TkA06G458630 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G458630

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 113477745-113479163 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

615 bp · TkA06G458630|TK1151|cDNA

ATGATCGGAGTAAAAACCCTAAGGTATAATTTGGGGGCAATTGTTATGGGTCAGGATCCTGAATGGTATACCAGGATCCCGGATCTTAGACTGACAGTTATCAACACGTCTGAAGACTCGTTCAAAGGCGGCATAAAATCCGGAACTAAGCCGTTAATATCCGTTGAAGACTCAACCAAAACAGCAACTGGCCAAACTCCTTATTCTTTGGTGTTTGGGACTGAAGCCGTGATCCCAACTGACGTAGTGATTCCAACAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

615 bp · TkA06G458630|TK1151|CDS

ATGATCGGAGTAAAAACCCTAAGGTATAATTTGGGGGCAATTGTTATGGGTCAGGATCCTGAATGGTATACCAGGATCCCGGATCTTAGACTGACAGTTATCAACACGTCTGAAGACTCGTTCAAAGGCGGCATAAAATCCGGAACTAAGCCGTTAATATCCGTTGAAGACTCAACCAAAACAGCAACTGGCCAAACTCCTTATTCTTTGGTGTTTGGGACTGAAGCCGTGATCCCAACTGACGTAGTGATTCCAACAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

204 aa · TkA06G458630|TK1151|PROTEIN

MIGVKTLRYNLGAIVMGQDPEWYTRIPDLRLTVINTSEDSFKGGIKSGTKPLISVEDSTKTATGQTPYSLVFGTEAVIPTDVVIPTARYQLQDPQYNNRILTEDLDTIDELRDLAKVRIAAHQQRIANSYNKNIKIQRFQVGDLVLRKTFQNKKDPSAGKLAPKWEGPYFIDLKAGKVAYWLANMEGVLLPRSWNAIHLKSYFM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G458630`
TK1151 ID	TkA06G458630
OH-1004 ID	LXL04_025061
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	84.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 71.078 / OH-1004 25.939 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA06G458630`
位置	Chr06:113477745-113479163 (-)
描述	Similar to pol: Gag-Pol polyprotein (Fragment)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_025061` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0019068 virion assembly 生物过程 GO:0039657 symbiont-mediated suppression of host gene expression 生物过程 GO:0044826 viral genome integration into host DNA 生物过程 GO:0046718 symbiont entry into host cell 生物过程 GO:0075713 establishment of integrated proviral latency 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0019013 viral nucleocapsid 细胞组分 GO:0020002 host cell plasma membrane 细胞组分 GO:0044185 host cell late endosome membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:504972 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.341

排名 1 · TkA06G458630 · TK1151

线粒体0.268

排名 2 · TkA06G458630 · TK1151

细胞核0.133

排名 3 · TkA06G458630 · TK1151

过氧化物酶体0.098

排名 4 · TkA06G458630 · TK1151

质体0.086

排名 5 · TkA06G458630 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10377ATG11123-186 aa

PF18697MLVIN_C138-172 aa

PF31073DUF8803139-203 aa

PF24626SH3_Tf2-1142-183 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G458630	`PF10377`	ATG11	123	186	0.17	12.7
TkA06G458630	`PF18697`	MLVIN_C	138	172	0.042	14.2
TkA06G458630	`PF31073`	DUF8803	139	203	1.1e-24	86.7
TkA06G458630	`PF24626`	SH3_Tf2-1	142	183	0.00018	22.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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