RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G004870
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 1344093-1364020 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2097 bp · TkA07G004870|TK1151|cDNA

TGATCATAGTCTCTTGACTCTTAGTTCTGCTTGATCATCGATTCCAGAGACTGTGAAGTAGAAAGCAGAATCTCACTGCATATCCAAGCGAATTCCATGGGCGACGATCATAAACCACTGTCACAGGATCACATCGATATTGGTGAGCCAGAGACTCATAACTGCGTGATCAAGCTGAGAGTAAACCCTAAGAAGCGCAGGGAGAAAGTTTTTGTTGGTTGTGGTGCTGGTTTTGGAGGTGATAGACCATTGGCGGCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

5010 bp · TkA07G004870|TK1151|CDS

ATGTGGAGGAAGACGGTGGCTCGATCGACAGCGGTGGTGGAAAACCTCCGGAAGTCACGGAGCTTTTCTATCGCGGCCTCGGTGTCTCCGATCCCTGGACCTTGTATTGTTCATAAGCGCGGAGCGGATATTCTCCATGATCCTTGGTTTAACAAGGATACTGGATTTCCTTTGACAGAAAGAGACCGACTTGGTCTTCGTGGTCTCCTTCCACCTCGTGTCATATCTTTTGAACAACAGTATGAGCGTTTCATGGATTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1669 aa · TkA07G004870|TK1151|PROTEIN

MWRKTVARSTAVVENLRKSRSFSIAASVSPIPGPCIVHKRGADILHDPWFNKDTGFPLTERDRLGLRGLLPPRVISFEQQYERFMDSYRSLEKNTECQPYSVVSLAKWRILNRLHDRNETLYYKVLIDNIKDFAPVIYTPTVGLVCQNYSGLFRRPRGMYFSAKDKGEMMSMIYNWPAPEVDMVVLTDGSRILGLGDLGVQGIGIPIGKLDMYVAAAGINPQRVLPIMLDVGTNNQKLLEDPLYLGLREQRLEGEEYISV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G004870
TK1151 IDTkA07G004870
OH-1004 IDLXL04_022674
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)83.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 35.231 / OH-1004 96.242
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G004870
位置Chr07:1344093-1364020 (-)
描述Similar to NAD-dependent malic enzyme 59 kDa isoform, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g00570 参与夜间糖和氨基酸代谢的调节。
Arabidopsis NAD-malic enzyme functions as a homodimer and heterodimer and has a major impact on nocturnal metabolism.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.114975
At2g13560 参与夜间糖和氨基酸代谢的调节。
Arabidopsis NAD-malic enzyme functions as a homodimer and heterodimer and has a major impact on nocturnal metabolism.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.114975

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022674 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006108 malate metabolic process 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0004471 malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能
GO:0046872 metal ion binding 分子功能
GO:0050897 cobalt ion binding 分子功能
GO:0051287 NAD binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G13560
ath:AT4G00570
sot:102598070
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.349
排名 1 · TkA07G004870 · TK1151
线粒体0.261
排名 2 · TkA07G004870 · TK1151
细胞质0.249
排名 3 · TkA07G004870 · TK1151
过氧化物酶体0.144
排名 4 · TkA07G004870 · TK1151
细胞核0.090
排名 5 · TkA07G004870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00390malic115-295 aa
PF03949Malic_M305-567 aa
PF12637TSCPD387-416 aa
PF03332PMM399-420 aa
PF12637TSCPD593-607 aa
PF01603B56646-701 aa
PF03949Malic_M814-860 aa
PF08282Hydrolase_3816-1009 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G004870PF00390malic1152953.8e-74249.2
TkA07G004870PF03949Malic_M3055675.6e-84282.2
TkA07G004870PF12637TSCPD3874160.04814.7
TkA07G004870PF03332PMM3994207e-109363.5
TkA07G004870PF12637TSCPD5936070.04814.7
TkA07G004870PF01603B566467012.2e-1247.4
TkA07G004870PF03949Malic_M8148605.6e-84282.2
TkA07G004870PF08282Hydrolase_381610094.2e-0524.1
TkA07G004870PF03332PMM83410477e-109363.5
TkA07G004870PF07287AtuA108515011.7e-99334.3
TkA07G004870PF23544AtuA_ferredoxin156216656.7e-42143.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8L7K9拟南芥sp|Q8L7K9|MAO2_ARATH NAD-dependent malic enzyme 2, mitochondrial75.800%Swiss-Prot高置信
Q9SIU0拟南芥sp|Q9SIU0|MAO1_ARATH NAD-dependent malic enzyme 1, mitochondrial62.600%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看