TkA06G428060 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G428060

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 105907667-105909010 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

937 bp · TkA06G428060|TK1151|cDNA

GAACAGAATCCGTTGCTGATATCACTTTCAAATAAAATACGAAAACCCACTAATGCTCGTGACTCTGCAATAAACCCTCTACCAAACTCTAGTTGTGGGTTCGTCAACCCCAAAAACCCTCGCAGAGGACCCGATAAAGGGGAGCTACAGTCTACATAGCGGTCACGAAACCCTCTAGTGGATAATAAAAATGTTTCTAAAAGTGAAACTAAACTGGAACGTAGTAATCCCAGCCGAAAGTCTCGACACAAAAGGCTTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

531 bp · TkA06G428060|TK1151|CDS

ATGTTTCTAAAAGTGAAACTAAACTGGAACGTAGTAATCCCAGCCGAAAGTCTCGACACAAAAGGCTTAATCCTCCAAAAAGCCATCCTGATCCGCCTCCTCGACGACTTCTCCGCCAAGAGAGCCACCAAGGACCTGGGCTACCTCCTGGCGGTAACCACCCTGGACAACATCGGAGAAGGCAAAGTCCGGGAACATTCCGGCGACGTCCTCTTTCCAGTCACGTTCACGTGCCTGAGCTTCAAGGTGTTCCGGGGGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

176 aa · TkA06G428060|TK1151|PROTEIN

MFLKVKLNWNVVIPAESLDTKGLILQKAILIRLLDDFSAKRATKDLGYLLAVTTLDNIGEGKVREHSGDVLFPVTFTCLSFKVFRGEVVEGVVHKVLKHGVFMRCGPIENLYLSNQKMKEYTYQIGESPCFLNMKTGSKIGKDGGVRCVVIGVKYMEAVKEFQAVVGLEGDHLGPV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G428060`
TK1151 ID	TkA06G428060
OH-1004 ID	LXL04_022919
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	32.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 83.333 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G428060

位置 Chr06:105907667-105909010 (+)

描述 Similar to NRPD7: DNA-directed RNA polymerase IV subunit 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g14660`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	暂无已核实直接文献
`At3g22900`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	暂无已核实直接文献
`At5g59180`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022919 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程

GO:0006352 DNA-templated transcription initiation 生物过程

GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0045948 positive regulation of translational initiation 生物过程

GO:0060213 positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程

GO:0000418 RNA polymerase IV complex 细胞组分

GO:0000419 RNA polymerase V complex 细胞组分

GO:0000428 DNA-directed RNA polymerase complex 细胞组分

GO:0000932 P-body 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005665 RNA polymerase II, core complex 细胞组分

GO:0003697 single-stranded DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G22900

ath:AT4G14520

ath:AT4G14660

ath:AT5G59180

gmx:100793057

gmx:547985

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.554

排名 1 · TkA06G428060 · TK1151

细胞核0.437

排名 2 · TkA06G428060 · TK1151

细胞膜0.100

排名 3 · TkA06G428060 · TK1151

内质网0.062

排名 4 · TkA06G428060 · TK1151

线粒体0.046

排名 5 · TkA06G428060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03876SHS2_Rpb7-N10-68 aa

PF00575S182-109 aa

PF03876SHS2_Rpb7-N141-157 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G428060	`PF03876`	SHS2_Rpb7-N	10	68	4.3e-07	30.6
TkA06G428060	`PF00575`	S1	82	109	0.027	15.6
TkA06G428060	`PF03876`	SHS2_Rpb7-N	141	157	4.3e-07	30.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A6QRA1`	拟南芥	sp\|A6QRA1\|NRPE7_ARATH DNA-directed RNA polymerase V subunit 7	64.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LE42`	拟南芥	sp\|Q8LE42\|NRPD7_ARATH DNA-directed RNA polymerase IV subunit 7	53.700%	Swiss-Prot	高置信
`P38421`	拟南芥	sp\|P38421\|NRPB7_ARATH DNA-directed RNA polymerase II subunit 7	34.300%	Swiss-Prot	中等置信

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