TkA06G063140 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G063140

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 17037671-17039997 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2063 bp · TkA06G063140|TK1151|cDNA

AAAAAAATTAAATTAGAGTTTCGATGATATCTCCACTTAAACGAGAAATCCCAACCATCCCATCACCGCGTTCGAGAATGGAGCAAATCCATGGGTATATGTGATCTTTCAACTGAATCAAAGAAGTTTCTTGATGTACCCTACATGATTAAATTTTAGACCATATCAGCAATCGAAGACGTGTAGCAACTCACGAAGCTAACGATGCAAACCCTAACATAAGTCCAGTTCTCAAATGGCGATCAGATATACGCATGATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1506 bp · TkA06G063140|TK1151|CDS

ATGTTCGGCAAAGCCATGAAACGTGGTTACAAACCTGATTGTGCTACATTCAACACTCTGATTCGGGGACTTTGTGCTGATGGCAGTCTCGATCAAGCACTCAAACTGTTCGACCAAATGCTAGCAAACGGGTTCCAACCTAACATTGTAACATATGGGACATTGATCAACGGAATGTGCAAATTGGGAAAAACTAGTGATGCTATTATCTTGCTCAAGAAGATAGAAGAAGAATCAGAGTGGGATAATTCACATGTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

501 aa · TkA06G063140|TK1151|PROTEIN

MFGKAMKRGYKPDCATFNTLIRGLCADGSLDQALKLFDQMLANGFQPNIVTYGTLINGMCKLGKTSDAIILLKKIEEESEWDNSHVVIMYTTIIDTMCKNQQVTQALHLFHNMTEKGIIPNLVTYLCLMQGLCSFELPQEAKRLLDDMLTRKIFPNLQAFNILLTALCKLGLAIESHNFLAFMVERGMIPNTITYNTLINGYCMIQRIDIATHLFTHMTTHDVVSYNVLINGYCKIKEIEKAVGLFKEMSRKGIHPNVVT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G063140`
TK1151 ID	TkA06G063140
OH-1004 ID	LXL04_022289
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	60.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 23.154 / OH-1004 14.578 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA06G063140`
位置	Chr06:17037671-17039997 (-)
描述	Similar to At1g12700: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_022289` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006396 RNA processing 生物过程 GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程 GO:0090615 mitochondrial mRNA processing 生物过程 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G12300 ath:AT1G12700 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.555

排名 1 · TkA06G063140 · TK1151

质体0.111

排名 2 · TkA06G063140 · TK1151

细胞质0.100

排名 3 · TkA06G063140 · TK1151

细胞核0.065

排名 4 · TkA06G063140 · TK1151

过氧化物酶体0.029

排名 5 · TkA06G063140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N1-73 aa

PF17177PPR_long3-71 aa

PF13812PPR_35-57 aa

PF23276TPR_247-62 aa

PF12854PPR_18-40 aa

PF12921ATP1311-40 aa

PF13041PPR_212-61 aa

PF01535PPR16-45 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G063140	`PF29070`	MSC6_N	1	73	2.7e-24	86.7
TkA06G063140	`PF17177`	PPR_long	3	71	1.2e-26	94.1
TkA06G063140	`PF13812`	PPR_3	5	57	5.9e-55	183.9
TkA06G063140	`PF23276`	TPR_24	7	62	1.3e-31	110.0
TkA06G063140	`PF12854`	PPR_1	8	40	1.9e-120	393.0
TkA06G063140	`PF12921`	ATP13	11	40	1e-08	35.8
TkA06G063140	`PF13041`	PPR_2	12	61	4e-130	424.6
TkA06G063140	`PF01535`	PPR	16	45	9.4e-96	308.3
TkA06G063140	`PF10037`	MRP-S27	16	80	0.012	15.4
TkA06G063140	`PF24760`	TPR_IF140_C	17	40	0.0067	17.5
TkA06G063140	`PF30397`	MalM_C	17	38	0.15	12.8
TkA06G063140	`PF14689`	SPOB_a	20	41	0.015	15.6
TkA06G063140	`PF13428`	TPR_14	20	43	0.017	16.4
TkA06G063140	`PF14559`	TPR_19	26	77	0.023	15.8
TkA06G063140	`PF08579`	RPM2	27	59	5.4e-05	24.3
TkA06G063140	`PF21374`	WsaF_N	28	64	0.051	14.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情