TkA06G389990 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G389990

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 96609111-96613001 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1406 bp · TkA06G389990|TK1151|cDNA

ATGGCTACGAATGAAGGTGTAATAGATGTTGACGATCAAAATGATGAAGTTGAAGTCCCTGAAAAAGAAAATAAGCCAAAGTTGACTGAGGTCGATATCTATCTAGCAGATAGAAAGGAAAAAAGGGACCCAAAGTTTGATCTTTTGGGATGGTGGAAAGCAAATTCAATCAAATTTTCTATACTATCCAAACTAGCTAGACGTGTTTTGGCAATGCCCATCTCGACAGTTGCATCGGAATTGGCGTTTAGTACGGGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1182 bp · TkA06G389990|TK1151|CDS

ATGGCTACGAATGAAGGTGTAATAGATGTTGACGATCAAAATGATGAAGTTGAAGTCCCTGAAAAAGAAAATAAGCCAAAGTTGACTGAGGTCGATATCTATCTAGCAGATAGAAAGGAAAAAAGGGACCCAAAGTTTGATCTTTTGGGATGGTGGAAAGCAAATTCAATCAAATTTTCTATACTATCCAAACTAGCTAGACGTGTTTTGGCAATGCCCATCTCGACAGTTGCATCGGAATTGGCGTTTAGTACGGGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

393 aa · TkA06G389990|TK1151|PROTEIN

MATNEGVIDVDDQNDEVEVPEKENKPKLTEVDIYLADRKEKRDPKFDLLGWWKANSIKFSILSKLARRVLAMPISTVASELAFSTGGRVIDKYRSSLNTETAEALICAQDWIRNTRLDLELDRSMKNKDIDEFNENDDGFKHWKHYWKMMDFVQLWMLATDGRMRWKELEKLVLHLTQSVCINHHPLTLNSRRNGIRLKMAADDSTTTSANLEHNPDKKQGSKEIVIVCYGLQCTKDSLCVCSYFHDYSMMVDLSLALEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G389990`
TK1151 ID	TkA06G389990
OH-1004 ID	LXL04_002412
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	54.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 54.707 / OH-1004 39.829 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G389990

位置 Chr06:96609111-96613001 (-)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0733400`	类转座酶蛋白，对植物生长发育至关重要。	暂无已核实直接文献
`Os05g0583200`	类转座酶蛋白，对植物生长发育至关重要。	暂无已核实直接文献
`Os05g0239150`	类转座酶蛋白，对植物生长发育至关重要。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002412 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）暂无功能描述

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.545

排名 1 · TkA06G389990 · TK1151

细胞核0.356

排名 2 · TkA06G389990 · TK1151

线粒体0.078

排名 3 · TkA06G389990 · TK1151

过氧化物酶体0.060

排名 4 · TkA06G389990 · TK1151

内质网0.058

排名 5 · TkA06G389990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21565Tsi118-82 aa

PF05699Dimer_Tnp_hAT30-112 aa

PF00756Esterase126-144 aa

PF24471KH_DEAH11187-196 aa

PF08840BAAT_C196-230 aa

PF21565Tsi1229-243 aa

PF12146Hydrolase_4248-343 aa

PF24471KH_DEAH11252-265 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G389990	`PF21565`	Tsi1	18	82	0.12	12.8
TkA06G389990	`PF05699`	Dimer_Tnp_hAT	30	112	2.9e-26	91.8
TkA06G389990	`PF00756`	Esterase	126	144	0.021	15.4
TkA06G389990	`PF24471`	KH_DEAH11	187	196	0.22	11.9
TkA06G389990	`PF08840`	BAAT_C	196	230	0.0015	19.3
TkA06G389990	`PF21565`	Tsi1	229	243	0.12	12.8
TkA06G389990	`PF12146`	Hydrolase_4	248	343	8e-06	26.1
TkA06G389990	`PF24471`	KH_DEAH11	252	265	0.22	11.9
TkA06G389990	`PF12697`	Abhydrolase_6	252	327	0.37	12.1
TkA06G389990	`PF00561`	Abhydrolase_1	257	340	0.0076	16.7
TkA06G389990	`PF00756`	Esterase	275	327	0.021	15.4
TkA06G389990	`PF03959`	FSH1	286	392	0.0006	20.3
TkA06G389990	`PF08840`	BAAT_C	295	367	0.0015	19.3
TkA06G389990	`PF12146`	Hydrolase_4	352	391	8e-06	26.1
TkA06G389990	`PF24471`	KH_DEAH11	353	386	0.22	11.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6AVI0`	水稻	sp\|Q6AVI0\|RSLE2_ORYSJ Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2	40.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q75HY5`	水稻	sp\|Q75HY5\|RSLE3_ORYSJ Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 3	46.800%	Swiss-Prot	低置信
`B9FJG3`	水稻	sp\|B9FJG3\|RSLE1_ORYSJ Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 1	39.100%	Swiss-Prot	低置信

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