TkA06G480720 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G480720

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 119147830-119148331 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

432 bp · TkA06G480720|TK1151|cDNA

CTTAGGTCTCATCCAACAAGTCGCTTCCTGTACCTTAAAACAGTTATTGAAGTTCATTCAAAGGGCACCCTCAACTTCACTTGTCTAACAAAAGGACAAACCGGCCGACTACATCATTTCTTGCAAACAATTTCGGATTTCCCAAAGTTTTTACGTGAGAATCCACTTCACATAACTGATGAAATCACTGAGACGTATCTTGAGTTGCTATGTGAGTTTGAACCGAAGAGTGTCCTGAACTTCCTTGAGACATGTGAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

432 bp · TkA06G480720|TK1151|CDS

CTTAGGTCTCATCCAACAAGTCGCTTCCTGTACCTTAAAACAGTTATTGAAGTTCATTCAAAGGGCACCCTCAACTTCACTTGTCTAACAAAAGGACAAACCGGCCGACTACATCATTTCTTGCAAACAATTTCGGATTTCCCAAAGTTTTTACGTGAGAATCCACTTCACATAACTGATGAAATCACTGAGACGTATCTTGAGTTGCTATGTGAGTTTGAACCGAAGAGTGTCCTGAACTTCCTTGAGACATGTGAAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

144 aa · TkA06G480720|TK1151|PROTEIN

LRSHPTSRFLYLKTVIEVHSKGTLNFTCLTKGQTGRLHHFLQTISDFPKFLRENPLHITDEITETYLELLCEFEPKSVLNFLETCESYRVDHCLRLCQEHGIIDAAAFLLERVGDVGSALSFTLCDLLGKFHMLDAVAQSVLHD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G480720`
TK1151 ID	TkA06G480720
OH-1004 ID	LXL04_022537
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 14.953 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA06G480720`
位置	Chr06:119147830-119148331 (-)
描述	Similar to Vps8: Vacuolar protein sorting-associated protein 8 homolog
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_022537` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程 GO:0006897 endocytosis 生物过程 GO:0007032 endosome organization 生物过程 GO:0016197 endosomal transport 生物过程 GO:0034058 endosomal vesicle fusion 生物过程 GO:0035542 regulation of SNARE complex assembly 生物过程 GO:0005769 early endosome 细胞组分 GO:0005770 late endosome 细胞组分 GO:0033263 CORVET complex 细胞组分 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 GO:0043495 protein-membrane adaptor activity 分子功能 GO:0051020 GTPase binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	dme:Dmel_CG10144 hsa:23355 mmu:209018 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.558

排名 1 · TkA06G480720 · TK1151

细胞核0.442

排名 2 · TkA06G480720 · TK1151

高尔基体0.086

排名 3 · TkA06G480720 · TK1151

内质网0.064

排名 4 · TkA06G480720 · TK1151

溶酶体／液泡0.062

排名 5 · TkA06G480720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12816TPR_Vps87-25 aa

PF23556TPR_Vps4156-124 aa

PF28737VPS18_solenoid_2nd59-124 aa

PF00637Clathrin61-121 aa

PF12816TPR_Vps864-83 aa

PF12816TPR_Vps888-112 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G480720	`PF12816`	TPR_Vps8	7	25	0.24	11.6
TkA06G480720	`PF23556`	TPR_Vps41	56	124	1.9e-09	37.9
TkA06G480720	`PF28737`	VPS18_solenoid_2nd	59	124	0.00013	22.7
TkA06G480720	`PF00637`	Clathrin	61	121	0.00019	21.9
TkA06G480720	`PF12816`	TPR_Vps8	64	83	0.24	11.6
TkA06G480720	`PF12816`	TPR_Vps8	88	112	0.24	11.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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