TkA06G426780 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G426780

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 105565727-105567204 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

957 bp · TkA06G426780|TK1151|cDNA

ACATAACTTCACCTCCAATCCCCCAATGGATTCGGCTAGGCACACATGCTTGAAACTCCAAATCGCCCAAGATCGTCACCCATTTTTCATCAAAGGCACCTGGTTTCCTTCTCACTTCGATCTCTCAATCACCGACGGCCAAAACGCTTGGACTTGCAACGCGTCAGAAGAAGACGTGAAGGAGAGAGCGTCTAATTGGGACCAACCGACATCTGAGTACATCGATTTATCGGAGCGCTATTTAGGGTTTCAACAACCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

771 bp · TkA06G426780|TK1151|CDS

ATGGATTCGGCTAGGCACACATGCTTGAAACTCCAAATCGCCCAAGATCGTCACCCATTTTTCATCAAAGGCACCTGGTTTCCTTCTCACTTCGATCTCTCAATCACCGACGGCCAAAACGCTTGGACTTGCAACGCGTCAGAAGAAGACGTGAAGGAGAGAGCGTCTAATTGGGACCAACCGACATCTGAGTACATCGATTTATCGGAGCGCTATTTAGGGTTTCAACAACCTGGTTCGGTTTACGGGTTTACAGATGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

256 aa · TkA06G426780|TK1151|PROTEIN

MDSARHTCLKLQIAQDRHPFFIKGTWFPSHFDLSITDGQNAWTCNASEEDVKERASNWDQPTSEYIDLSERYLGFQQPGSVYGFTDAGGGNKRLSWTFKKEGTKLEWRWKFNPAEDSKKITASILDFLMDSNIRLSEEVVMKTRSNEKLKTEAEKCLAQSEKFQNEKAEFETTIYSKFLGVLNSKKAKLRELRDKMSNQEIGVKPEEEEDEGESTDRTETYEGDSEDADVEEDTATNVTSTSKGALENKPRGRKRK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G426780`
TK1151 ID	TkA06G426780
OH-1004 ID	LXL04_022931
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 96.241 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G426780

位置 Chr06:105565727-105567204 (+)

描述 Similar to XRCC4: DNA repair protein XRCC4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g23100`	可能参与双链断裂修复所需的DNA非同源末端连接（NHEJ）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022931 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006284 base-excision repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0010165 response to X-ray 生物过程

GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程

GO:0010332 response to gamma radiation 生物过程

GO:0048146 positive regulation of fibroblast proliferation 生物过程

GO:0051351 positive regulation of ligase activity 生物过程

GO:0061819 telomeric DNA-containing double minutes formation 生物过程

GO:1905765 negative regulation of protection from non-homologous end joining at telomere 生物过程

GO:1990166 protein localization to site of double-strand break 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G23100

hsa:7518

mmu:108138

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.894

排名 1 · TkA06G426780 · TK1151

细胞质0.212

排名 2 · TkA06G426780 · TK1151

线粒体0.030

排名 3 · TkA06G426780 · TK1151

细胞膜0.025

排名 4 · TkA06G426780 · TK1151

高尔基体0.013

排名 5 · TkA06G426780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09302XLF11-111 aa

PF06632XRCC419-111 aa

PF05790C2-set31-57 aa

PF17234MPM134-57 aa

PF29997SPC25_N122-200 aa

PF17234MPM1140-243 aa

PF21924XRCC4_CC141-192 aa

PF06632XRCC4147-163 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G426780	`PF09302`	XLF	11	111	6.1e-06	27.2
TkA06G426780	`PF06632`	XRCC4	19	111	7.8e-29	100.4
TkA06G426780	`PF05790`	C2-set	31	57	0.16	12.9
TkA06G426780	`PF17234`	MPM1	34	57	1.0	10.3
TkA06G426780	`PF29997`	SPC25_N	122	200	0.055	14.5
TkA06G426780	`PF17234`	MPM1	140	243	1.0	10.3
TkA06G426780	`PF21924`	XRCC4_CC	141	192	5.2e-09	36.8
TkA06G426780	`PF06632`	XRCC4	147	163	7.8e-29	100.4
TkA06G426780	`PF05790`	C2-set	152	174	0.16	12.9
TkA06G426780	`PF09302`	XLF	174	174	6.1e-06	27.2
TkA06G426780	`PF12226`	Astro_capsid_p	189	235	0.058	13.3
TkA06G426780	`PF06632`	XRCC4	215	233	7.8e-29	100.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q682V0`	拟南芥	sp\|Q682V0\|XRCC4_ARATH DNA repair protein XRCC4	63.300%	Swiss-Prot	高置信

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