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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G027530
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 7441343-7444233 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2002 bp · TkA06G027530|TK1151|cDNA

AAAAAACAGGAGGTTTTTTAATTTCTCAATGAAAAAAAAAACTATAAATTACAGAACAGAGTCATTAGCTACGTCCCCACTCTCCACGTGTCCCTTTTTCGGATCGCCGGCAATGCAATACCTGCTCTTCCACCACCACCACATCCTTCCCCTGTAAATCATTTCATTTCTCTCACCTCAATCGGCGCCATAATTTGCGATTTCGATCAATACCAGCTACGATCACCTTAGCAGAACAAGGTTTCAGTAATTCACGGCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

831 bp · TkA06G027530|TK1151|CDS

ATGAGTTTTCAAGATATCGAAGCTGGTCGCCCGGTCAATTCGAGACGCGCGGGCTACAACAATGGCATGAGGAAACAGGATCCGACTCAAGCTGTTGCTTCTGGAATTTTCCAGATCAATACGGCAGTCTCTACGTTTCAGAGGCTAGTGAATACCCTTGGTACTCCTAAAGACACCCCTGAGCTTCGAGAAAAGCTGCACAAAACCAGACTACATATTGGGCAGCTGGTGAAGGATACTTCAGATAAACTCAAACAAGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

276 aa · TkA06G027530|TK1151|PROTEIN

MSFQDIEAGRPVNSRRAGYNNGMRKQDPTQAVASGIFQINTAVSTFQRLVNTLGTPKDTPELREKLHKTRLHIGQLVKDTSDKLKQASETDHKTDVSASKKITDAKLAKDFQSVLKEFQKAQRLSAERETAYTPFVPQSSLPSRDPDSEMDVSSDKTQEQRVLLVDSKRQEVLLLDNEIAFNEAIIEERDQGIHEIQNQIGEVNEIFKDLAVLVHDQGAMIDDIGTNIENSHAATTQAKSHLAKASKTQRSNSSMTCLLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G027530
TK1151 IDTkA06G027530
OH-1004 IDLXL04_026101
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)92.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G027530
位置Chr06:7441343-7444233 (+)
描述Similar to SYP22: Syntaxin-22
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g46860 可能在液泡组件中提供t-SNARE功能。
The occurrence of 'bulbs', a complex configuration of the vacuolar membrane, is affected by mutations of vacuolar SNARE and phospholipase in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04665.x
SGR1, SGR2, SGR3: novel genetic loci involved in shoot gravitropism in Arabidopsis thaliana.1996 · DOI: 10.1104/pp.110.3.945
At4g17730 可能在运输囊泡与前液泡膜的对接或融合中发挥作用。 暂无已核实直接文献
At5g16830 可能在运输囊泡与前液泡膜的对接或融合中发挥作用。 暂无已核实直接文献
At1g32270 在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026101 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程
GO:0006906 vesicle fusion 生物过程
GO:0008333 endosome to lysosome transport 生物过程
GO:0009597 detection of virus 生物过程
GO:0009660 amyloplast organization 生物过程
GO:0009959 negative gravitropism 生物过程
GO:0010118 stomatal movement 生物过程
GO:0016189 synaptic vesicle to endosome fusion 生物过程
GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G32270
ath:AT4G17730
ath:AT5G16830
ath:AT5G46860
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.330
排名 1 · TkA06G027530 · TK1151
细胞质0.307
排名 2 · TkA06G027530 · TK1151
高尔基体0.284
排名 3 · TkA06G027530 · TK1151
细胞膜0.193
排名 4 · TkA06G027530 · TK1151
内质网0.129
排名 5 · TkA06G027530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14523Syntaxin_229-161 aa
PF00015MCPsignal29-50 aa
PF07889DUF166431-54 aa
PF29732Syntaxin_R9BP38-119 aa
PF31037DUF877741-92 aa
PF24161CCDC3957-122 aa
PF09548Spore_III_AB59-118 aa
PF07889DUF166461-99 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G027530PF14523Syntaxin_2291616.1e-38130.6
TkA06G027530PF00015MCPsignal29500.03514.7
TkA06G027530PF07889DUF166431549.77.0
TkA06G027530PF29732Syntaxin_R9BP381194.5e-0627.2
TkA06G027530PF31037DUF877741920.5511.0
TkA06G027530PF24161CCDC39571220.02513.2
TkA06G027530PF09548Spore_III_AB591180.008916.6
TkA06G027530PF07889DUF166461999.77.0
TkA06G027530PF00015MCPsignal741040.03514.7
TkA06G027530PF05739SNARE76916.2e-2690.8
TkA06G027530PF00957Synaptobrevin77900.4211.3
TkA06G027530PF28258MSC_0620_UU052821210.01514.5
TkA06G027530PF28019HmpF851200.569.3
TkA06G027530PF06024Orf78871020.1113.5
TkA06G027530PF28019HmpF1592490.569.3
TkA06G027530PF09548Spore_III_AB1602140.008916.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P93654拟南芥sp|P93654|SYP22_ARATH Syntaxin-2263.300%Swiss-Prot高置信
O04378拟南芥sp|O04378|SYP23_ARATH Syntaxin-2362.000%Swiss-Prot高置信
Q39233拟南芥sp|Q39233|SYP21_ARATH Syntaxin-2157.100%Swiss-Prot高置信
Q9C615拟南芥sp|Q9C615|SYP24_ARATH Putative syntaxin-2460.400%Swiss-Prot高置信

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