RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G026580
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 7163596-7164510 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

876 bp · TkA06G026580|TK1151|cDNA

ATGTCGACAAACCCCACACATGCCGCACCACCTACGATACCATACGCATCTCCTCCTATTACCGTCATCCTCACCATTATTCTCCTCCTGTGCTTCATGCAAAACCTATTTTACACGTGGCATCACCGGCAAAGTCCGTCGTCTAGGGCACCTACTGTTCCCGGAACGGATAACGCCACCCTTGGACTCGACCCTTCCATCATCAAAACTTTTCCGACGTTCACATACTCAGAAGTCAAAGAATATCGAGGGAAAAACTA...

CDS

下载 CDS FASTA

876 bp · TkA06G026580|TK1151|CDS

ATGTCGACAAACCCCACACATGCCGCACCACCTACGATACCATACGCATCTCCTCCTATTACCGTCATCCTCACCATTATTCTCCTCCTGTGCTTCATGCAAAACCTATTTTACACGTGGCATCACCGGCAAAGTCCGTCGTCTAGGGCACCTACTGTTCCCGGAACGGATAACGCCACCCTTGGACTCGACCCTTCCATCATCAAAACTTTTCCGACGTTCACATACTCAGAAGTCAAAGAATATCGAGGGAAAAACTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

291 aa · TkA06G026580|TK1151|PROTEIN

MSTNPTHAAPPTIPYASPPITVILTIILLLCFMQNLFYTWHHRQSPSSRAPTVPGTDNATLGLDPSIIKTFPTFTYSEVKEYRGKNYGLECAICLCEFKDENMLRLLTKCCHIFHQECIDLWLGSHKSCPWCRSSLDTPINSPEKSPVSVASTGGMHEVQENGSHGDRSVSIDIRDNNENGDKEESKMEKHVSIKVDDDRGREGGHKSTDGFMRSKSTGHSIIRNAKRCENDERYTLRLPQDVQAKLIPRHNWTRSCTEF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G026580
TK1151 IDTkA06G026580
OH-1004 IDLXL04_026133
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.625 / OH-1004 84.412
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G026580
位置Chr06:7163596-7164510 (-)
描述Similar to ATL30: RING-H2 finger protein ATL30
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g46650 RING-H2 指蛋白 ATL30。 暂无已核实直接文献
At4g17920 RING-H2 指蛋白 ATL29。 暂无已核实直接文献
At1g72200 RING-H2指蛋白ATL11。 暂无已核实直接文献
At3g05200 E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。 暂无已核实直接文献
At2g35000 E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026133 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0010200 response to chitin 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0098542 defense response to other organism 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G72200
ath:AT2G35000
ath:AT3G05200
ath:AT4G17920
ath:AT5G46650
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.419
排名 1 · TkA06G026580 · TK1151
细胞质0.260
排名 2 · TkA06G026580 · TK1151
细胞核0.226
排名 3 · TkA06G026580 · TK1151
内质网0.139
排名 4 · TkA06G026580 · TK1151
溶酶体／液泡0.118
排名 5 · TkA06G026580 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05883Baculo_RING87-134 aa
PF13639zf-RING_290-133 aa
PF17123zf-RING_1190-119 aa
PF13923zf-C3HC4_290-132 aa
PF14634zf-RING_590-133 aa
PF13445zf-RING_UBOX91-130 aa
PF00097zf-C3HC491-132 aa
PF17120zf-RING_1694-130 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G026580PF05883Baculo_RING871340.06513.9
TkA06G026580PF13639zf-RING_2901332.9e-1247.3
TkA06G026580PF17123zf-RING_11901192.1e-0834.4
TkA06G026580PF13923zf-C3HC4_2901321e-0629.1
TkA06G026580PF14634zf-RING_5901330.0003121.4
TkA06G026580PF13445zf-RING_UBOX911306e-0626.9
TkA06G026580PF00097zf-C3HC4911320.0003721.0
TkA06G026580PF17120zf-RING_16941300.4311.0
TkA06G026580PF12678zf-rbx1951331.5e-0525.8
TkA06G026580PF12861zf-ANAPC11951360.0005220.7
TkA06G026580PF23555zf-RING_Vps411091201.09.8
TkA06G026580PF25143Zn_ribbon_IFT122_C1101380.008216.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FIR0拟南芥sp|Q9FIR0|ATL30_ARATH RING-H2 finger protein ATL3037.700%Swiss-Prot中等置信
O49691拟南芥sp|O49691|ATL29_ARATH RING-H2 finger protein ATL2934.500%Swiss-Prot中等置信
Q84W40拟南芥sp|Q84W40|ATL11_ARATH RING-H2 finger protein ATL1134.300%Swiss-Prot中等置信
Q8RXX9拟南芥sp|Q8RXX9|ATL6_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL633.300%Swiss-Prot中等置信
O64763拟南芥sp|O64763|ATL9_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL934.300%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看