LXL04_023302 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023302

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 31472317-31475912 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1566 bp · LXL04_023302|LXL04_023302|OH1004|cDNA

atgagTTCAAAAAATTCTACGTCTCGGTCCAAAGATGCAAATTTGGTTATCGTGGGTGTGAAACAAACCAACCGCACCTACGAAGTTTGGCAACATTTTGATTCATTGGAGATGTCCGACGGGACCGAAAGAGCTCAATTTAAAAAATGCGGTTTGATTATGGGAGCATCGGGAAATTCGCATTTATTAAAGCATGCAACAAGAACTTCTCGGGTAGTAAAAGGTGAACAAGTTGATCCGAATCAACCAAATATGACACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1566 bp · LXL04_023302|LXL04_023302|OH1004|CDS

ATGAGTTCAAAAAATTCTACGTCTCGGTCCAAAGATGCAAATTTGGTTATCGTGGGTGTGAAACAAACCAACCGCACCTACGAAGTTTGGCAACATTTTGATTCATTGGAGATGTCCGACGGGACCGAAAGAGCTCAATTTAAAAAATGCGGTTTGATTATGGGAGCATCGGGAAATTCGCATTTATTAAAGCATGCAACAAGAACTTCTCGGGTAGTAAAAGGTGAACAAGTTGATCCGAATCAACCAAATATGACACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

521 aa · LXL04_023302|LXL04_023302|OH1004|PROTEIN

MSSKNSTSRSKDANLVIVGVKQTNRTYEVWQHFDSLEMSDGTERAQFKKCGLIMGASGNSHLLKHATRTSRVVKGEQVDPNQPNMTPDGGVFVYDNERVRERFCHFVIQQALLFNHFDNPQFTQIIQENMQPQYRPSKPIETEPKTLNQVELNLNSANCLSRLSVLSRPLYTPILFNRNHKTSLRMQSGEGALSVMGPRPMDLSTNHHTTPTTKQRTSSLLSPIMLLTGHQSAIYTLKFNPTGTIIASGSHDREIFLWNT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023302`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_023302`
位置	Chr05:31472317-31475912 (-)
描述	Similar to SNRNP40: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_023302` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000244 spliceosomal tri-snRNP complex assembly 生物过程 GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程 GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程 GO:0000388 spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) 生物过程 GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0006396 RNA processing 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分 GO:0005682 U5 snRNP 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:534645 hsa:9410 mmu:66585 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.840

排名 1 · LXL04_023302 · OH-1004

细胞质0.210

排名 2 · LXL04_023302 · OH-1004

线粒体0.034

排名 3 · LXL04_023302 · OH-1004

细胞膜0.025

排名 4 · LXL04_023302 · OH-1004

内质网0.011

排名 5 · LXL04_023302 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24797.2Beta-prop_WDR35_TULP_N203-291 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd214-322 aa

PF25460.2Beta-prop_Aladin219-338 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz221-275 aa

PF00400.39WD40223-259 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd223-262 aa

PF24805.2EIF3I223-430 aa

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR1224-349 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023302	`PF24797.2`	Beta-prop_WDR35_TULP_N	203	291	3.2e-08	33.8
LXL04_023302	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	214	322	1.4e-35	123.4
LXL04_023302	`PF25460.2`	Beta-prop_Aladin	219	338	3.7e-19	69.8
LXL04_023302	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	221	275	2e-39	136.4
LXL04_023302	`PF00400.39`	WD40	223	259	3e-59	195.7
LXL04_023302	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	223	262	1.4e-33	117.2
LXL04_023302	`PF24805.2`	EIF3I	223	430	5e-30	105.5
LXL04_023302	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	224	349	1.9e-36	126.6
LXL04_023302	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	225	346	2e-62	210.9
LXL04_023302	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	225	313	5.2e-38	131.6
LXL04_023302	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	225	314	7.4e-36	124.6
LXL04_023302	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	227	516	4e-65	220.7
LXL04_023302	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	227	428	1.9e-55	188.9
LXL04_023302	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	228	344	1.9e-19	70.8
LXL04_023302	`PF23869.2`	Beta-prop_WDR75_1st	228	310	2.3e-18	67.3
LXL04_023302	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	228	434	1.7e-17	64.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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