TkA06G078460 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G078460

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 21054233-21056083 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1208 bp · TkA06G078460|TK1151|cDNA

GTCAAATGTAAGTTTATGTTTTATTTTATTTTAATGCGATTTGAGCTTTAAAGTTGAAGAATAAGGTTGAGCCATGTTTCTTGGAGTGTCTTCTCTGTTCCTCCCCTCTTCTCCCATCCAAACTTCACACTCGTTCACTCCCTTCCATCAGCTCAACGTCAAATTGAATTTGTATCTTCGTAAATCTACCCCCAAATCGAGCCAAAACGTTACGAATTCGCCATCAACGTCATCATGTGTCAGCAGCAGGAAGAATATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

957 bp · TkA06G078460|TK1151|CDS

ATGTTTCTTGGAGTGTCTTCTCTGTTCCTCCCCTCTTCTCCCATCCAAACTTCACACTCGTTCACTCCCTTCCATCAGCTCAACGTCAAATTGAATTTGTATCTTCGTAAATCTACCCCCAAATCGAGCCAAAACGTTACGAATTCGCCATCAACGTCATCATGTGTCAGCAGCAGGAAGAATATTTGTTTATGTGGGAGACGGCCATTTTTAGCAACAATTTCAACAGCTCTCATCCCAATTCGATATTCCAATGGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

318 aa · TkA06G078460|TK1151|PROTEIN

MFLGVSSLFLPSSPIQTSHSFTPFHQLNVKLNLYLRKSTPKSSQNVTNSPSTSSCVSSRKNICLCGRRPFLATISTALIPIRYSNGLDSLPDDPMAVLNRVHPPRPDWYEEFYAKAMDTTMKSYEAEIAGYKSQLFAKITGKATNILEIGIGTGPNLKYYATATSNTNIIGVDPNKKMEKYALAAAHASGLPQKNFKFIHAVAESLPVSDASMDAVVGTLVLCSVKDVHKTLQEIKRVLKPGGVYIFVEHVAAKDGTILK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G078460`
TK1151 ID	TkA06G078460
OH-1004 ID	LXL04_025150
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA06G078460`
位置	Chr06:21054233-21056083 (-)
描述	Similar to Mettl7b: Methyltransferase-like protein 7B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_025150` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0032259 methylation 生物过程 GO:0180035 lncRNA processing 生物过程 GO:0005576 extracellular region 细胞组分 GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0005811 lipid droplet 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:1904724 tertiary granule lumen 细胞组分 GO:0001734 mRNA m(6)A methyltransferase activity 分子功能 GO:0008168 methyltransferase activity 分子功能 GO:0008173 RNA methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bsu:BSU03160 hsa:196410 hsa:25840 mmu:71664 rno:366792 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.967

排名 1 · TkA06G078460 · TK1151

线粒体0.041

排名 2 · TkA06G078460 · TK1151

细胞核0.016

排名 3 · TkA06G078460 · TK1151

细胞质0.015

排名 4 · TkA06G078460 · TK1151

细胞膜0.013

排名 5 · TkA06G078460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13489Methyltransf_23132-253 aa

PF24675NpmA134-242 aa

PF13847Methyltransf_31142-252 aa

PF01209Ubie_methyltran142-250 aa

PF06080DUF938142-245 aa

PF02390Methyltransf_4144-203 aa

PF13649Methyltransf_25146-243 aa

PF00891Methyltransf_2146-257 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G078460	`PF13489`	Methyltransf_23	132	253	7e-14	52.6
TkA06G078460	`PF24675`	NpmA	134	242	4.5e-05	23.6
TkA06G078460	`PF13847`	Methyltransf_31	142	252	1.4e-14	54.9
TkA06G078460	`PF01209`	Ubie_methyltran	142	250	3e-12	47.1
TkA06G078460	`PF06080`	DUF938	142	245	0.00029	21.4
TkA06G078460	`PF02390`	Methyltransf_4	144	203	0.00035	20.8
TkA06G078460	`PF13649`	Methyltransf_25	146	243	8.3e-19	68.8
TkA06G078460	`PF00891`	Methyltransf_2	146	257	0.21	11.6
TkA06G078460	`PF08241`	Methyltransf_11	147	247	2.9e-22	79.8
TkA06G078460	`PF08242`	Methyltransf_12	147	244	4.3e-14	53.7
TkA06G078460	`PF05148`	Methyltransf_8	204	249	0.00017	22.3
TkA06G078460	`PF20922`	Anamorsin_N	210	255	0.012	16.1
TkA06G078460	`PF02390`	Methyltransf_4	230	247	0.00035	20.8
TkA06G078460	`PF08242`	Methyltransf_12	274	277	4.3e-14	53.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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