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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G041630
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 11270427-11271856 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1203 bp · TkA06G041630|TK1151|cDNA

ATGCCAGCGTCCTCGAATTTAAACACACAGATCTTGGGAATACTCGATAAAATCAATCATCTTGTTCATCTTAAGCAGCTTCAAGCTTACCTCATCACCACCGGCTATTCGCAAGACCAGTTTTTCTCCTTCAAGCTCCTCCGGTGCTGTGTACTCTCTCTGTCCAACATCGATTACGCTCGCTCAATCTTCTCTTCTCTTGTTTCACCCAATGTCTATCTCTACACCGCCATGATCACAGCTTATTCTTCTCAACCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1203 bp · TkA06G041630|TK1151|CDS

ATGCCAGCGTCCTCGAATTTAAACACACAGATCTTGGGAATACTCGATAAAATCAATCATCTTGTTCATCTTAAGCAGCTTCAAGCTTACCTCATCACCACCGGCTATTCGCAAGACCAGTTTTTCTCCTTCAAGCTCCTCCGGTGCTGTGTACTCTCTCTGTCCAACATCGATTACGCTCGCTCAATCTTCTCTTCTCTTGTTTCACCCAATGTCTATCTCTACACCGCCATGATCACAGCTTATTCTTCTCAACCAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

400 aa · TkA06G041630|TK1151|PROTEIN

MPASSNLNTQILGILDKINHLVHLKQLQAYLITTGYSQDQFFSFKLLRCCVLSLSNIDYARSIFSSLVSPNVYLYTAMITAYSSQPDHDSSLLLYRDMVRKKRPKVSHFIYPHVLKSCPEVLGSNGTKMVHSQIVRTGYVEYPVVKTALLDAYSRFSSDIDAIHLLRRMIMNGKKPNHVTVLCSLSAFGHMGMLHLGKSTHSYILRNGLYPNSHIANGLVDMYGKCGSLKQARKVFDETPKRNLTSWNSMINSFALHGQS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G041630
TK1151 IDTkA06G041630
OH-1004 IDLXL04_025777
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)84.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.500 / OH-1004 29.334
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G041630
位置Chr06:11270427-11271856 (+)
描述Similar to LHT1: Lysine histidine transporter 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g33350 含五螺旋重复序列蛋白At1g33350。 暂无已核实直接文献
At2g20540 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g20540。 暂无已核实直接文献
At3g46790 叶绿体 rsp7 和 ndhB 转录物之间的基因间加工所需。 暂无已核实直接文献
At5g08510 含重复的五肽核苷酸序列蛋白 At5g08510。 暂无已核实直接文献
At5g59200 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025777 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0003333 amino acid transmembrane transport 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0043090 amino acid import 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0015171 amino acid transmembrane transporter activity 分子功能
GO:0015172 acidic amino acid transmembrane transporter activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G24400
ath:AT1G33350
ath:AT1G48640
ath:AT1G67640
ath:AT5G40780
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.697
排名 1 · TkA06G041630 · TK1151
质体0.137
排名 2 · TkA06G041630 · TK1151
细胞核0.044
排名 3 · TkA06G041630 · TK1151
细胞质0.028
排名 4 · TkA06G041630 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA06G041630 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N64-84 aa
PF12921ATP1365-101 aa
PF12854PPR_168-82 aa
PF13812PPR_369-89 aa
PF13041PPR_270-102 aa
PF01535PPR74-101 aa
PF23276TPR_2474-96 aa
PF13428TPR_1475-101 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G041630PF29070MSC6_N64843.3e-0937.1
TkA06G041630PF12921ATP13651010.0001222.6
TkA06G041630PF12854PPR_168826.8e-2071.2
TkA06G041630PF13812PPR_369892.3e-1453.9
TkA06G041630PF13041PPR_2701021.2e-32112.4
TkA06G041630PF01535PPR741011.6e-31107.1
TkA06G041630PF23276TPR_2474961.6e-0732.0
TkA06G041630PF13428TPR_14751010.0004721.3
TkA06G041630PF17177PPR_long781202.4e-0524.6
TkA06G041630PF13041PPR_21471831.2e-32112.4
TkA06G041630PF01535PPR1471731.6e-31107.1
TkA06G041630PF13812PPR_31471812.3e-1453.9
TkA06G041630PF13428TPR_141471710.0004721.3
TkA06G041630PF29070MSC6_N1482373.3e-0937.1
TkA06G041630PF23276TPR_241481801.6e-0732.0
TkA06G041630PF12854PPR_11611696.8e-2071.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C501拟南芥sp|Q9C501|PPR70_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g3335055.500%Swiss-Prot中等置信
Q9SIL5拟南芥sp|Q9SIL5|PP165_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g2054029.100%Swiss-Prot低置信
Q9STF3拟南芥sp|Q9STF3|PP265_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein CRR2, chloroplastic32.600%Swiss-Prot中等置信
Q9FNN7拟南芥sp|Q9FNN7|PP371_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0851030.700%Swiss-Prot中等置信
Q9FIF7拟南芥sp|Q9FIF7|PP435_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g59200, chloroplastic28.700%Swiss-Prot低置信

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