103	392	9.2e-12	45.2
TkA07G087410	`PF00518`	E6	156	235	0.027	15.6
TkA07G087410	`PF19071`	DUF5767	162	209	0.054	14.0
TkA07G087410	`PF12648`	TcpE	238	310	0.034	15.3
TkA07G087410	`PF23323`	Spectrin_6	310	374	0.064	14.1
TkA07G087410	`PF19071`	DUF5767	349	349	0.054	14.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SMU4`	拟南芥	sp\|Q9SMU4\|U496N_ARATH UPF0496 protein At3g49070	49.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6DYE5`	拟南芥	sp\|Q6DYE5\|U496K_ARATH UPF0496 protein At1g20180	32.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LT84`	拟南芥	sp\|Q9LT84\|U496M_ARATH UPF0496 protein At3g19330	30.300%	Swiss-Prot	中等置信
`A2XCJ1`	水稻	sp\|A2XCJ1\|U496C_ORYSI UPF0496 protein 3	41.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q10RR9`	水稻	sp\|Q10RR9\|U496C_ORYSJ UPF0496 protein 3	40.900%	Swiss-Prot	中等置信

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