TkA06G376990 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G376990

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 93376160-93378811 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2313 bp · TkA06G376990|TK1151|cDNA

AGTATATCAGAACATGACCTGTCATCTCCATTCGGCATTCTCACAGTCCACATAAAACGGATTCGATCTATCAAAAGTCAAAACAGAGAAACTGCAGACACTCAAGGAACAGAGGGAGATTGCGATGGACGGAAGAAGGCCGGAGAAGGAGAAAGACATCGATGATTTACCCAAGAACGAAGCAAACTACACAGCACTAACACCACTTTGGTTTTTGAAAAGAGCTGCTCTGGTTCACCCCCACCGCAGGTCGGTGGTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1728 bp · TkA06G376990|TK1151|CDS

ATGGACGGAAGAAGGCCGGAGAAGGAGAAAGACATCGATGATTTACCCAAGAACGAAGCAAACTACACAGCACTAACACCACTTTGGTTTTTGAAAAGAGCTGCTCTGGTTCACCCCCACCGCAGGTCGGTGGTGCACGGTTCCATTCAGTACACATGGGTACAAACTTACGATCGTTGCTGCCGTTTAGCCTCCGCCCTTTCGAAACACTCCGTCGGGTTTGGTTCAACGGTAGCGGTGATTGCACCCAACATTCCAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

575 aa · TkA06G376990|TK1151|PROTEIN

MDGRRPEKEKDIDDLPKNEANYTALTPLWFLKRAALVHPHRRSVVHGSIQYTWVQTYDRCCRLASALSKHSVGFGSTVAVIAPNIPAIYEAHFGVPMSGAVINAINIRLNAPTIAFLLQHSASTVIIVDQEYFKLAENALAILKEETQTNFNPPILIVIKDESSECDPKNLQYAEAKGVMEYEKFLESGDPEFIWKPPRDEWQSIALGYTSGTTSNPKGVVLHHRGAYLAATSNIVVWGVPEGAVYLWTLPMFHCNGWSF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G376990`
TK1151 ID	TkA06G376990
OH-1004 ID	LXL04_023259
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 98.123 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G376990

位置 Chr06:93376160-93378811 (-)

描述 Similar to AAE7: Acetate/butyrate--CoA ligase AAE7, peroxisomal

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g16910`	过氧化物酶体乙酸/丁酸 - CoA 连接酶，可能参与激活外源乙酸进入乙醛酸循环。	Characterization of Arabidopsis fluoroacetate-resistant mutants reveals the principal mechanism of acetate activation for entry into the glyoxylate cycle.2005 · DOI: 10.1074/jbc.m407291200 Modelling the peroxisomal carbon leak during lipid mobilization in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1042/bst0381230 Evidence that ACN1 (acetate non-utilizing 1) prevents carbon leakage from peroxisomes during lipid mobilization in Arabidopsis seedlings.2011 · DOI: 10.1042/bj20101764
`At1g20560`	催化辅酶A与丁酸结合生成丁酰辅酶A。	暂无已核实直接文献
`At2g17650`	催化CoA与异戊酸结合生成3-甲基丁酰-CoA。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023259 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006083 acetate metabolic process 生物过程

GO:0006097 glyoxylate cycle 生物过程

GO:0006631 fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0019605 butyrate metabolic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003987 acetate-CoA ligase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016405 CoA-ligase activity 分子功能

GO:0016874 ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20560

ath:AT2G17650

ath:AT3G16910

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.675

排名 1 · TkA06G376990 · TK1151

线粒体0.160

排名 2 · TkA06G376990 · TK1151

细胞质0.156

排名 3 · TkA06G376990 · TK1151

细胞核0.052

排名 4 · TkA06G376990 · TK1151

内质网0.048

排名 5 · TkA06G376990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00501AMP-binding32-424 aa

PF13193AMP-binding_C474-554 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G376990	`PF00501`	AMP-binding	32	424	7.3e-72	243.0
TkA06G376990	`PF13193`	AMP-binding_C	474	554	9.7e-20	72.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZF1`	拟南芥	sp\|Q8VZF1\|AEE7_ARATH Acetate/butyrate--CoA ligase AAE7, peroxisomal	71.200%	Swiss-Prot	高置信
`F4HUK6`	拟南芥	sp\|F4HUK6\|AAE1_ARATH Butanoate--CoA ligase AAE1	51.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SEY5`	拟南芥	sp\|Q9SEY5\|AAE2_ARATH Isovalerate--CoA ligase AAE2	49.600%	Swiss-Prot	中等置信

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