TkA06G047330 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G047330

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 12810214-12817864 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6070 bp · TkA06G047330|TK1151|cDNA

AAATATTGGTGCAAGACTGTAACGTACGCTTTTCCCCTTATCTTCCACCTTTTGTGTACCTTTGTGAGCAGTCAATCTGTTTTCTTGTGTTGCATTCTCGGGTGGCTCTGCACTGCTAACTAAAACCCTCTCCCCTAATTTCCCTTTTCACTTATGAAACCAATGCTTCTTCGTGACTGAGGTGAGAGTCCCACCTTCTCTTCTTCCATGAATTCTACATTCACCTCCCAAATCACCTCCCCTAACCCCTTCACGCCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

3888 bp · TkA06G047330|TK1151|CDS

ATGAATTCTACATTCACCTCCCAAATCACCTCCCCTAACCCCTTCACGCCTTTCATCAAGACACCCTCTTTAAACTTCTGTTCATTTCCACAATCACAACATCATAGTCACCGCCGCCGGCGGTGGCGGTCTCAGACACCTTTCACTGTTATCTCCTTACATACTAACAATAAAGCCAATGTTCCCTTACAACTACCCACCAGCGCCGGCATTCATTCCACAGAGCAACGTCAGGATAAGGTACTGCTATCTAATGTAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1295 aa · TkA06G047330|TK1151|PROTEIN

MNSTFTSQITSPNPFTPFIKTPSLNFCSFPQSQHHSHRRRRWRSQTPFTVISLHTNNKANVPLQLPTSAGIHSTEQRQDKVLLSNVITRIAKPIAFTVFWIVIGLCPSRGFHQTHAIAAPVTSEALKSTKSKSKQEASNRKDHEFSDYTARLLETVSRLVTIIEEVRSTNGDLKTVEAALNDVKLKKTELQDEIMTRLYADLRVLRGKKTELDRKSGDILNFMVKSKKEKDRILEKRREKTTKDQKLAKLDETVTKKEKE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G047330`
TK1151 ID	TkA06G047330
OH-1004 ID	LXL04_025652
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G047330

位置 Chr06:12810214-12817864 (+)

描述 Similar to FTSHI5: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 5, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g04340`	在胚胎发生期间对质体发育必需。	FtsHi4 is essential for embryogenesis due to its influence on chloroplast development in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0099741
`At5g42270`	复合物的一部分，具有 ATP 依赖性锌金属肽酶的功能。	The VAR1 locus of Arabidopsis encodes a chloroplastic FtsH and is responsible for leaf variegation in the mutant alleles.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-2443.2002.00558.x Coordinated regulation and complex formation of yellow variegated1 and yellow variegated2, chloroplastic FtsH metalloproteases involved in the repair cycle of photosystem II in Arabidopsis thylakoid membranes.2003 · DOI: 10.1105/tpc.017319

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025652 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0010304 PSII associated light-harvesting complex II catabolic process 生物过程

GO:0019684 photosynthesis, light reaction 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0045037 protein import into chloroplast stroma 生物过程

GO:0045454 cell redox homeostasis 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0080093 regulation of photorespiration 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G04340

pml:ATP_00273

sfu:Sfum_3197

syn:slr1604

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.922

排名 1 · TkA06G047330 · TK1151

线粒体0.065

排名 2 · TkA06G047330 · TK1151

细胞核0.041

排名 3 · TkA06G047330 · TK1151

细胞质0.026

排名 4 · TkA06G047330 · TK1151

细胞膜0.021

排名 5 · TkA06G047330 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06729CENP-R107-148 aa

PF19585DUF6092150-194 aa

PF06068TIP49169-229 aa

PF06729CENP-R226-296 aa

PF19585DUF6092232-270 aa

PF00005ABC_tran236-289 aa

PF01434Peptidase_M41361-410 aa

PF25199nSTAND_NTPase5370-392 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G047330	`PF06729`	CENP-R	107	148	0.041	14.5
TkA06G047330	`PF19585`	DUF6092	150	194	1.1	10.4
TkA06G047330	`PF06068`	TIP49	169	229	0.00061	19.8
TkA06G047330	`PF06729`	CENP-R	226	296	0.041	14.5
TkA06G047330	`PF19585`	DUF6092	232	270	1.1	10.4
TkA06G047330	`PF00005`	ABC_tran	236	289	0.27	12.6
TkA06G047330	`PF01434`	Peptidase_M41	361	410	4.9e-12	46.8
TkA06G047330	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	370	392	0.00097	19.7
TkA06G047330	`PF05673`	DUF815	754	828	0.026	14.4
TkA06G047330	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	766	877	0.00097	19.7
TkA06G047330	`PF13191`	AAA_16	782	833	4.7e-06	27.9
TkA06G047330	`PF00158`	Sigma54_activat	788	815	0.091	13.2
TkA06G047330	`PF06068`	TIP49	790	824	0.00061	19.8
TkA06G047330	`PF00004`	AAA	794	927	2.2e-31	109.7
TkA06G047330	`PF20720`	nSTAND3	794	939	0.00096	19.6
TkA06G047330	`PF13401`	AAA_22	794	826	0.03	15.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4J3N2`	拟南芥	sp\|F4J3N2\|FTSI5_ARATH Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 5, chloroplastic	61.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FH02`	拟南芥	sp\|Q9FH02\|FTSH5_ARATH ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 5, chloroplastic	29.500%	Swiss-Prot	低置信

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