TkA06G370680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G370680

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 91799142-91801046 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1457 bp · TkA06G370680|TK1151|cDNA

TCCTTTCTATTGTGCGGCTTCTTCCCTGCAACTTTGAGCTTTTGTCTCCGCATTTCTCTACTCCATCTCTTGATTGACGAACGCGAACTCACGAAGAGAATTCGGCAACTGGTTGTCTCGACTCACAGTCCTCTCTCGACCACTCTACACTCCCATCCTCTTCAATCGTAACCACAAAACAAGTTTAAGAATGCAATCAGGTGAAGGAGCGTTATCAGTAATGGGCCCACGCCCAATGGATCTCTCCACCAACCACCACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1011 bp · TkA06G370680|TK1151|CDS

ATGCAATCAGGTGAAGGAGCGTTATCAGTAATGGGCCCACGCCCAATGGATCTCTCCACCAACCACCACACCACCCCAACCACCAAACAAAGAACATCATCTTTACTCTCCCCAATCATGCTCCTAACCGGGCACCAAAGCGCAATCTACACCCTAAAATTCAACCCAACCGGAACCATAATCGCGTCCGGGTCCCACGACCGAGAAATCTTCCTCTGGAACACAACATCCGACTGCAAAAACTTCATGGTCCTAAAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

336 aa · TkA06G370680|TK1151|PROTEIN

MQSGEGALSVMGPRPMDLSTNHHTTPTTKQRTSSLLSPIMLLTGHQSAIYTLKFNPTGTIIASGSHDREIFLWNTTSDCKNFMVLKGHKNAILDLQWTTDGSQIISASPDKTLRAWDIETGKQTKKMAEHSSFVNSCCPSRRGPPLVVSGSDDGTAKLWDLRQRGAIQTFPDKYQITAVGFSDASDKIFTGGIDNDIKIWDLRKNEVSMSLQGHQNMITGMQLSPDGSYLLTNGMDGTLRIWDMRPYAPQNRCVKIMEGH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G370680`
TK1151 ID	TkA06G370680
OH-1004 ID	LXL04_023302
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 64.491 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA06G370680`
位置	Chr06:91799142-91801046 (+)
描述	Similar to SNRNP40: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_023302` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000244 spliceosomal tri-snRNP complex assembly 生物过程 GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程 GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程 GO:0000388 spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) 生物过程 GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0006396 RNA processing 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分 GO:0005682 U5 snRNP 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:534645 hsa:9410 mmu:66585 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.720

排名 1 · TkA06G370680 · TK1151

细胞质0.299

排名 2 · TkA06G370680 · TK1151

细胞膜0.047

排名 3 · TkA06G370680 · TK1151

溶酶体／液泡0.030

排名 4 · TkA06G370680 · TK1151

线粒体0.026

排名 5 · TkA06G370680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24797Beta-prop_WDR35_TULP_N19-106 aa

PF30151PAC1121-117 aa

PF23098Beta-prop_NOL10_N28-138 aa

PF25047Beta-prop_TEP1_2nd29-137 aa

PF23609Beta-prop_EIPR132-73 aa

PF25460Beta-prop_Aladin34-152 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz36-90 aa

PF23798Beta-prop_SPT836-134 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G370680	`PF24797`	Beta-prop_WDR35_TULP_N	19	106	5.5e-09	36.3
TkA06G370680	`PF30151`	PAC11	21	117	1.8e-09	37.7
TkA06G370680	`PF23098`	Beta-prop_NOL10_N	28	138	3.3e-13	50.2
TkA06G370680	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	29	137	5.5e-35	121.5
TkA06G370680	`PF23609`	Beta-prop_EIPR1	32	73	2.1e-17	64.2
TkA06G370680	`PF25460`	Beta-prop_Aladin	34	152	5e-20	72.6
TkA06G370680	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	36	90	3.2e-42	145.6
TkA06G370680	`PF23798`	Beta-prop_SPT8	36	134	3.8e-15	56.4
TkA06G370680	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	36	122	4.3e-08	33.5
TkA06G370680	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	37	77	1.1e-34	120.7
TkA06G370680	`PF21029`	RMC1_N	37	105	0.0051	17.6
TkA06G370680	`PF00400`	WD40	38	74	6.9e-61	200.8
TkA06G370680	`PF24805`	EIF3I	38	245	5.5e-31	108.6
TkA06G370680	`PF24814`	WD40_Prp19	39	188	2.8e-44	152.0
TkA06G370680	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	39	164	1.3e-37	130.4
TkA06G370680	`PF16529`	Ge1_WD40	39	73	9.7e-06	25.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情