TkA06G048700 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G048700

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 13207654-13209814 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1454 bp · TkA06G048700|TK1151|cDNA

AAACGTTGATAACAAAAGCCCTAGGCATTCAGTGACTGGCGCCATTACGTTCTTTGCTACTCCCGCGCAAAGCAATCACACACCACCGCCATAGACGCCGATAGATCCATTCTCGAGAGTGAAAATGGCCGAAGTGATTTCGCCAATGGACATCGACGACAGTAATCCGTCTCAAGGACCTAACGGGAACAAGGGCAAAGCTGTAGCCTCTTCCGGCGGCGCTCCACCAGCGCACACCAAAGCCACTCCATGGGTCGAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1095 bp · TkA06G048700|TK1151|CDS

ATGGCCGAAGTGATTTCGCCAATGGACATCGACGACAGTAATCCGTCTCAAGGACCTAACGGGAACAAGGGCAAAGCTGTAGCCTCTTCCGGCGGCGCTCCACCAGCGCACACCAAAGCCACTCCATGGGTCGAGAAGTTCCGGCCTCAATCTCTAGCCGACGTCGCCGCTCATCGTGACATAATCGATACCATTGATAGGCTTACAAGTGAGAACAAAATGCCTCATCTGTTACTGTATGGACCACCGGGCACCGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

364 aa · TkA06G048700|TK1151|PROTEIN

MAEVISPMDIDDSNPSQGPNGNKGKAVASSGGAPPAHTKATPWVEKFRPQSLADVAAHRDIIDTIDRLTSENKMPHLLLYGPPGTGKTSTILAVARKLFGSQMHNMVLELNASDERGIDVVRQQIQDFASTQSFSFGAKSMVKLVLLDEADAMTKDAQFALRRVIERYTKNTRFALICNNVNKIIPALQSRCTRFRFAPLEPVHVTERLKHVITSEGLDVTEDGLAALVRLSNGDMRKSLNILQSTHMASQQITEEAVYL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G048700`
TK1151 ID	TkA06G048700
OH-1004 ID	LXL04_025616
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	92.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G048700

位置 Chr06:13207654-13209814 (+)

描述 Similar to RFC3: Replication factor C subunit 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g77470`	在细胞复制和增殖中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0775200`	可能参与DNA复制，从而调节细胞增殖。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025616 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000076 DNA replication checkpoint signaling 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0006272 leading strand elongation 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程

GO:1900264 positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005663 DNA replication factor C complex 细胞组分

GO:0031389 Rad17 RFC-like complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G77470

ddi:DDB_G0282235

dosa:Os02g0775200

hsa:5985

mmu:72151

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.907

排名 1 · TkA06G048700 · TK1151

细胞质0.158

排名 2 · TkA06G048700 · TK1151

线粒体0.048

排名 3 · TkA06G048700 · TK1151

细胞膜0.018

排名 4 · TkA06G048700 · TK1151

内质网0.008

排名 5 · TkA06G048700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03215Rad1739-110 aa

PF05673DUF81541-103 aa

PF05496RuvB_N48-98 aa

PF01580FtsK_SpoIIIE55-91 aa

PF25199nSTAND_NTPase558-176 aa

PF04851ResIII59-135 aa

PF05621TniB59-93 aa

PF06068TIP4959-104 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G048700	`PF03215`	Rad17	39	110	3e-09	37.8
TkA06G048700	`PF05673`	DUF815	41	103	0.00035	20.5
TkA06G048700	`PF05496`	RuvB_N	48	98	0.0013	19.2
TkA06G048700	`PF01580`	FtsK_SpoIIIE	55	91	0.099	12.8
TkA06G048700	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	58	176	0.0018	18.9
TkA06G048700	`PF04851`	ResIII	59	135	0.0038	17.9
TkA06G048700	`PF05621`	TniB	59	93	0.022	15.0
TkA06G048700	`PF06068`	TIP49	59	104	0.052	13.4
TkA06G048700	`PF13177`	DNA_pol3_delta2	61	200	9.7e-12	45.9
TkA06G048700	`PF01637`	ATPase_2	62	187	9.2e-05	23.1
TkA06G048700	`PF13191`	AAA_16	63	117	3e-05	25.3
TkA06G048700	`PF25201`	nSTAND6	72	104	0.14	12.9
TkA06G048700	`PF00308`	Bac_DnaA	72	154	0.23	12.3
TkA06G048700	`PF13086`	AAA_11	73	173	7.1e-05	23.4
TkA06G048700	`PF13245`	AAA_19	74	131	0.0038	18.1
TkA06G048700	`PF12775`	AAA_7	75	113	0.003	17.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9CAQ8`	拟南芥	sp\|Q9CAQ8\|RFC5_ARATH Replication factor C subunit 5	75.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q6YZ54`	水稻	sp\|Q6YZ54\|RFC3_ORYSJ Replication factor C subunit 3	78.300%	Swiss-Prot	高置信

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